宋教仁遇刺后，国民党内部形成了两种截然不同的意见，稳健派主张法律解决，激进派号召武力从事，而刚从日本回到上海的孙中山态度鲜明地站在了后者的立场，他极力主张起兵讨袁，并声称只要有两个师的兵力，他就亲自率领向袁世凯问罪。

不过，当时的主要问题在于，国民党连两个师的军队也没有，而舆论对“出师派”也颇为不利，因为当时“宋案”尚未完全厘清，即便国民党人有一千个理由怀疑袁世凯，但也不宜直接认定袁世凯就是幕后元凶，此时兴兵讨袁，未免有“地方反抗中央”的造反之嫌。因此，当孙中山要求对袁世凯动武的电报发出后，国民党的三大“实力派都督”（江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民），都立刻回电表示绝无实力独立。

在“宋案”陷于停顿之际，袁世凯却迅速与英、法、德、俄、日五国银行团签订了2500万英镑的“善后大借款”，该借款年息5厘，期限47年，债券9折出售，扣除6％的佣金，等于只有2100万英镑，而到期归还本息就要6789万英镑，条件不可谓不苛刻。但袁世凯凭借多年的政治经验，早已预料到要与革命党人最终摊牌，因而此举实为未雨绸缪，所谓“兵马未动，粮草先行”，预先筹措足够的资金以应付未来的乱局，也是先招。毕竟，无论是造反或是镇反，没有钱总是万万不能的。

借款消息公布后，黄兴、柏文蔚、李烈钧、胡汉民等人也都纷纷发表通电，斥责袁世凯违法借款，藐视立法机关，而袁世凯钱已到手，他也就干脆撕下脸皮，非但不理睬国民党籍议员的抗议，反而气势汹汹地斥责孙中山、黄兴等国民党人：“我现在算是看透了，孙文这些人左也是捣乱，右也是捣乱，除了捣乱，他们就没有别的本领了。你听听，孙文说什么‘公今日舍辞职外，决无他策’，还说什么‘必以前次反对君主之决心，反对公之一人，义无反顾’……孙文还想下定决心跟老子干呢！你们可以告诉国民党人，我袁世凯就不能听人捣乱，他孙文若敢动枪动炮，或另行组织政府，我就发兵征伐，而绝无姑息养奸之余地。”

总统府秘书长梁士治迟疑了一下：“大总统，这样说是不是太直接了吧？”袁世凯气呼呼地答道：“就说是我说的，我对这话负责！”

1913年6月9日，袁世凯先下手为强，下令免除李烈钧的江西都督职务，任命黎元洪兼署江西都督；14日，又将广东都督胡汉民免职；30日，安徽都督柏文蔚也被免职。如此一来，国民党籍的三位都督都被袁世凯以“不称职”、“不孚众望”的名义罢免。

至此，南方的国民党人也只能丢掉幻想、起而应战了。李烈钧被袁世凯免职后倒没有立即举兵讨袁，而是先通电下野并前往上海与孙中山、黄兴、陈其美等人商议，之后秘密返回江西组织“讨袁军”并发布讨袁檄文，宣布独立。由此，“二次革命”正式爆发（亦称“癸丑之役”或“赣宁之役”）。

在李烈钧宣布独立后，黄兴赶赴南京将驻宁的第一师和第八师改编成讨袁军，随后以江苏都督程德全的名义通电江苏独立；湖南都督谭延闿也在各方的压力下宣布独立，并派兵前往江西支援李烈钧；安徽都督柏文蔚也随后宣布独立，同南京、江西构成犄角之势；福建都督孙道仁因手下的师长许崇智宣布起义，也加入了讨袁的阵营；在广东，被免职的胡汉民和新任都督陈炯明并没有中袁世凯的离间之计，他们也联合起来宣布独立；另外，川军第三师师长熊克武也在重庆宣布独立……表面上看，架势有当年辛亥之气象，但此时的袁世凯已经不是当年的袁世凯了。

早在李烈钧宣布独立前，北洋军便已开始向南方各省渗透。1912年秋，一小部分北洋军队应湖北都督黎元洪之邀陆续进入湖北境内；1913年5月中旬后，南北对立之势日益明显，北洋军也开始大批南下，到5月底，驻扎在湖北的北洋军已经超过2万人。

袁世凯的战略计划并不复杂：北洋军沿着京汉线和津浦线两路分进，一路以湖北为基地，进攻江西和湖南；另一路以徐州为前沿，并以海军策应沿岸，向安徽和江苏进军。在李烈钧于湖口宣布独立后，北洋军第一军各部在李纯及王占元的率领下沿着京汉铁路南下，很快便进抵江西九江；与此同时，冯国璋、雷震春、张勋等部也沿着津浦路进兵，向南京逼近。

