南凉秃发傉檀自从骗得姑臧，击败后秦后，便想统一凉州，向北他不断侵略北凉，向南又和西秦冲突不断。公元410年2月，秃发傉檀举全国兵力约五万骑兵在穷泉与沮渠蒙逊决战。秃发傉檀几乎全军覆灭，最后带着一千多人逃回姑臧。沮渠蒙逊乘胜追击，进攻姑臧。秃发傉檀因为兵力一共只剩三千多人，无法守城，只得放弃姑臧，迁都到乐都。沮渠蒙逊取得姑臧，继续进攻南凉。傉檀只得向北凉送王室人质和大量财物求和，北凉当时打算先灭西凉，遂退兵。西秦也与南凉屡屡发生小规模的边境战争，这些使得南凉长期征用大量劳动力当兵，而从事生产的劳动力则大量减少，农牧产品自然也就大量减少，南凉人民生活在困饿之中。秃发傉檀只好派兵去抢掠远在青海中部游牧的乙弗鲜卑。

这时西秦王乞伏乾归刚刚去世，太子乞伏炽磐继位。乞伏炽磐得到秃发傉檀带重兵远走的情报，便亲率三万骑兵去攻打南凉。负责守城的太子秃发虎台因为担心城中的汉人趁机闹事，便把汉人中有威望的有本事的都软禁起来。这激起了汉人的极大愤慨，反而加剧了城中的混乱。在这样的混乱形势下，乞伏炽磐很快攻破城池，擒获秃发虎台，把乐都的所有人都迁徙到枹罕。

秃发傉檀在乙弗鲜卑那里狠狠地抢了一把，得马牛羊四十多万。他带着军队往回赶的时候，有南凉逃出来的士兵报来消息，乐都已经被攻占，南凉国危在旦夕。秃发傉檀不敢直接与西秦交锋，却打算带人再去在柴达木盆地中东部地区活动的契汗鲜卑部那里再大抢一把，然后用抢来的东西赎回妻子儿女和城池。但他手下的将士都恋家不愿意西去，走了七八天军队就跑光了一半，连他手下最得意的大将镇北将军段苟也以追逃兵的名义逃走了；又走了七八天，军队跑得只剩下几十名亲兵和他的三个侄子，还有一个叫做阴利鹿的散骑侍郎没有走。傉檀感觉大势已去，遂决定投降。因为还有一万多户秃发鲜卑族生活在北凉境内，所以傉檀让剩下的人都去投奔北凉的蒙逊。只有阴利鹿尽忠不走。二人抱头大哭一阵后，傉檀带着阴利鹿向西秦投降。

这时南凉除了浩宜城外，所有其他城池不是被攻占，就是投降。浩宜城在守将尉贤政的坚守下，一直拒绝投降。秃发虎台亲自招降尉贤政，尉贤政也不献城，反而大骂秃发虎台是“弃父忘君”。西秦只好一直围城，直到尉贤政得到秃发傉檀投降西秦的确切消息后，尉贤政才献城投降。

乞伏炽磐对秃发傉檀还不错，封他为骠骑大将军，赐爵左南公。南凉的文武官员，也经过选拔录用，但有能力者都继续当官。南凉遂亡，时为东晋义熙十年（414）七月。

公元416年二月，后秦姚兴病卒，终年五十一岁，其子姚泓继帝位。姚泓是姚兴的长子，性格宽和仁慈，喜爱文学，但没有治世之才，而且懦弱无威，因此许多的兄弟都不太服气他。

刘裕早就有北伐之心，因为内部事务太多，又顾忌姚兴的能力，所以一直没有动兵。现在内患已除，姚兴又正好死掉了，他没什么本事的儿子姚泓继了位，这正是北伐的大好机会。于是刘裕留刘穆之在京，亲自率大军起兵六路于义熙十二年（416）八月丁巳日出师北伐。

晋兵所到，一路披靡，漆丘守将王苟生，项城守将姚掌等人纷纷投降，新蔡太守董遵据城而守，被檀道济攻破城池后杀死。接着又攻克许昌、阳城、荥阳、成皋、虎牢，直指洛阳。

这时后秦的精锐军队都在安定郡防御胡夏。姚绍（姚兴的叔父）建议放弃安定，抽出十余万精锐兵力回防。但梁喜等大臣考虑到刘勃勃得到安定后如果继续南下，京城将腹背受敌，建议姚泓调集关中兵力援救洛阳，不要动用北部的军队。姚泓采纳了梁喜的建议，调集了两万骑兵，由越骑校尉阎生、武卫将军姚益男率领去救洛阳，又命令并州牧姚懿（姚泓的同母弟）自带一支军队由蒲阪南下助攻。

