1647年（顺治四年、永历元年）四月十六日，在苏州发生了苏松提督吴胜兆反清复明的事件。吴胜兆，辽东人，曾经在明朝军中任指挥；降清后跟随多铎大军南下，顺治二年七月二十六日到苏州就任苏松常镇提督。顺治三年正月，太湖义师攻破吴江县，吴胜兆带兵进剿，在县城内外大肆抢掠，“远近怨声沸腾”，闽浙总督张存仁上疏参劾，清廷给他罚俸六个月的处分，吴胜兆因此“心甚怏怏，每怀异念”。在扫荡太湖等地的抗清武装时，他招降了不少义军首领，兵力大增，又与同驻苏州的清江宁巡抚土国宝摩擦甚多。土国宝密报驻于江宁（南京）的内院大学士洪承畴，说吴胜兆招降纳叛，心怀不轨。洪承畴认为这是巡抚和提督之间的矛盾，命吴胜兆于顺治三年七月初八日移镇松江。吴胜兆受到土国宝的排挤，内心更加不满。他部下的参谋戴之俊（字务公，长洲生员）、吴著等人原是抗清义师首领，乘机劝他反清复明。吴胜兆后来供称：

顺治四年三月内，有戴之俊前向胜兆吓称：“苏州拿了钱谦益，说他谋反，随后就有十二个人来拿提督。你今官已没了，拿到京里有甚好处？我今替你开个后门，莫如通了海外，教他一面进兵，这里收拾人马，万一有人来拿，你已有准备。”胜兆又不合回称：“我今力单，怎么出海？”戴之俊回云：“有一原任兵科陈子龙，他与海贼黄斌卿极厚，央他写书一封，事必妥当。”胜兆又不合允从，即令戴之俊前向陈子龙求书。子龙即发书一封，内大意云：“胜兆在敝府做官极好，今有事相通，难形纸笔，可将胜兆先封为伯，后俟功成再加升赏，其余不便尽言，来将尽吐其详”等语，将书封付戴之俊回见。胜兆遂不合与李魁、吴著等及在官（按，明清术语“在官”意为已被捕“在押”）陆冏、左帅、刘承高，并胜兆舅子林可进、亲弟吴胜秦、族侄吴奇，先逃今投到马雄及脱逃未获顾有成等各不合商谋。胜兆说：“我如今手下有兵马四千号，要取苏、松不难，海外黄斌卿兵马亦不便前往，只要分兵一枝到江阴，一枝劄镇江海口，牵制江宁兵马，我便好取苏州，然后会齐水陆并进，往江宁去。”

陈子龙是明末复社钜子，以经世致用自命，在绅衿中有很大的影响，清军南下后他积极参加抗清运动。戴之俊的来访立即得到他的支持。他不仅慨然允诺利用过去任绍兴府推官时同昌国参将黄斌卿的旧交写信牵线搭桥，还请友人夏之旭作代表去见吴胜兆，鼓励他反戈易帜。当时，据守舟山的明军主要是隆武帝所封肃虏侯黄斌卿的部队，鲁监国部将定西侯张名振以及总督浙直水师户部左侍郎沈廷扬、监军张煌言等也有一部分军队驻于该地。开初，黄斌卿不愿出兵接应；沈廷扬、张名振、张煌言和给事中徐孚远、御史冯京第等人都认为机不可失，力主出兵。黄斌卿难违众议，同意派部分兵将参与接应。张名振等人立即用银铸造监国鲁王颁隆武三年“平江将军之印”一颗，另有封定吴伯加平江大将军敕书一道，交密使带回授予吴胜兆，并且告诉他将另行“补铸伯印赍来”。在密信中约定四月十五、十六日舟山海师进抵吴淞，同吴胜兆内外配合，共襄复明大业。吴胜兆收到密信和银印后当即按计划而行，由戴之俊草拟了“恢复中兴条约”。四月十六日，他以会议“下湖剿贼”事务为名，把松江府海防同知杨之易、理刑推官方重朗请到提督署内。二更时分，吴胜兆喝令一声：“拿了！”副将李魁立即率领官兵一拥而上，当场把杨、方二人乱刀砍死，下令文武官员割辫反清。吴胜兆派督标中军副将詹世勋、左营中军都司高永义前往海边迎接舟山海师。

