“如有强大的精神力/把各种原素/在体内凑在一起/没有天使/能够拆开/这合二而一的双重体/只有永恒的爱/才能使二者分离。”

这是在灵魂升天的场景中天使们所唱的歌。人性是一种非常奇怪的东西，善和恶、美和丑、残暴和温柔、冷酷和热情，这些对立的东西在它内部都是不可分的，所以人只能沉沦于深深的地狱。身处地狱中的人梦想的是天堂，所以上帝就给了人一种希望，让人通过爱从自己的肉体分离出灵魂，让这灵魂超升。那么什么是艺术境界里的永恒的爱呢？那是一种对于人性的信念，怀有这种信念的人对于自己在尘世中的所作所为便会有种衡量的标准。这个标准变成了人的自我意识，人就对自己身上的兽性有了一种制约。但这种制约本身又受制于兽性的冲动。所以“合二而一”的双重体是无法分离出来的，双方永远处在激烈的交战之中，战火硝烟，你死我活，人似乎只能住在地狱里。然而当一个有信念的人在地狱中挣扎之际，他却逼真地看到了天堂的微光在他上方闪烁，而他的体内，的确有某种东西正冉冉上升与上方的光芒汇合！这是上帝为他安排的生存方式，他内心充满了感激。第二部的最后一幕表演的就是灵魂升天的过程。

那是一个天堂与地狱连接之处，各种层次里散居着圣隐士：“爱之幽居在此”。首先再现的是恍惚入神的神父：他在沟壑里飘上飘下，他决心去掉空幻无意义的躯体，让内部的精神裸露。

“箭矢，请将我射透/戈矛，请将我痛殴/棍棒，请把我打烂/电闪，请把我贯穿/好让空幻的一切/早早全都消灭……”

紧随他的是在“深渊里呼号的神父”。这名神父向宇宙通报了天主的爱，描绘了自然（内心）中最激烈的冲撞与永恒的和谐，及二者相辅相成的奇异景色。他请求天主给他力量，让他困乏的心点燃爱的火花。然后天使般的神父出现了，他引导那些未曾体验世俗的夭折的升天童子向更高的境界飞升。升天过程中要经历尘世的惊险旅途，神父担心没受过锻炼的童子会害怕，就让他们钻进自己眼中，用他的眼代替他们看。然后天使般的神父又将他们送到更高的地方，让他们在那里成长。因为他们未经历过尘世的苦难，还没有成为不朽的天使。途中他们遇到搬运浮士德灵魂的众天使。天使们报告说，是他们将爱的玫瑰撒到魔鬼身上，使魔鬼感到尖锐痛楚，他们才乘机抢走了灵魂。那种交战的瞬间实际上是两极相通的瞬间，也是善被从恶（肉体）中释放出来的瞬间。升天童子剥下浮士德灵魂的“茧壳”，使他可以往更高处飞升。这时崇拜圣母的博士出现在山的最高、最洁净的石窟里，博士歌颂着圣母，同时也歌颂着悔罪女，接着荣光圣母就飘然而至，包括格蕾琴在内的悔罪女围绕着她。充满了爱心的悔罪女于是被善与美的象征圣母提升到了永恒。格蕾琴惊喜交加地看见了往日情人的灵魂，他们终于在天堂汇合了。格蕾琴唱道：

“看吧！他已挣脱旧日躯壳/在尘世的各种桎梏/并从灵气的微妙罩袍/将最初的青春之力显出/请允许我将他指点/新的白昼还使他目眩。”

虽然浮士德生前对天堂的事并无兴趣，但两种生存的异道同归，还有天使们的对他的灵肉的描绘，表明了浮士德理想追求的价值。最后的神秘合唱指出生的本质是虚无，追求的价值已在过程中实现，凡在精神上有信念的人都会得到永恒女性的垂顾，得以追随她飞升。