一年前，黄兴在南京留守处裁撤整编南方革命军的时候特别留了个心眼，他在将那些兵员素质不高的队伍加以裁撤的同时，却秘密吸收了其中的中下级军官充实到另一支部队，这就是第八师。第八师的基本部队来自于广西新军（原本是会集南京准备参加北伐的），在整编后，该师的干部队伍异常强大，从师旅长到营连长，基本都是由保定军官学校毕业或者从日本士官学校回来的同盟会员所组成；另外，该师的武器也很充足，不但充分装备了现部队，还有一份预存在军械库。

第八师是在黄兴的领导下所精心保留下来的一支精锐部队，但因为整编的缘故，中上层军官之间不甚团结，譬如当时黄兴将他的警卫团划给了第八师，但由于团长林虎所率的部队来自广东，与部队中的广西士兵及军官发生矛盾，这个团后来便被调到了江西（林虎与李烈钧是日本士官学校的同学），成为江西战场上与北洋军作战的主要力量。与林虎情况类似的是，第八师的旅长赵恒惕也因军中矛盾而将其中的一个团带到了湖南（这支部队在“二次革命”中基本没有起到什么作用）。

北洋军李纯部在进入江西后，首先与讨袁军前锋林虎所部发生激战，数日后，讨袁军初战告捷并迫使北洋军暂时后撤。李纯受挫后调集后续兵力反扑并攻陷湖口，李烈钧率讨袁军余部退守吴城，随后又退守南昌。由于双方实力相差悬殊，李烈钧在北洋军的围攻之下，只好退出南昌并解散剩余部队，最终与林虎等人秘密流亡日本。

此时，第二军的冯国璋、张勋、雷震春等部也进入江苏并摆开合围南京的架势。黄兴得讯后，随即令驻徐州的冷遹第三师向邻近的北洋驻军发起进攻，又令第八师骑兵团及机关枪连、炮兵营、工兵营组成混合支队，开赴徐州前线支援第三师，第一师第1旅也随后跟进；第一师第2旅开赴临淮关，协助安徽讨袁军协防北洋军倪嗣冲部；第一师和第八师的其余部队，暂时驻防南京。

冷遹所部在北洋军的优势兵力紧逼下，不久即撤出徐州。讨袁军中的高级将领们斗志十分消沉，坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。这时，逃到上海的原江苏都督程德全发布取消江苏独立的电报，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，一走了之。

黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷遹等也当即出走，局势陷入了混乱。而在这时，革命阵营中的激烈派何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立了“铁血监视团”，他们在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回颓势。如同武昌起义，在高级将领缺位的情况下，革命士兵再一次主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走师长陈之骥（同盟会员，冯国璋之女婿），并与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。

此时，张勋部前锋已经抵达南京城外，尽管此时城内何海鸣领导的“讨袁军”连师长都无法选出，但革命士兵的战斗自觉性仍旧非常之高，他们每天都在街上站岗巡视，敌人一发起进攻，他们无须号令便奋身前往；即使在阵前，他们也无须指挥，便向前攻击。这些士兵，便是黄兴任南京留守处改编的第八师所残存的部队，而临时领袖何海鸣也是位革命精神很强的人，他将军中怀有异心的军官一律剪除，颇似当年法国大革命时罗伯斯庇尔的风格。

等到冯国璋率各部北洋军汇集南京后，双方势力更为悬殊，但即使在这种情况下，南京保卫战仍旧坚持了20天，这与何海鸣等人及其革命士兵艰苦卓绝的革命精神是分不开的。在这20天里，南京守军与北洋军在雨花台、紫金山、天保城、幕府山等地展开了激烈的争夺，“讨袁军”并未明显落于下风。

在此期间，安徽“讨袁军”总司令柏文蔚从芜湖率卫队1营及宪兵约1000多人来到南京，这给南京“讨袁军”以极大的鼓舞。但是，何海鸣、张尧卿与柏文蔚之间出现不和，柏文蔚带领少数人从水西门出走，而他带来的大部分人却自愿留在南京继续作战，足见当时城内的革命气氛是何等的浓烈。

9月1日晨，北洋军对南京城发起总攻击。张勋的辫子兵在朝阳门一带挖地道进去，用炸药将城墙轰塌两丈有余（当年湘军攻下天京也是用的这招，主要是朱元璋修的城墙实在太厚）后，辫子兵随即蜂拥而入。这时，太平门、通济门、神策门也相继被攻破，何海鸣等人率领士兵们在钟楼、内桥、鸽子桥、花牌楼等处与北洋军展开残酷的巷战，战斗一昼夜后仍不屈服，并于次日上午在雨花台同北洋军进行了最后的决战，在伤亡殆尽的情况下才最终溃散，何海鸣等人在武定桥下乘小船逃走。

南京城破后，“二次革命”也就基本结束。在上海，尽管陈其美已经宣布独立，并屡次进攻制造局，但终究因为不是正规军而一再遭到失败。等到袁世凯用军舰将大批的北洋军载来后，上海的讨袁军也就风流云散，完全瓦解；安徽的独立，从一开始就是“假独立”，柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱、宣布拥袁，这就是柏文蔚率卫队出走南京的原因。

