1927年到1937年十年间，马寅初南下浙江、南京、上海，以财政经济专家身份，参与对国家财政经济问题的研究，寻找症结的所在，谋求解决的办法，全力保护中华民族的利益。1937年到1945年，马寅初继续以财政经济专家身份研究中国的财政经济，剖析蒋、宋，孔、陈“四大家族”的官僚资本，撰文抨击“四大家族”趁民族危亡之机大发横财的罪行。

抗战爆发后，马寅初拥护抗战，反对国民党的不抵抗政策。1939年5月，在八路军重庆办事处担任领导工作的周恩来与王若飞在重庆会见了当时担任重庆大学商学院院长兼教授的马寅初。周恩来对这位年长自己16岁的绍兴籍学者十分尊重，对马寅初提出的为抗战征收临时财产税的主张十分支持。同时，周恩来以政治家的眼光分析了抗战的形势和中国革命该走的道路。这次会见成为马寅初人生道路上一个重要的转折点。马寅初后来在不同场合以及文章中多次说：以前是不与共产党一起的，1939年以后逐渐靠拢中国共产党，走向革命了。

多年亲历国民党的腐败之后，马寅初曾说：“为了国家的利益，我是一定跟共产党走的！”

新中国成立后，马寅初任中央人民政府常务委员、财经委员会主任、华东军政委员会副主席、浙江大学校长。1951年6月任北京大学校长。这位饱经忧患的古稀老人，对新中国无比热爱，与共产党同心同德。马寅初的儿子马本初的三个孩子都是由祖父取名，孙女命名思润，长孙命名思泽、次孙命名思东。三个名字中都包含着对毛泽东的景仰与信赖。