征南大将军姚洸（姚泓的弟弟）在洛阳守城。本来坚守城池不出，等待援军是很稳妥的办法。可是姚洸手下的司马姚禹、主簿阎恢和杨虔都已经被王镇恶收买了，他们强烈建议姚洸出兵迎战。宁朔将军赵玄反对说：“只要守住洛阳，敌人决不敢绕过洛阳西进。那我们就是为保卫长安立下一功。如果出城决战被击败的话，我们很可能无力守城。洛阳若被攻下，长安就危险了。”

姚禹、阎恢和杨虔以赵玄胆小为由，再次请姚洸派兵出战。姚洸于是命赵玄带兵出战。赵玄叹道：“我出战必死，但我死得其所。只是你不用忠臣之言，肯定会丢失洛阳！”遂带兵出战。

这时，王镇恶、檀道济、沈林子和刘遵考四路兵马已经从各自的战线奔到洛阳合兵一处，士兵多过赵玄好几倍。所以赵玄出城后便被包围，赵玄力战而死。姚禹趁势打开城门，姚洸这时候明白已经晚了，只好出降。阎生和姚益男走到半路上听说洛阳已被晋军攻破，只好停兵不进。到这个时候，东晋已经收复了黄河以南的河南和山东所有地盘。

这时，后秦的内部又出现了叛乱。太原公、并州牧姚懿并没有按照姚泓的命令南下援助洛阳守军，而是在蒲阪自称皇帝。姚泓一面派堂弟姚赞去守潼关，以防御东来的晋军；另一面让姚绍带军去蒲阪平叛。姚懿本来还想拉拢镇守匈奴堡的宁东将军姚成都和他一起叛乱，姚成都大骂道：“国家危险到这个样子了，你不但不能救，反而还想当皇帝。你看有几个人肯真心辅佐你？”于是带兵去攻姚懿。姚懿本就军心不稳，一战便败，退守蒲阪。不久，姚绍也率大军到了。姚成都和姚绍很快就攻入蒲阪，把姚懿生擒。

这时姚泓的堂弟，征北将军齐公姚恢在安定发动叛乱。上文说过，安定的士兵都是精兵，是用来防备胡夏的。姚恢带这样一支军队叛乱，那是极危险的。姚恢认为姚泓一方面要派兵东拒晋军，一方面还要派兵到山西平叛，关中必然空虚。而自己有大军十万，肯定能一路杀到长安，夺取政权。虽然他想得很有道理，但现实却是无情的。姚绍很快从山西赶回来，在灵台拦住了姚恢的军队。两军对阵后，呈胶着状态，谁也不能前进一步。这时姚赞率潼关的守军赶回来，从姚恢的后路杀入，姚恢大败后被杀。

王镇恶所率的晋军趁秦国内乱连连攻破渑池、蠡吾、陕津，开始强攻潼关。姚泓命姚绍带五万士兵去加强潼关的防守，同时又派人向北魏求援。

姚绍带兵五万来到潼关后，认为王镇恶兵少，便出关与之决战，反被击败，王镇恶并趁势夺了潼关。

姚绍退入定城，死死守城，这回再不敢出战了。这一次他采取了较为正确的军事策略。他派姚鸾在大路设防，姚赞在黄河设阻，断去晋军的粮道。晋军前进被定城所阻，粮草又被断去，很快就出现了粮荒。沈林子和王镇恶一方面稳住军心，一方面向刘裕求援。

刘裕此时已经开通了巨野旧河道，可以一路由水运将粮草辎重运到黄河，再由黄河运输到前线。但黄河北岸是北魏的地盘，要想从黄河进行大批量的运输，还得北魏愿意才行。于是，刘裕派人给北魏送去重礼，要求借道。

北魏这个时候已经换了皇帝。皇帝拓跋珪早年去贺兰部的时候，见到一个极美的美女，可惜的是这个美女已经结婚了。为了得到这个美女，拓跋珪派人暗杀了她的丈夫，然后把她即贺氏娶回宫中，封为夫人。后来贺夫人生下一个儿子叫做拓跋绍。

可能是上天报应，拓跋绍打小就是个凶狠无赖之徒，他最大的爱好就是在大街上抢劫，把行人连衣服都剥得精光。拓跋珪对这个儿子很是不喜欢，曾经让人把他拴住倒悬在井中，直到快死了才拉出来。拓跋绍也对父亲非常愤恨。

天赐六年（409）十月，拓跋珪要立长子拓跋嗣为太子。按北魏的旧风俗，只要是立太子，一定要先把太子的母亲杀死，这虽然是为了防止太后和外戚专权，但也很残忍。拓跋嗣的生母是刘贵人，刘贵人就要被赐死。但拓跋嗣对母亲很孝顺，大哭着乞求拓跋珪饶母亲一命。拓跋珪说：“当年汉武帝杀钩弋夫人，就是为了防止母后干预朝政和外戚作乱。古人也做过这样的事，这有什么奇怪的。我们这样做是为了国家长久啊。”拓跋嗣没办法，只好回到东宫。但是天天痛哭，没完没了。拓跋珪心烦意乱，便派人再召拓跋嗣入宫。拓跋嗣干脆带了两个心腹趁夜逃走了，心说：“我不当太子，总行了吧。”

