紧接着《雅克团》，梅里美又创作了另一部反封建的作品《查理九世时代轶事》（1829）。这部长篇小说以16世纪查理九世时期著名的宗教惨案“圣巴托罗缪之夜”为题材，表现了中世纪封建专制的黑暗与残暴。

16世纪初，在德国发生了以马丁·路德为代表的宗教改革运动，它的影响很快超越德国的疆界。法国人约翰·加尔文在路德的基础上又进行了更为激进的改革，形成了加尔文教派，信奉这个教派的被称为胡格诺教徒。由于加尔文教“适合当时资产阶级中最勇敢的人的要求”，在法国得以广泛流传，形成了对抗国教（天主教）实际上也就是对抗王权的力量。尽管国王对新教进行了残酷的迫害，但城市中的市民阶层，包括小业主、小手工业者及城市平民，却热烈支持宗教改革。因而信奉新教的人数有增无减，很多贵族和农民也纷纷加入这个行列，特别是在南部，新教势力更大。到了四五十年代，有不少高级贵族也信奉新教，他们利用加尔文教派的组织与王权对抗。查理九世时期（1560—1574），大贵族分成了两个集团，一个是国王所支持的以吉斯公爵为首的天主教集团，一个是以海军上将柯里尼为首的新教集团，并爆发了长期的宗教内战。1570年休战后，胡格诺教徒得到了一定程度的宗教自由。但1572年8月，当新教重要人物都聚集在巴黎时，国王和天主教贵族集团于24日，即圣巴托罗缪节发动武装袭击，进行大规模屠杀，死难者达两千余人，史称“圣巴托罗缪之夜”。屠杀很快扩大到外省，由此又触发了长达十几年的宗教大内战。

梅里美的《查理九世时代轶事》写的就是这一段历史。他把小说的故事集中安排在“圣巴托罗缪之夜”前后不久的一段时间里，通过主人公颇有浪漫色彩的经历，展示出16世纪残酷斗争的情景。

主人公麦尔基是外省的胡格诺贵族青年，他的父亲是狂热的新教信奉者，在内战中英勇地为信仰而战，并在麦尔基身上培养了对新教的忠诚不渝。1570年宗教和平后，他打发自己的儿子前往巴黎投奔新教首领海军上将柯里尼。麦尔基来到巴黎后遇见了分别多年，现任轻骑兵营营长职务的哥哥乔治，乔治在内战中改变了宗教信仰成为天主教徒，遭到其父的唾弃并断绝了和他的亲属关系。麦尔基与乔治重逢后恢复了兄弟情谊，在他的带领和引见下参加了宫廷和上流社会的游乐活动，结识了土尔芝伯爵夫人。由于柯里尼的推荐，麦尔基得到了掌旗官的职位。他很快与伯爵夫人的情人柯曼治发生了尖锐的矛盾，在一场生死决斗中他获得胜利，并成为伯爵夫人的新宠。这时在巴黎已经酝酿着可怕的阴谋，国王布局对柯里尼进行暗杀，8月22日，海军上将遭到刺客的枪击受了重伤，23日晚，在国王直接指挥下，对新教徒的屠杀开始。乔治的轻骑兵营被调来参加这一行动，他拒绝执行血腥的命令，因此被投入监狱。麦尔基幸亏待在伯爵夫人家里才免于惨死，伯爵夫人尽一切力量劝麦尔基改变信仰以换取人身安全，遭到麦尔基的拒绝。不久，他逃出了巴黎，参加了胡格诺市罗舍尔城对国王的反抗。这时，被释放出狱的乔治又被迫参加了国王围攻罗舍尔城的军队，在战场上，他遭到了麦尔基亲自指挥下的士兵的枪击。小说的最后，乔治死在自己弟弟的怀里，麦尔基也沉浸在莫大的痛苦中。

在小说故事情节的框架中，作者以震撼人心的笔力描绘出“圣巴托罗缪之夜”的悲惨情景：“血从四面八方汇人河内”，罗亚尔河上每天都漂浮着大量被杀害者的尸体，到处都是焚烧胡格诺教徒所发散的恶臭。在这场浩劫中，甚至无辜的妇女和儿童都不能幸免。乔治在街头看见一个怀里抱着小孩的妇女被杀害的场景，是梅里美以深刻的人道主义激情描绘出来的拉奥孔式的画面。这个妇女死于两个屠杀者的追击之下，她最后一个动作是双膝跪在地上，使出最后的力气把自己的孩子举起来向乔治托孤。作品中这些描写十分有力地表现出“圣巴托罗缪之夜”罪恶而血腥的性质，实际上是作者对本民族历史上最大的一次宗教迫害的控诉。

