1982年5月10日，马寅初肺炎复发，病逝于北京医院北楼病房。他走完了整整一个世纪的人生历程，驾鹤西行，魂归道山。应了一句中国的老话——仁者寿。
马寅初百年后，他的墓前有一幅挽联写得好：“老师在旧社会不畏强暴，敢怒敢言，爱国一片赤子之心，深受国仁敬重；先生为新中国严谨治学，实事求是，坚持真理不屈不挠，堪为晚辈楷模。”