贺夫人听说拓跋嗣逃了，于是便请拓跋珪立拓跋绍为太子。贺夫人为了儿子前途，甘愿赴死的精神实在可嘉。但这又触到了拓跋珪痛处，他大怒道：“朕最恨的就是妇人干政，所以才有杀母立太子的规矩。你来干政，那你是找死。”当即命人把贺氏拖出去，等天亮后处决。拓跋绍知道这个消息以后，立即率领心腹武士，并买通宫内宦官、宫女，连夜翻墙入宫，杀入天安殿，将拓跋珪乱刀砍死。拓跋珪时年只有三十九岁。

第二天一大早，百官在端门外等着上朝。上班的时间早就过了，宫门却迟迟不开。一直等到中午，宫门的门缝里才传出一个声音：“我有叔父，也有兄长。你们打算立谁为帝？”这是拓跋绍的声音。

百官听了都很惊讶，过了一会儿才反应过来拓跋珪已经死了。百官顿时议论纷纷，人猜疑拓跋珪的暴亡与拓跋绍有关。但因为拓跋珪只有两个儿子，另一个儿子失踪，这个儿子杀父，他们一时也不知道该如何是好，便都回家去了。

百官中有一部分人比较机灵，急忙出城寻找到拓跋嗣，把拓跋嗣请了回来。拓跋嗣一回来，大家有了主心骨，很快就有握兵权的将军主动把拓跋绍擒获，交到拓跋嗣手里。拓跋嗣命令把拓跋绍和他的母亲贺氏，以及拓跋绍帐下的所有兵将以及充当内应的宦官、宫女全部杀死，然后继皇帝位。

到北魏拓永兴五年（413），拓跋嗣迎娶姚兴的女儿西平公主为妻，先给以皇后的待遇，但因为没能铸成金人，所以只好封为夫人，但对西平公主极为宠爱，胜过后宫中所有嫔妃。北魏和后秦也因此关系十分亲密。

东晋攻伐后秦的时候，后秦向北魏求援，刘裕向北魏借道。

拓跋嗣经过反复考虑，决定拒绝晋军借道。拓跋嗣派司徒长孙嵩都督山东诸军事，派振威将军娥清、冀州刺史阿薄干率十万大兵驻守黄河北岸，派黑槊将军于栗沿黄河北岸的重要渡口构筑堡垒，防止晋军过河北袭。

晋军因为北魏不肯借道，所有船舰只能尽量靠着南岸西行，晋兵在岸上用长绳拉纤前进。但因为风大浪急，有些纤绳断了，战船就漂流到北岸。北魏军便夺去船只，杀死船上晋兵。刘裕如果派兵登岸还击，魏军便逃走；等晋军退回去，魏军就又返回岸边。因为魏军是骑兵，所以晋军也拿他们没办法，前进速度明显受阻。而王镇恶又因为断粮，屡屡来催，弄得刘裕很是苦恼，每天晚上都睡不好觉，一直在想办法。这天晚上，刘裕又在思考。传说这时候他抬头望月，见天上半轮弯月，正在穿云破雾而行，突然悟出一个奇阵来。刘裕立刻招来相关技术人员，连夜准备和赶制了战车一百辆、连臂大弩一百张、四尺铁槊一千余根、大锤一百把。第二天武器齐备之后，刘裕命七百士兵用这些武器在黄河北岸摆出一个新月形的战阵，这就是历史上有名的“却月阵”。

这个“却月阵”以两千七百人大败对方三万人，成为历史上经典战役中的经典。而后来再没有人用过这个阵形，又是少见中的少见。所以有必要在此详细的解释一下。

“却月阵”以河岸为月弦，月弓的弧形对外，形成一个新月形阵地。一百辆战车中每车配七个人，一张连臂大弩，十多根四尺铁槊，一把大锤。布阵后，有两千士兵在水中作预备军，携带大弩百张。一旦敌方开始进攻，立刻从河中进入阵中，每辆战车上各加设二十名士卒，并在车辕上架有盾牌，以保护战车。