作者在小说的序言中谈到这次惨案的罪责时，虽然假装为查理九世开脱，但在作品的形象描绘中，却十分明确地把国王当作罪魁祸首来加以揭露。梅里美笔下的查理九世是一个伪善恶毒的形象，他虚伪地称柯里尼为“我的父亲”，在新教徒面前装出一副宽宏大量、大公无私的样子，内心里却充满了仇恨的毒汁。梅里美在《狩猎》一章中，对查理九世那种恶毒的心理状况作了深刻的描写。这个国王把一只驯良的鹿砍倒在地，一边把刀子刺入鹿的胁肋里去，“用刀刃在里面旋转来扩大伤口”，一边用天主教对新教徒的蔑称来称呼他的牺牲品。这个场面既是象征性的，预示着不久以后对新教徒的大屠杀，又是心理描写性的，使读者从中看到，查理九世掩藏在伪善外貌下的狠毒内心终于情不自禁地流露了出来。这种蓄谋已久的仇恨和阴谋不久就成为具体的行动，他先是卑劣地怂恿乔治去枪杀柯里尼，遭到拒绝后又另派刺客进行暗杀，紧接着就发动了大屠杀。当那些被追杀的平民新教徒纷纷逃命时，这个国王“拿了一支长长的抬枪，站在王宫的一个窗口朝那些可怜的逃难者射击”。梅里美在揭露查理九世这个历史罪人的同时，也揭露了当权的统治集团和天主教教会的恶行。他通过人物之口讽刺宫廷“充斥着强盗”，通过柯曼治这个贵族阶级的骄子横行霸道、把人命当儿戏的劣迹，表现了统治阶级、上流社会中残暴野蛮的风习。他让穿黑袍的教士以大屠杀指挥者的身份出现，揭露他们到处把屠杀的狂热愈煽愈烈，“鼓动信徒要加倍残酷”，公开号召“残忍就是人道，人道就是残忍”。作者还戳穿了天主教会关于屠杀是保卫宗教信仰的谎言，揭露“圣巴托罗缪之夜”实际上是对新教徒的最残酷的掠夺和抢劫。他还用讽刺的笔墨在宗教信仰的“神圣性”上抹黑，把天主教望弥撒的仪式写成贵族男女传情勾搭的场景，神父劝诫禁欲的讲道不过是用色情的话题来娱乐那些贵族听众。

梅里美的同情是在新教徒方面。在小说里，新教首领柯里尼是“集英雄与圣者于一身”的“伟大人物”，他在宗教内战中严禁自己的军队烧杀掳掠，甚至部下焚烧了天主教修道院他也要加以惩处，以明军纪。他衷心希望内乱结束、宗教自由，以便能用自己的长剑为国王和祖国效力。停战后，他襟怀坦白，一心要为国抗敌，对天主教会和国王制造的种种卑劣的阴谋都不以为意。另一个新教的代表、贵族青年麦尔基也是梅里美笔下的正面人物，他慷慨大度，豪爽高雅，忠于自己的信仰，宁可失去情人，死于屠杀，也不肯改奉天主教。梅里美这些描写有助于对照国王和天主教集团的卑劣、凶残，但把这两个人物作为新教集团的代表人物加以美化，却掩盖了历史上新教贵族集团的阶级实质和人物作为阶级成员的复杂性、真实性。

虽然梅里美面对历史上著名的惨案，把自己的同情寄予了受迫害的一方，但他并没有站在任何一个教派的立场上。他作为历史学家，表示了自己的爱憎，而他作为思想家却显示了对各种各样宗教学说的批判精神。他在描写那些新教徒狂热的宗教信仰时，经常略带嘲讽，还在不止一个地方通过表现新教派方面的阴暗面，说明新教与天主教同样的虚妄。他特别通过乔治这个人物表现了对一切宗教的否定。乔治本来是新教坚强英勇的战士，但内战中残忍的行为把他的宗教信仰连根拔掉了。他爱上一个贵妇人，新教的首领刚德亲王为了争夺这个女人，就诬陷他是“反宗教的恶魔”，并使他在战场上陷于敌人的重围。他死里逃生后就改奉了天主教，实际上，他在思想上已经成为一个无神论者，已经没有宗教信仰，在他看来， ；两派宗教都是“异端邪说”、“荒诞无稽的东西”。他的一生虽然具有浓厚的悲剧色彩，最后牺牲在自己兄弟手下，但他临终时明确声称既不要天主教的弥撒，也不要新教的圣诗，拒绝向牧师、修士进行忏悔，表现出一种理性思想的光辉。梅里美把18世纪的理性精神注入这个16世纪的人物形象，并且让宗教信仰最为坚定的麦尔基因为乔治的死而永远得不到安慰，正说明了他自己是站在启蒙思想的立场来写这部小说，对宗教进行批判的。在教权主义猖獗的反动黑暗的复辟时期，《查理九世时代轶事》中的形象描写，无疑具有尖锐的针对性和现实的进步意义。