江西和两广的相继反正，骤然改变了明清相持的格局。永历朝廷的无能突出地表现在缺乏全局战略眼光，把时间都耗费在移跸和加官晋爵等不急之务上，仿佛从此可以结束四处奔走的逃难生涯，静听各勋捷报了。李成栋反正之时如果立即出师北上，可以赶上金声桓、王得仁攻取赣州之役，赣州清军当时已弹尽粮绝，必下无疑。然后合兵北上，迎击谭泰、何洛会清军，取胜的把握要大得多。五月，金声桓、王得仁被迫解赣州之围回救南昌，江西的形势明显恶化。要想扭转战局，关键在于李成栋北上江西，与金、王所部内外夹攻，击破清军，收复全省。八月，成栋在广州教场点兵拨将，亲自统率大军直趋南雄。“旌旗器仗焜耀一时，所携粮饷、弓刀、铳炮、火药等不可计数。其气壮，意在必得”。出兵前后，李成栋多次致信清朝赣州守将，进行招降。刘武元、胡有升、高进库等人采取缓兵之计，不断派使者回信表示愿意反正，借以麻痹李成栋；实际上却乘金声桓、王得仁退后，赣州围解，广东明军未到之时在附近乡村搜括粮食，加固城防工事。钱秉镫在奏疏中说：

臣顷度岭（《所知录》作“予以九月初旬度岭至南雄”），遇勋臣成栋出师下赣，兵威甚盛。成栋尚驻南雄，以俟赣州之降，监军侍郎张调鼎见臣，言赣州降书叠至，旦暮可下，赣下即长驱而进，以解南昌之围。臣以为赣未必下，而南昌事甚急也。臣所从间道去赣城三十里，土人有言：城中兵每日早出暮归，每骑须括粮三石，押运入城，今村中粮且尽矣。据此乃坚壁清野之计，无降意也。其言降者所以缓王师之出岭而候南昌之信。以南昌卜也，我胜则降，彼胜则抗，情理易见。而勋臣信其必降，退居岭上，听其增修守御，误矣！

且解南昌之围，何必定先下赣州乎？赣州虽不降，亦仅足以自守。今以一兵驻南安缀赣州，使不敢出；而湖东、湖西皆有路可达南昌。臣由湖东来，建、抚各郡邑皆为我守，虏亦置之不问。自新城历南丰、广昌、宁都以至雩都，皆两勋（指金、王）所设官征粮守城，士民冠服如故。惟雩都城内仍是虏官，城外皆为我百姓，无剃发者；间有剃发者在津口守渡，以舟渡臣，自言系守城兵，报称岭南军威之壮，兵甲之精，意若引领望其速来，则此辈情已可知。至于湖西一路，臣不深悉。闻吉安守将刘一鹏本与两勋同举事者，今虽为虏守，犹怀观望。此两路皆可进兵。今督师何腾蛟新复衡州，其势甚锐，各路之兵尽壁长沙。诚令以偏师由衡州出吉安，数日可至，吉安必望风而降。而长沙一营直趋袁州，取临江，其势甚易。成栋舍赣州不攻，以全师驻信丰，下兵雩都，收召湖东义师，可得十数万使为前驱，而会湖西之师两路并进，分驻东西二隅，以全力与虏对垒，以游兵统率义师更翻往来，四路迭进，以挠守围之兵。义兵虽不足战，而以填堑决围则虏兵分而备御不及。城中受困已久，望见两路旗麾，大兵云集，勇气自倍，奋死开门背城一战，外内合击，虏未有不败，围未有不解。解围之后，而并力乘势直下江南，江南可传檄而定也。臣故曰：救江西为今日中兴之急着；舍赣州而径下尤为今日救江西之胜算也。

张调鼎曾将钱秉镫的意见传达给李成栋，成栋不以为然，说他是书生不知军计，未予采纳。

九月下旬，李成栋部越过梅岭，分兵两路，一由龙南、信丰，一由南安（今大庾）、南康，直逼赣州。十月初一日，李军到达赣州城下，“连营数十余座，炮火连天，环攻彻夜”。清南赣巡抚刘武元、总兵胡有升、副总兵高进库、刘伯禄、先启玉等见明军势大，商定“利在速战”，即趁李军营垒未固、濠沟未成之时，挑选精锐士卒突然开城出战。次日凌晨，清南赣守军分别从小东门、南门、西门出城，“奋命冲杀”。成栋军立脚未稳，猝不及防，被清军冲入营垒，将士惊惶败退，自相蹂践，阵势大乱，兵员和器械损失很多。李成栋被迫撤军南安，自己返回广州。清南赣巡抚刘武元报告说：“贼带红衣大炮一百位，来攻赣城四十位，尚有六十位见在梅岭。……今诸贼虽落胆败遁，屯驻南安，纠合各处土贼，多携大炮，势必复来犯赣。而残破城垣立见倾颓，万一人心惊惶，战守而无所恃，职死固不足惜，而朝廷四省咽喉尽轻弃于一旦耳。”明鲁可藻也记载道：“成栋至南雄，扛舟过岭，尽运所携资械，气甚壮。营栅未定，赣人突出一冲，争渡不及，溺水者以万计，幛房衣甲尽弃，神气以是而沮，元气以是而伤。”李成栋第一次进攻赣州失利是由于既不知己也不知彼，开战以前还没有作好充分准备就以气吞万里如虎之势直薄赣州城下立营猛攻；失利之后又过高地估计了赣州清军的力量，没有组织手头兵力继续进攻。十月初二日的受挫，从清、明两方的记载来看，大约损失了兵卒伕役一万，盔甲、大炮、马骡、器械的一半。而成栋部下将领并没有伤亡，运到梅岭一带的大炮器械尚多。赣州守城清军侥幸得胜，但“兵马有限”，估计最多只有五六千名。所以，刘武元等在险胜之后“激切启请征南大将军（指谭泰）发兵急救”。李成栋初战受挫后即放弃进攻，自行返回广州，不仅使赣州清军得到休整的机会，而且由于南昌方面来援的清军及时到达，取胜的把握更加渺茫了。

