在浙大，马一浮的讲座有体有用，简易亲切，深受师生爱戴，当时的校长竺可桢也常去听他的演讲。在《竺可桢日记》中曾记载，“《诗》、《书》为至善，《礼》、《乐》为至美，《易》《春秋》为至真。以《易》为自然科学之源，而《春秋》为社会科学之源……可惜马君言过简单，未能尽其底蕴。”

马一浮不仅对中国现代学校废除经学不赞成，同时还对现代学校的学术分科多也不赞成。他认为，中国现代学校的另一个根本缺陷就是学术分科很多，当代学者往往执着于某一偏狭的领域，抓不住一个根本的东西，也不能融会贯通。为此他断言说：“古人论学主通，今人论学贵别，今之所谓专家者，得之于别而失之于通。因此读书之道，不能为纷歧多变的现象所迷惑，要从中抓住一个根本的东西。”这个根本的东西，在马一浮看来就是“六艺”。

马一浮对学生的教育，自始至终贯彻了“学而不厌，诲而不倦”的精神。他反对骄矜，倡导谦慎。马一浮最早收录的大弟子——袁心粲，一生尽力教育，不于仕官。在同门中，以行履笃实见称。他从师马一浮时，就带了一本自撰的《阳明学说浅释》前去求教。马一浮翻阅后微微一哂，竟毫不客气地说：“你懂什么王阳明！”袁心粲听后不服，当下就开展了辩论。马一浮则博引旁证，从孔孟程朱以至康德杜威，时而古文，时而洋文，加以论述，使心粲从此心悦诚服地拜在马一浮门下。

张德钧是马一浮在复性书院的高材生，马平日对他比较喜爱。1941年秋，马一浮的挚友谢无量到四川乐山复性书院看望马一浮，相见甚欢。一日，马一浮通知书院学人齐集尔雅台谒见谢先生，请谢先生向诸生开示。这位高材生张德钧骄矜自负，想考考谢先生的学问，首先发问：“什么是无明？”无量微笑未答。马一浮觉得张生此问出于胜心，必须析之，乃代谢先生答曰：“你这一念，便是无明。何不返躬自看。”张生惭而失色。在座诸生，莫不敛容。可见，马一浮对学生的教育一贯提倡谦虚，反对骄矜。

马一浮最早的弟子袁心粲信程朱，也希望自己的女儿袁卓尔从学程朱。1946年，袁卓尔正在嵊县中学任教，袁心粲就命其辞去教职，到书院读书一年，以领受马一浮的教导和指点，并指望她能在马一浮先生的指点下读点程朱陆王的理学书。然而马一浮考虑到她的喜好文学及文学基础，就指导她研读文学著作。马一浮根据袁心粲指点其女儿读书的请求，在沉吟了半晌后说：“卓尔不是喜好文学吗？我看这样，这一年就用来熟读《庄子》、《楚辞》、《昭明文选》。其它浏览什么自定。”袁卓尔听了十分高兴，深感马先生是很能因材施教的。

马一浮不仅根据学生的基储志趣和特长进行指导，还十分重视针对学生在学习中存在和提出的问题施教，他在复性书院的《尔雅台答问》是其教育实践的重要组成部分。他回答学生的问题，不仅认真严肃，还非常深刻、极富启发性，并成为马一浮儒学思想的一个重要组成部分。

马一浮十分重视对学生的心志教育。他说：“吾虽知医，不轻为人处方。尝谓医生不可为，良医治未病，其次治初玻病久而重，治之甚难。”所以他当学生中一有思想与义理不符之处，即抓紧“初脖以防治教育”。复性书院在1939年于四川乐山开办后，因一时找不到合适人员，马一浮先生就派学生乌以风兼掌事务，乌认为自己是学义理而来，不大乐意接受这种管管钱米的工作。马一浮知道后，就教育他说：“理事本来不二。事上有差错，正是由于理有未明。未有理明而不能治事者。世人不求明理，专在事上计较，把理事打成两橛，此是俗学，与书院教人宗旨不类。”又道：“理是无形的，但不是空洞。理须在事上见，不可离事求理，亦不可悖理以治事。高明离事求理，世俗悖理治事，把理事割裂开，同是错误。”一番开导，使乌高兴地担任了这个工作。

后来，乌以风因家里有事请假回乡，马一浮又派另一学生王倍德兼管这项工作。而王培德过后不久，又向马一浮提出辞去兼职事务工作，马一浮也及时对他进行了思想教育。讲了金牛长老作饭头的故事，又引庞居语云：“神通及妙用，运水与搬柴”。兼教之云：“邪人说正法，正法亦是邪；正人说邪法，邪法亦是正”，意思是说，雅人作俗事，俗事亦是雅；俗人作雅事，雅事亦是俗。在马一浮看来，学习义理的人对性分内的事，运水也好，搬柴也好，是不应该有所拣择，无所退避，这样才算是有气度。在马一浮的教育下，王培德得到了很大的启示，并乐于继续做此事务工作。