蔡元培任北京大学校长，再次邀请马一浮出山，任北大文科学长，被马一浮以“古闻来学，未闻往教”而婉言谢辞。

军阀孙传芳在自任东南五省联军统帅时，曾慕名去拜访马一浮，马拒绝接见。家人惧怕孙传芳的权势，对他说：“可不可以告诉孙传芳你外出了？”马一浮断然说：“告诉他：人在家，就是不见！”弄得孙传芳下不了台。

新加坡广洽法师对马一浮极为敬仰，见马一浮自奉甚俭，每次回国时总想送点钱财以补其不足，但马一浮却笑着说：“和尚是吃十方的，我怎么能连和尚的东西也收下吃起十一方来呢？”

搞战期间，马一浮在四川乐山住了6年，办书院，收弟子，著书立说。国民党权贵财政部长孔祥熙的母亲去世，丧事办得极为排声豪华，孔祥熙派人找马一浮替他母亲写一篇歌功颂德的墓志铭，马一浮婉转地拒绝了。孔祥熙不死心，再派人央马一浮写墓志铭，并许以黄金若千两为酬劳。马一浮听说是金钱交易，顿时从椅子上站起来，冷冷地说：“我从不为五斗米折腰，请回吧！”来人只得悻悻而返。

马一浮入川办书院，到重庆后，受到了官方的隆重接待。蒋介石亲自宴请，宴会结束后，还特意把马一浮拉到一边，说素来仰慕大师的德望，要请教治国之道。马一浮推辞再三，最后说道：“唯先儒有两句话可以奉告：唯诚可以感人，唯虚可以接物，此是治国的根本法。”蒋介石不禁愕然。马一浮终不愿为“帝王师”，卷入政治漩涡中，所以很快又将话题转到书院事务上，蒋介石当即允诺，拨款三万元作为建院基金。

王伯尹是书院的高材生，人很聪颖，懂诗道，向马一浮请益达十载。而马一浮则有意培养他入作者之林，经常为他改诗，直至该生病重前的最后一首《秋阴》。王伯尹去世后，马一浮很为惋惜，曾作《哀王伯尹》诗一首以志怀念。他在诗前的小序中写道：“病前曾以《秋阴》五言属为点定，予和以短律。不谓未及旬日，遂成绝笔。因作此以志吾哀，使死而有知，亦冀抒其悒郁耳。”

马一浮写字卖字有很多规矩。给人写字，不喜欢加题上款，如必需上款，则润资加倍。他卖字，有5个“不书”：一不书祠墓碑志，二不书寿联、寿序、征启，三不书讣告、行述、像赞，四不书题签和时贤作品，五不书市招。此外，无介绍不书，立索不书，书画碑帖的题跋不书。别人作了诗请他书写，皆以一首为限。

1953年9月，政协全国会议上，梁漱溟因与毛泽东见解不同而发生“廷争免折”，而梁在会上顶撞毛主席后，坚持己见，毫不认输。一连三天，会议气氛异常紧张，无人敢为缓颊。周恩来见事急迫，即致电上海找沈尹默先生，托他赶赴杭州邀马一浮先生到北京婉劝梁先生检讨，以保护梁先生过关。但马一浮先生却断然拒绝，说：“我深知梁先生的为人，强毅不屈。如他认为理之所在，虽劝无效。”

1958年，马一浮曾经为自己写下一篇《自题墓辞》：“孰宴息此山陬兮？谓其人曰马浮。老而安其茕独兮，将无欲以忘忧。学未足以名家兮，或儒墨之同流。道不可谓苟悦兮，生不可以幸求。从吾好而远俗兮，思穷玄以极幽。虽笃志而寡闻兮，固没赤而怨尤。惟适性以尽命兮，如久客之归休。委形而去兮，乘化而游。蝉蜕于兹址兮，依先人之故丘。身与名其俱泯兮，又何有夫去留。”

1963年，马一浮将自己历年所作书法精品357件（册）献给国家；转年，他又将自藏的惟一一张宋画献给国家。

马一浮曾对家人说：“佛家视生死为一大事，儒家则以为生死同一昼夜，同一寒暑，同一呼吸，却是平常事”。

马一浮临终时作诗云：