在杭州，熊十力得识另一位大儒马一浮。熊十力很想结识这位大隐，便请时任浙江省立图书馆馆长的单不庵引见，单支吾似有难处，他是怕马一浮不给面子。熊十力干脆谁也不用，自己把《新唯识论》的稿本包好寄给马一浮，并说明结交之意。一个多月过去了，马一浮音信全无。忽一日，院里来了一位长者，须髯飘飘，气度非凡，自报家门，原来是马一浮！熊也不客套，上来就问马：信写了这么长时间，怎么就一直没个回音？马说，若单寄信来，自是早有回复，可是你连大作都寄来了，无论如何也要好好拜读过才能说话。

熊十力和马一浮惺惺相惜，一见便成莫逆，此后如高僧论道，时常往还，确也解了熊氏不少孤苦。他在其《新论》（文言文本）“绪言”中说：“自来湖上，时与友人绍兴马一浮商榷疑义，《明心章》多有资助云。”马一浮也对《新唯识论》推崇备至，并为其制雅序曰：“自吾所遇，世之谈者，未能或之先也。可谓深知于化，长于语变者矣！”

马一浮办复性书院，书院甫一筹备，熊十力就被列名为创议人。他也当仁不让，表现出极大的兴致。然而，两人对办学目的方法却大异其趣。

马一浮认为，书院宗旨在学道，而非为了谋食，如果预设出路以为号召，则来学者已“志趣卑陋”；“西洋之有学位，亦同于中国旧时之举贡，何足为贵。昔之翰林，今之博士，车载斗量，何益于人？”熊十力则不赞成马一浮的主张，他担忧学生与世绝缘，将来没有出路；学生毕业也应获得一种类似的学位，且须政府授与。两人唇枪舌剑，颇带意气。

到了1939年夏天，熊十力回函弃约，改投西南联大。他不到乐山的托词是风水问题，认为自己如入川，方位不合，恐遇不吉。马一浮精通堪舆相术，逐一辨析，熊十力理穷词屈。争论归争论，马一浮还是执意要熊十力来，在1939年农历七月十二日的信里，附上了正式聘任关书，并附100元的舟车费。熊十力只好在这年的七月底启程。

对办书院他们各存其志。熊十力勉强前来，但对接待安排及住宿环境颇有微词。一次，日寇掌握错误情报，认为蒋介石当时在乐山，于是对乐山狂轰烂炸。战火之中，死生只在一瞬。熊十力住所着火，左脚受伤，更增加了焦虑不祥之感，遂对风水之说更深信不疑，决定立即离开书院。

据牟宗三回忆，熊十力一到复性书院，就写信叫在昆明的牟宗三，去书院做“都讲”即助教，但他没到乐山，又接到熊信，说“你不要来了，我马上便要离开”。时距复性书院开张仅一两个月。

对于熊十力与马一浮此次交恶，牟宗三如此说：“马先生是狷型的性格，熊先生是狂型的性格，二者正好相反。当二者不相干时，可以互相欣赏，是好朋友，但到一齐处事时，便不一定能合得来。”熊十力携家到璧山来凤驿，见到前往探视的牟宗三，便说：“人心险得很！”牟感叹道：“他和马先生这样的老朋友，到重要关头还是不行，故见面第一句话便说人心险得很。”

马一浮曾有信给熊，其中写道：“所憾者，弟德不足以领众，学不足以教人，才不足以治事，遂使兄意不乐，去我如此其速。然自返于心，实未尝敢有负于兄也。怅惘之怀，靡言可喻。”此后，这两位新儒学大师淡了音问。

但马、熊此后依然有交往。抗战胜利后，两人友好如初。任继愈和熊十力通信，有些见解，熊认为有道理的，也把信转给马一浮看，马一浮的信，有时熊也转给任看。

在杭州“楼外楼”吃饭，马一浮食不厌精，熊十力食不择味。指导学生读书，马先生主张遴选精华、循序渐进，熊先生则主张开放式读书，泛观博览。熊先生说马先生取人太严，而他主张取人应宽。他说，王阳明取人太严，所以王阳明以后没有第二个王阳明。曾国藩取人较宽，所以曾国藩以后不但有第二个曾国藩，还有第三个曾国藩。

有人作对联曰：“七贤笑做熊十力，四皓微仪马一浮”。