蔡元培甲午前后为翰林学士，居京中，一直沿着旧学道路前进。甲午中日之战，为其转变的一大契机。《马关条约》签字，他写下了“可为痛哭流涕长太息者也”这样刻骨铭心之句，此后，探索救国之道，始言西学。

“九·一八”事变后，日本侵华的步伐逐渐加快，国民党内主战主和派争吵不休。汪精卫是主和派的代表，为改变汪精卫的亲日立场，1934年蔡元培在南京的一次宴会上激动地说：关于中日的事情，我们应该坚定，应该以大无畏的精神抵抗。只要我们抵抗，我们的后辈也抵抗，中国一定有出路。蔡元培说着说着，禁不住老泪纵横，泪水流到了西餐的汤盘里，他低头连汤带泪吞咽下去。在座的人无不为之动容，汪精卫也十分尴尬。