中日战争进入相持阶段以后，谁能在持久态势中坚持到最后成了关键。这不仅体现在中、日两国之间，也体现在国民党与共产党军队之间。不幸的是，正当抗战步入艰苦岁月之际，一直对共产党力量的发展怀有戒备猜忌之心的国民党不惜使用武力来解决内部的争端。

1941年1月6日，奉命北移的新四军军部及所属9000余人，在皖南泾县茂林地区遇到国民党军队的拦击。蒋介石从重庆下了讨伐新四军的命令，新四军在国民党军队的优势兵力包围下陷入绝境。新四军血战近9昼夜，终因弹尽粮绝，除1000多人突围外，大部阵亡或被俘。副军长项英、政治部主任袁国平等高级干部遇害，军长叶挺在下山准备与国民党军队谈判时被扣押。这便是震惊中外的皖南事变。

皖南事变后，蒋介石立即宣布新四军为“叛军”，下令撤销新四军的番号，将军长叶挺交军法审判。皖南事变的发生导致了国共内争暴露于世人面前，为国内外所关注与震惊。

皖南事变引起了国内的强烈谴责。救国会提出“营救叶军长，反对内战”的呼吁，救国会参政员邹韬奋愤然辞职。职教社领袖黄炎培指责蒋介石的措施绝对错误。海外华侨领袖陈嘉庚、司徒美堂等致电蒋介石，称在大敌当前之时，围攻新四军是自毁长城，自促亡国。连华北毗邻八路军的阎锡山与卫立煌都没有对皖南事变表示赞同。国际间对皖南事变的反应很强烈，不仅苏联向中国政府提出了质问，英、美等国的反应也出乎蒋介石的意料。美国政府通知蒋介石，在中国内战危险消除、国内团结恢复前，美国暂停对中国的财政援助。

国共关系经历皖南事变以后，跌落到谷底，这种内耗造成了抗战阵营力量的削弱。这在军事上，就已经有所表现。

1941年的战事，仍然是拉锯战，但战事明显是有利于日军的。敌后的抗日根据地从1941年开始进入到严重困难时期，土地与人口严重萎缩，财政非常拮据，这段时期延续了两年半之久。山西战场的中国军队在中条山遭遇了重创。

1941年五六月间，日军6个师团向中国军队长期坚守的山西中条山地区发起大规模进攻，将守军分成左、右两部。守军在激战后不支，分别向黄河南岸及其他地方突围，但由于先失去了垣曲等黄河渡口，退路被截断。准备渡黄河南撤的中国军队在突围途中受到日军截击，而黄河中也无充足的渡船，刘茂恩的第十四集团军总部和第十五军军部就是靠仅有的两只小船才脱险南渡的。每只小船仅能坐7人，往返一次需要数小时。这次战役后，第一战区失去了中条山的掩护，日军强渡黄河，占领了中牟与黄河铁桥桥头堡。在中条山作战中，中条山守军损失严重，战死4万多人，包括军长唐淮源，师长石作衡，寸性奇、王峻等多位高级军官，官兵3万多人被日军俘虏。日方声称，中条山会战的战果在战争开始以来是少有的。这年秋天，围绕长沙的攻防，第九战区与日军第十一军再次交手，第二次长沙会战发生，双方都称这次战役是对手的大败。但从事实来判断，这次战役基本上是打了个平手，而第九战区的损失稍大。

除了军事上遭遇挫折，从这一年起，通货膨胀也成为在抗战之中仅次于日军的凶恶敌人，而且这一个无形的敌人比有形的日军更难对付。一个普通百姓未必能够有机会走上战场与日军搏斗，但他在日常生活中必须要和通货膨胀天天搏斗。通货膨胀在1937年战事开始以后初露端倪，但还不足以让人惊慌恐惧，但从1941年起，通货膨胀变得可怕起来。前线官兵的生活待遇以1941年为界，在此之前，士兵的薪金虽远比不上军官，但是比起其他行业尚好；一般士兵每日三餐，菜虽不多，但饭还能吃饱。1941年后通货膨胀日趋严重以后，在大后方受冲击最重的是军人、公务员和教师，而在这三者中又以下级军官与士兵的生活水平下降最为严重。通货膨胀加剧后，士兵的伙食远不及一般的工人和农民，军队中的普遍现象是：三餐改为两餐，三菜一汤并为一钵大锅菜，最后只是一钵不见油花的菜叶盐水汤。

敌后抗日根据地的军民困难更大，毛泽东在延安发出了“自己动手，丰衣足食”的大生产动员令。

1941年，中国在年初失去了一个物资与武器的供应者——苏联。这年的4月13日，苏联和日本签订《苏日中立条约》。在纳粹德国的威胁面前，苏联政府不愿意在远东惹恼日本，而试图和日本缓和关系。两国政府随即声明：苏联尊重日本对东北的占领，而日本尊重苏联对蒙古的控制；苏联对华的军火输入宣告中断。这对中国的抗战从物质上到心理上都蒙上了一层阴影。3个月以后，德苏战争爆发。日本把精力转移到南边，9个月以后，日、美战争爆发。中国又得到了最强大的同盟者——美国的援助，算是失之东隅，收之桑榆。