马寅初与刘大钧、何廉、方显廷并称民国的中国四大经济学家。林毅夫、胡书东在《中国经济学百年回顾》讲到：“他们有一个共同的特点，在国外接受过严格、系统的经济学理论和方法的训练，同时又都怀着强烈的救国救民意识，努力用先进的理论的方法研究、解决当时的中国本土经济问题”。

马寅初由于仗义执言在20世纪40年代受到过国民党当局的拘捕、关押和软禁，也受到过国民政府军事委员会调查统计局特务的恐吓与殴打，然而，马寅初不改初衷。郭沫若曾经这样称赞：“你这个马寅初啊，可是个蒸不烂、煮不熟、捶不爆的响当当的一枚‘铜豌豆’。”当时的舆论界认为：“今日马寅初先生在中国经济学界的声望和地位，可与过去文学界的巨人鲁迅相比。在争取国家自由、民族解放的过程中，马寅初与鲁迅一样，遭受着恶势力的仇恨，但却雄视阔步于各种压迫之下，始终敢说，敢笑，敢怒，几十年来态度一贯。”

粉碎“四人帮”后的第三个夏天，主持平反冤假错案工作的中央组织部长胡耀邦在认真审阅有关马寅初的材料后，动情地说：“当年毛主席要是肯听马寅初一句话，中国今天的人口何至于会突破十亿大关啊！批错一个人，增加几亿人。我们再也不要犯这样的错误了。共产党应该起誓：再也不准整科学家和知识分子了！”

重庆《新华日报》为马寅初六十岁辰送去的寿联是：“不屈不淫征气性，敢言敢怒见精神。”

1941年3月30日马寅初六十寿辰，周恩来同董必武、邓颖超联名送了对联：桃李增华，坐帐无鹤；琴书作伴，支床有龟。

现任北大校长许智宏在纪念座谈会上称之为“永恒的北大之光”，高度赞誉：“马寅初先生的风骨不仅传承了北大精神，而且发展了北大精神。”

宋运郊：六十余年来我见过许多许多校长，最让我敬佩的还是马老，马寅初校长。在我心中，没有一个校长能够超过他。

研究者称，马寅初在50年代“单枪匹马”挑战主流意识形态，与“北大之精神”若合符节。

有一本关于北大校长的书，写马寅初那篇，标题赫然是：为真理而死，壮哉！为真理而生，难矣！