1988年5月10日，沈从文如往常一样，在家中接待客人，朋友吴瑞之来访，沈还谈笑风生，连续几次用右手侧举过头，抿着嘴微笑着划圆圈顺下，说这是气功师告诉他的一种锻炼方法。

下午五点，沈从文感到气闷和心绞痛，家人忙给急救站打电话，他的弟子王予予和王亚蓉赶到，沈看着弟子说：“心脏痛，我好冷！”他没有等到救护车的到来，就因心脏病猝发，走完了他86年的生命历程。

沈从文的丧事办的十分简单，他生前累次嘱咐家人，他死后，不开追悼会，不举行遗体告别。他去世后，安排了一个简单的告别仪式，只通知亲友，不收花圈，布置了约二十多个布满鲜花的花篮，大朵的白色百合花、康乃馨、菊花、菖兰。不放哀乐，放沈从文生前喜爱的音乐，如贝多芬的悲怆奏鸣曲等。参加告别仪式的除了亲友，还有一些自发前来的读者。参加仪式的人也不戴纸制的白花，每人发给一枝半开的月季，行礼后放在遗体边。

在沈从文去世后的5月13日，中新社发了一则电讯，次日，《文艺报》仅发了一则50个字的短消息。

黄永玉说：“沈从文是因为他几十年前文学成就在国外引起反响，才引起国内注意的。他逝世的消息也是如此的缓慢，人死在北京，消息却从海外传来，国内报纸最早公布的消息是在一周之后。据说是因为对于他的估价存在困难。”

瑞典文学院院士、诺贝尔文学奖评委马悦然在《中国时报》发表文章为沈鸣不平道：“他的价值是，包括鲁迅在内，没有一个中国作家比得上他，沈从文是20世纪中国最伟大的作家。越是知道他的伟大，我越为他一生的寂寞伤心。”