重新踏上逃亡之路，这一次，帖木儿带上了夫人云娜以及两个儿子只罕杰尔和奥美。次子奥美不满一岁，身体孱弱，多灾多病。之所以如此，据大夫断定，其中的原因很可能与他的母亲怀他时心情郁郁寡欢有关。也因为如此，奥美远不像只罕杰尔那么让帖木儿喜爱。

当然，喜爱不喜爱是一回事，儿子终究是儿子，帖木儿默默地忍受了奥美一路上的哭闹。

筛海、沙乌可、艾库、沙奈、多歌、努里丁等人始终忠心耿耿地追随着帖木儿。帖木儿是一个惯于见风使舵的人，但同时，他的身上也兼具着钢铁般的意志和百折不回的精神。逃亡的过程中，他沿途煽动百姓和军队反对入侵者的情绪，因此，尽管他遭到伊利亚斯的追杀，他的影响却与日俱增。

一味地逃亡终非长久之计。对于究竟到哪里落脚，在哪里建立起反抗伊利亚斯的根据地，帖木儿还没有形成很好的想法。老谋深算的筛海倾向于在逃亡中选择时机，拖垮伊利亚斯，艾库则倾向于退往阿富汗忽辛的领地，与忽辛兵合一处。帖木儿反复权衡利弊，认为忽辛无力抵抗伊利亚斯的进攻，自身难保，在这种情况下，与其投奔忽辛，不如采纳筛海的建议。

帖木儿对忽辛的担心很快得到印证。在花剌子模（今基发）境内，他与狼狈逃离巴里黑的忽辛相遇。

花剌子模强盛时，曾一度据有西越里海，北至伏尔加河，南抵印度河、波斯湾，东到帕米尔高原的广阔土地。随着成吉思汗大举西征，花剌子模松散的政治联盟被打破，许多国家成为汗国的领土，包括花剌子模本土在内。

两个无家可归的流浪汉居然意外地遇到了一起。帖木儿见到忽辛很高兴，忽辛的身边尚且带着二百余名将士，而他匆匆逃离碣石时身边只有六十名忠诚之士相随，两人兵合一处，手下就有了二百六十多人，这可是一支相当可贵的力量。

帖木儿热情地拥抱了忽辛，向他问好。

忽辛嘴里嗯嗯着，勉强接受了帖木儿的拥抱。此刻与帖木儿的心情完全不同，忽辛见到帖木儿只有失望，他原以为自己能从帖木儿那里得到庇护，没想到帖木儿比他还要潦倒。

忽辛的不快被他带到了脸上。

帖木儿好像什么也没看出来，拿出一个珍藏多日的皮囊请忽辛喝酒。两人席地而坐，开怀痛饮。也许是因为心里犯愁，忽辛不一会儿便喝醉了，借着醉意，他喋喋不休地埋怨帖木儿：“帖木儿，都是你害了我。当初是谁说，投降图格鲁汗就能保有军队、领土，保有王位？啊，是谁说的？现在怎么样？我们投降了图格鲁汗，他却把我们逼得走投无路。”

帖木儿笑眯眯地回答：“是我说的没错。可是我的忽辛舅兄，你也知道当时除此之外我们别无选择。”

“怎么别无选择？啊，怎么别无选择？难道你的眼睛瞎了吗？你的心也瞎了吗？喀布尔、巴里黑、昆都思、巴达克山都是我的。知道吗？是我的。如果我不听你的话投降，它们还是我的。”

帖木儿懒着跟他争辩，沙乌可忍不住反驳了一句：“如果像你说的那样，你确实守得住喀布尔、巴里黑、昆都思，还有巴达克山，守得住它们中的任何一个地方，你又怎么会出现在我们眼前？”

忽辛被说到痛处，顿时恼羞成怒：“你是谁？你……你这个坏小子是谁？敢这样对我说话！”

“你连沙乌可也不认识了吗？他是察合台汗的嫡传后裔，他的父亲和你的祖父曾经同朝为官。”

“沙乌可？不，我没听说过。我跟你说，我从来没听说过。沙乌可这个名字根本就一点都不出名！你告诉我，成吉思汗的子孙不能开疆扩土，还配称成吉思汗的子孙吗？假的，都是假的。”

沙乌可不服气，还想跟忽辛辩论，沙奈强行把他拉走了。沙奈临行前阿亚给他准备了一皮囊马奶酒，他把沙乌可拉到一个远离忽辛和帖木儿的僻静处，邀来艾库、多歌、努里丁和筛海，六个人一起喝酒。

帖木儿吩咐两名侍卫去接夫人过来与哥哥忽辛相见。忽辛与胞妹云娜的感情一向深厚，听说帖木儿将妹妹和两个外甥都安排在离此处不到两沙里（一沙里约等于两公里）的一个小村庄里，脸上的表情顿时多云转晴，倒有几分高兴起来。

他问帖木儿：“云娜怎未跟你在一起？”