经过短暂的休整和补充兵员、装备，李成栋在1648年（顺治五年、永历二年）除夕赴肇庆面见永历帝“请方略”，次年正月再次从广州率军北上南雄。二月下旬，成栋大军已经全部度过梅岭，进入江西境内。为了避免重蹈上年十月间匆促攻城招致失败的错误，李成栋决定先占赣州外围各县，然后进攻赣州。他亲自率领主力驻于信丰，派宣平伯董方策等占领雩都等县。从清方来说，正月间攻克了南昌，赣州已无后顾之忧，而且征南大将军谭泰所派梅勒章京胶商等统领的正红旗与正白旗满洲兵也来到赣州，兵力有所增强。很明显，双方的态势已经发生了变化。尽管在兵员数额上李成栋军仍占优势，但清军凭借挫败李军攻赣和攻克南昌的声威，正处于士气高昂之际。按情理说，李成栋进至南雄以后，应当得到金声桓、王得仁覆败的消息，本该扼守梅岭，稳扎稳打，待谭泰、何洛会、刘良佐等班师回京以后（谭泰等奉旨“凯旋”在三月间，清廷直到五月间才得到李成栋攻赣败亡的消息。可见无论是清廷还是谭泰、何洛会等人在镇压金、王反清活动后都急于把这支清军撤回北京），再徐图入赣。换句话说，李成栋二次入赣只在战术上作了一些改变，并没有从战略上考虑双方条件的变化。南赣清军将领刘武元、胡有升、梅勒章京胶商密议后，决定仍以“利在速战”为方针，在明军临城之前主动出击。二月十六日，清满汉主力由赣州出发，向李成栋所驻的信丰进攻，同时派兵八百名前往雩都协防。二十八日，清军进攻屯扎于渠岭的明武陟伯阎可义部，连破阎部在该地设置的木城五座（按：木城是以木桩部分埋入土中相连而成的防御工事）。二十九日午时，清军进至距信丰五六里处，李成栋挥军迎战，为清军所败，成栋退入城中。三月初一日，清军开始攻城。当时信丰东门外桃江河水泛涨，不能涉渡。清军即在西、北两门外和南门旱路上挖濠栽桩，防止明军突围。成栋军心不稳，于是日夜间出东门渡河逃窜。清军占领信丰，对城中居民滥加屠杀，同时乘势尾随追击。李军大乱，将领纷纷南窜，成栋在渡河时坠马淹死。关于李成栋之死，清南赣巡抚刘武元、总兵胡有升奏报中说，三月初四日“生擒活贼审供，李成栋投河淹死等语”。初五日左协副将高进库部下兵丁在河滩“捉获大马一匹，镀金鞍辔俱全，送营报验，审问活贼供称系李成栋骑的战马，随验明转解江西（指南昌）报功”。从南明史料来看，李部将士在信丰突围时各自争相逃命，直到撤至大庾岭清点兵马时才发现主帅无影无踪，经过追查方知成栋落水淹死，当时的混乱可想而知。

1649年春天，永历朝廷经历了一场中兴的幻灭。正月，何腾蛟在湘潭被俘杀；金声桓、王得仁在南昌覆亡；三月，李成栋兵败身死。噩耗接踵而来，朝廷上下一片惊惶。李成栋部将江宁伯杜永和原为成栋中军，重贿诸将推自己为留后，让武陟伯阎可义率众扼守梅岭，自己同其他将领返回广州。成栋养子李元胤在肇庆行在，面见永历帝痛哭流涕，永历帝封元胤为南阳伯挂车骑将军印；元胤辞免，仍旧以锦衣卫都督同知提督禁旅。永历朝廷追赠李成栋为宁夏王，谥忠武，赐祭九坛，葬礼极为隆重，“甲马数十队以彩缯为之，一时灰烬”；“爱妾数人皆令盛服赴火死，尽用夷礼”。永历帝派戎政侍郎刘远生持手敕前往广州慰劳诸将，打算利用刘远生和李成栋是陕西同乡的关系接管两广总督职务。不料，杜永和掌握着两广总督大印，公然开印视事；永历朝廷无可奈何，只好默认。关于这件事，钱秉镫有一段议论颇有见地。他认为“当时诸将惟成栋子元胤可用。使闻变之时，即令李元胤驰入其军，摄行帅事，而召杜永和入代元胤禁旅之任。彼即拒朝命，无以拒元胤也。元胤果断有智略，又其诸弟李元泰、李建捷皆军府要职，最称骁健。元胤至，诸将即有异志，元胤亦足以制之矣。于是移军府于南龙，宿重兵于岭上，北师虽锐未可长驱而入也”。永历朝廷的当权人士既昧于洞察形势的能力，又缺乏知人之明，以为趁李成栋溺水而死的机会可以通过任命刘远生为总督把广东一省军政大权收归朝廷。结果事与愿违，杜永和联络诸将推自己为留后，实际上又节制不了原先同自己地位相仿的将领，广东的局势从此逆转。杜永和等人毫无远志，一味麇集于广州等富庶之区，过着花天酒地的生活。