长孙嵩因为见晋军只有七百多人，便派了三万骑兵去冲，欲把这七百人全部赶到黄河里喂鱼。在进入射击距离后，晋军先用大弩射，这种弩射得很远。所以长孙嵩的部队在很远的地方就开始挨揍，等他们前仆后继以极大伤亡的代价冲到比较近的距离时，晋军又把四尺铁槊上在大弩之上，用铁锤来击发。这种新式武器杀伤力极大，只要碰着不死也得半残，就是被扫个边，也得拉下二斤肉来。而半月形的阵地又注定魏军在冲向敌阵的时候要越来越密集，人挤人，人挨人，魏军攻得越近，那四尺铁槊就越能多多地杀伤杀死敌人。一个四尺铁槊弹射出去，一开始还只能打倒三四个人，等魏军逼近后，便能打倒七八个，甚至十多个，以至于晋军的阵地前尸积如山（人的尸体和马的尸体），成为天然的屏障，后面的人根本就冲不进来。魏军死伤惨重，攻击效果却不明显，很快失去信心，纷纷后撤。

刘裕急派振武将军徐猗之率五千骑兵渡河，追击魏军。但魏军毕竟还有一万多人，在被徐猗之追上之后，反而给徐猗之一个反包围。幸好朱超石赶来增援，魏军才又撤退。晋军也不再追，返回南岸。

这次胜利，给了魏军一个狠狠的教训，魏军再不敢袭扰晋军，刘裕西进的速度大大加快，为伐秦战争的胜利起到了决定性作用。

王镇恶得到后勤补给之后，带兵袭击了在陆路设卡的姚鸾和在水路设卡的姚赞。姚鸾战败被杀，姚赞战败退回定城。姚绍再一次派长史姚洽、宁朔将军安鸾、护军姚墨蠡、河东太守唐小方在黄河北岸的九原（今山西新绛北）依险修筑工事，想在这里断绝王镇恶的粮道。但刘裕派沈林子、檀道济、刘遵考、毛德祖等数路兵马，以优势兵力强攻下九原，把姚洽、安鸾、姚墨蠡、唐小方全部杀死。至此，姚绍断敌军粮道，坚守待敌自退的战略全部破产，他所能做的只能是坚守城池，尽量拖延灭亡的时间。姚绍身体本来就不好，在这样的刺激下，身体恶化，不断地吐血，很快病亡。姚赞继任为统帅，但他所能做的，也只是坚守不出。

东晋义熙十三年（417）八月，刘裕大军攻破武关，向后秦发起最后的总攻。沈田子、傅弘之一部由武关北进攻青泥，抄长安的后路；刘裕亲率主力由潼关从正面攻向长安。

姚泓也率五万人马先出城到青泥进攻沈田子。他想先击灭这支兵力不多的晋军，解决后顾之忧后再与刘裕的晋军主力决战。姚泓的战略意图是十分正确的，但在战术运用上他不如沈田子这名老将。沈田子虽然只有四五千人，但他先发制人，在秦营正在忙着扎营的时候发动攻击，并利用穿插战术大败后秦兵，秦军逃回长安。

刘裕这一路并没有强攻定城，而是按照王镇恶的建议从黄河入渭水，走水路绕过定城，直奔长安。姚赞担心被包围，便弃定城，退守郑城。刘裕故技重施，再以水路带重兵到达姚赞的后方。姚赞又弃郑城，退守灞东。灞东就在长安东门外不远的灞水之东，也就是说刘裕已经来到了长安城下。姚赞退无可退，便在灞东与刘裕的大军决战，从双方士兵的战斗力、将领的军事指挥才能以及兵力对比可以看出，失败的肯定是后秦。秦军全军覆没，姚赞和姚泓退回长安城。王镇恶追入平朔门（长安北门），城内的秦军根本不能抵挡，很快就被击溃。姚泓退守内城，这个时候秦军已成惊弓之鸟，士气低落，毫无战斗力可言，不断有人逃走。姚泓知道大势已去，便在第二天带着妻子儿女和百官出降。姚赞不久也率姚姓宗族向刘裕请降。刘裕把姚泓留下，其他姚氏宗族全部在长安处决。姚泓也不过多活了几天，被送到建康让晋安帝司马德宗参观了一下，便也杀掉了。后秦遂灭。

司马休之父子、司马国璠兄弟、鲁轧、韩延之以及桓氏子孙都逃到了北魏。刘裕本打算在长安屯兵驻守，以此为根据地扫平西北。但在建康坐镇的刘穆之于十一月突然病亡。为了稳定京中形势，刘裕只得带兵回去。他把自己十二岁的儿子刘义真任命为都督雍、梁、秦三州诸军事，安西将军，领雍、东秦二州刺史，成为长安的最高领导，以王修为长史，王镇恶为司马，沈田子和段宏为中兵参军，傅弘之为雍州治中从事史，五个人共同辅佐刘义真。一切安排妥当之后，刘裕才放心回师。但他忘了一点，沈田子和王镇恶一直就有私人恩怨，自己把这两个人放到一块儿，又没有一个能够镇得住的人当主帅，那是很危险的。这为后来长安丢失埋下了隐患。