帖木儿回答：“此前原本一直都在一起。最近几天，奥美又病了，云娜照顾他很疲劳，她自己跟我商量，想找个村庄住下来，等着我的消息。她这样做，也是为奥美着想。”

“可是，你不在她的身边，万一发生了什么事，她一个女人家带着两个孩子该如何应付？”

“我们在逃亡中，随时都有危险，云娜这么做至少比跟着我颠沛流离来得要好。云娜其实也是这样的想法。再说，村庄里没有人认识云娜，伊利亚斯追击的目标是我，由我引开追兵，云娜和孩子不是就更安全了吗？你放心，我和云娜已经商定，我们随时保持联系，一旦奥美的病痊愈，或者我的状况稳定下来，我就会派人把她和孩子接到身边。现在好了，我们兵合一处，力量壮大了不少，我想，我可以把她接到身边了，你说呢？”

“就该接到身边才对。下一步，你有什么打算？”

“这个，我正要与你商议。”

“你说吧，我听听。”

“其实，在进入花剌子模之前，我拜访了一位先知，他建议我潜藏于花剌子模的旷野之中，等待时机。所以，我才会来到这里，并且幸运地与你相遇。我想，图格鲁汗特别是太子决不会放过我的，他们一定会派军队追击，我们不如就在这旷野之中，与太子以及花剌子模领主帖吉儿周旋。天不负我，假以时日，我相信我们一定能够等到先知所预言的时机出现。”

“既然如此，就照你的想法，我们走一步说一步吧。”

花剌子模领主帖吉儿探知帖木儿等人的藏身之地，急忙派人报告给太子伊利亚斯，太子命帖吉儿不惜一切代价消灭帖木儿。帖吉儿亲率一千骑兵征讨帖木儿，不料被早有准备的帖木儿设伏击败。经过一天一夜的战斗，帖吉儿身边的将士只剩下五十余人，不得不撤出战斗。

帖木儿和忽辛一方虽然取得了胜利，然而追随他们的二百多将士，或死或散，也只剩下骑兵十人、步兵三人而已。情形的确很糟糕了，唯一让帖木儿感到庆幸的是，筛海、沙奈这些对他忠心耿耿、智勇双全的将领都安然无恙，而且，忽辛也毫发无损，与他并肩战斗。

经过战斗的重创，忽辛对未来失去了信心，帖木儿建议逃往西斯坦时，忽辛意志消沉地任由他安排。行前，帖木儿将夫人云娜和两个儿子托付给筛海和阿亚，让他们躲到乡间去，等待自己重新接回他们。

帖木儿和忽辛在西斯坦很快遭到驱逐。幸运的是，经过帖木儿的动员，许多士兵和将领纷纷来投奔他们，队伍很快又增至二百多人，实力不逊于两人在花剌子模初遇之时。与此同时，图格鲁汗和伊利亚斯太子在河中地区实行的统治遭到百姓反对，帖木儿和忽辛趁机夺取了撒马尔罕。

好景不长。很快，撒马尔罕又被图格鲁汗夺回。

回历七六六年（约1365年），帖木儿和忽辛的事业出现转机。这一年，野心勃勃、一心想要恢复察合台汗国旧有版图的图格鲁汗病逝，帖木儿和忽辛趁汗国军心不稳之际，将太子伊利亚斯逐出撒马尔罕。

伊利亚斯成为被四处追逐、行踪不定的人，状况与两三年前的帖木儿与忽辛极其相似。他很想返回东察合台汗国，重振旗鼓，可是帖木儿和忽辛并没有给他这样的机会。到最后，在伊利亚斯身边追随他的人只剩下蒙古贵族哈马鲁丁，他们躲在一个边城中，准备寻机逃回伊犁。

帖木儿和忽辛本可以将伊利亚斯一举歼灭，之所以没有这样做，问题出在忽辛身上。这个哈兹罕钟爱的孙子一心想恢复乃祖在世时的强权与荣光，因此，自从他和帖木儿据守撒马尔罕之后，他便以主人自居，不但任何事情都不同帖木儿商量，还处处排挤帖木儿，帖木儿实力不如忽辛，不得不忍气吞声，主动退守碣石城。

帖木儿和忽辛的矛盾使伊利亚斯和哈马鲁丁得以苟延残喘。

次年，帖木儿感到他本人已经有足够的能力驱逐伊利亚斯，遂引兵攻打边城，他首次运用了成吉思汗攻城时经常运用的武器和器械，在强大的攻势下，总指挥官比吉节战死，伊利亚斯和哈马鲁丁弃城而逃，边城落入帖木儿手中。

帖木儿并不想放过伊利亚斯，乘胜追击。途中，哈马鲁丁发动叛乱，杀死了伊利亚斯，带着残余力量一路败回东察合台汗国。此后，这个弑主自立的人进一步攫取权力，成为东察合台汗国的主人和帖木儿的敌人。