至于福建，都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布独立的，当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然发出通电，向袁世凯陈述“冤情”，宣布取消独立。在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制，胡、陈两人也被逼走。湖南的情况和福建差不多，在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立。至于四川方面，熊克武在独立一个月后，便自己宣布解职下野了。

在各地的讨袁军相继失败后，袁世凯指“黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊”五人为这次战乱的一等犯，其余如“孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明”等人也都在通缉之列。在此之前或之后，孙中山、黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈其美、居正等人也都先后亡命日本，重新开始了他们的流亡生涯。

令人遗憾的是，对于那些信念最坚定的革命党人所发起的这次革命，当时的大部分国人似乎不予理解也不予支持。时任记者的老同盟会员梁漱溟曾在一次公开演讲中说：“现在很清楚摆在外面的，就是武人势力的局面。至于说到助长这种武人势力的原因，却不能不责备革命先辈，他们无论如何，不应用‘二次革命’那种手段。‘二次革命’实在是以武力为政争的开端。从此以后，凡是要为政治活动的，总要去奔走武人的门下，武人的威权从此一步一步地增长，到现在而达极点。”

一直跟踪报道“宋案”并认定袁世凯为杀宋主谋的著名记者徐血儿，也在《民立报》上发表文章称：“今白已为民国，苟对于民国而谋乱，即是自绝于国，罪在不赦。即政府为恶，法律与国会，终应有解决之能力，无俟谋乱，以扰苍生。故谋乱之事，为商民所疾视，亦明达所摒弃也。”

后来在护国战争中大展神威的云南都督蔡锷，当时也毫不含糊地公开声明：“宋案应以法律为制裁，故审判之结果如何，自有法律判判。试问我国现势，弱息仅存，邦人君子方将戮力同心，相与救亡之不暇，岂堪同室操戈，自召分裂！谁为祸首，即属仇雠。万一有人发难，当视为全国公敌。”

国民党内的那些激烈派万万没有想到的是，他们的行动竟然遭到了社会各界的普遍反感，有人直接指斥他们是以反袁为借口，实质上是权力之争，有人甚至骂他们用革命的名义绑架全国人民，所谓的“二次革命”根本不配叫革命。

即使在国民党内部，也有很多人对使用武力解决“宋案”表示异议，而“大借款案”，大部分人稍经理性思考后便会知道这是摆脱财政困境的必然。值得一提的是，在同盟会改组为国民党后，由于一些杂牌小党的加入，声势虽大，但成分已经不纯，而且很多同盟会的老同志也认为革命大功告成，由此汲汲于仕途名禄者不在少数，譬如当选为国会议员的很多人多不支持继续革命。

一言而蔽之，当时的形势与辛亥革命时已大不相同，加上袁世凯的势力比之辛亥更为壮大，除了少数人外，国民党内部对于革命结果也大多不抱希望，党内的军事领袖黄兴后来在南京的不辞而别，或许就是这种态度的体现。

“二次革命”爆发之初，很多地方的官员、商会及其团体都发出了反对动武的电文，袁世凯也是在这种对政府普遍支持的气氛下，以维护中央权威为借口，最终激化了矛盾，引发民国后的第一次战火。所幸的是，这场革命因为没有得到大众的拥护，所以结束得很快。

事实上，革命党激烈分子所发起的这场革命，非但没有给自己加分，反而给了袁世凯一个树立权威的好机会。正如旅美历史学家唐德刚说的，“当时的全国各省基本都被当地的土军头所盘据，应缴中央的各种地方税收，统统都被借口扣留了，袁氏的中央政府对他们，可说是毫无办法，既不能行文，更不能动武，结果弄得中央政府分文不名，只有靠举债度日”。

所谓“宁做太平犬，不做乱世人”，社会的动荡反使得人们期待一个强有力的领袖和中央政府出现。由此，袁世凯正好成了全国入民所期盼的安定力量和太平象征。市井平民并不会主动接受什么革命大义，他们当时最希望的是袁世凯能够拨乱反正，尽快恢复秩序，继续过太平的日子。因此，“二次革命”形同康熙年间的“三藩”之乱，孙中山等人在他们眼中成为“乱党”，也就毫不奇怪了。

“二次革命”，或者说“赣宁之役”，既是民国成立后的第一次南北战争，也是辛亥革命中那场尚未完成之战争的继续，但可惜的是，那只是革命的退潮或者未尽的尾声。战争的最终结果是袁世凯所代表的军政集团大获全胜，国民党在广东、江西、安徽三省势力也都被一一清除。“三藩”既除，其他省的大佬们也就噤若寒蝉，唯袁世凯之命是从了。袁世凯本就有统一全国的愿望，如今孙中山号召各省独立，岂非天赐良机？

历史总是充满了讽刺，辛亥革命后，真正统一的中华民国也就是在“二次革命”后、袁世凯统治下的那两年。在列强环伺、国弱民穷的险恶局势下，中央集权的确能给国家带来高效率的行政，这个要求也是合乎现实需要的。由此，袁世凯在“二次革命”的时候获得民众的支持，他获得正义性与合法性的地位非但不是偶然，反是众望所归呢。