对于吴胜兆的决意反清拥明，张名振认为是一个难得的机会，只要吴胜兆部同舟山明军会合就可以轻易拿下松江、苏州两府，然后同太湖地区的抗清义师分头出击，有可能趁势收复南京，推动大江南北的抗清斗争。因此，他和沈廷扬等带领本部兵员和黄斌卿的一部分军队分乘战船二百多艘，从舟山出发，准备按预定日期到达松江。不料四月十三日在崇明附近海面遇上飓风，不少船只被汹涌的波涛掀翻。张名振的座船也在风浪中撞破，他坠入海中，抱着帆桅挣扎上岸，找到附近一座小庙藏身。寺里的和尚玄一是位同情复明运动的僧人，一见张名振的装束，立刻明白他的处境，给他剃发换衣，饭后催他快逃。张名振把随身携带的银印交玄一保存，匆匆找了一条小船返回舟山。追捕的清军在寺内搜出“大领湿衣”和银印，推测张名振脱逃不久，质问去向，玄一故意指错道路，清兵追缉不获，以隐匿纵逃罪把玄一处斩。监军张煌言也因“飓风覆舟，陷虏中七日，得间行归海上”。沈廷扬、总兵蔡聪（黄斌卿妻舅）等将领十余人上岸后被清军俘获，七月初三日就义。这样，从舟山出发去接应吴胜兆的海师被迫返航。

詹世勋、高永义瞭望海上，直到天亮不见援兵踪影，感到事情不妙，就同另一副将杨文启、材官沈兰等合谋反戈一击。他们带领兵丁攻入提督衙门，砍死李魁，逮捕吴胜兆、陆冏，解送苏州转押南京。吴著、戴之俊、乔世忠、王兴邦、黄国桢、孟学孝等人当场被杀，借以灭口。

消息传到南京，洪承畴同操江总督陈锦、镇守南京满兵提督巴山会商后，决定由陈锦、巴山亲自统兵前往苏州、松江。二十二日到达苏州，正值“湖祲跳梁”，陈锦、巴山判断这是吴胜兆联络的太湖义师，立即分兵先行入湖清剿。接着在苏州、松江一带大肆搜捕抗清人士，稳定局势。从四月下旬到五月间，清军在松江、苏州、太仓二府一州严缉党羽。陈子龙被指控为主谋，他隐姓埋名从松江逃往嘉定侯岐曾家，又转往昆山顾咸正、顾天逵父子家，终于被清军捕获。五月十三日用船押解途经娄县吕冈泾时，陈子龙借口出恭，乘看守人员不备，跳进河中淹死，清军把他的头砍下来悬挂示众。夏之旭于五月二十五日自缢于文庙。接着，清政府又抓获了参与吴胜兆反清活动的吴胜秦（胜兆弟）、吴奇（胜兆族侄）、林可进（胜兆妻舅）、刘承高、左帅、黄锦标、钱彦林、顾咸正、夏完淳、钦浩、刘曙等人。顾咸正是明朝举人，曾任延安府推官，逃回故里后隐居不仕，仍不忘明室，他的儿子顾天逵是侯岐曾的女婿，侯岐曾的哥哥侯峒曾在顺治二年嘉定抗清中遇难；侯峒曾的幼子侯玄瀞又是夏完淳（其父夏允彝亦因抗清死难）的姐夫。三家患难与共，风雨同舟，经常聚会于侯玄瀞家内，“谈及时事，各蓄异谋”。顾咸正提出“海外黄斌卿是夏允彝结拜兄弟，可结连他起兵，我等作为内应”。三人即各具奏本、禀揭、条陈等文书托反清志士谢尧文交付给通海舵工孙龙送往舟山黄斌卿处。此外，托谢尧文、孙龙带通海文书的还有“结连过苏松湖泖各处豪杰、同心内应好汉”的钦浩、吴鸿等人，他们也写就各类禀帖，推荐某人可为文官，某人可任武职（谢尧文即被荐为游击）。行前，顾咸正等郑重叮嘱谢尧文道：“你须谨慎，此事关系身家性命。”不料，三月十九日谢尧文身着“宽衣大袖，形迹可疑”，被清朝柘林游击陈可截获，审出窝藏的通海文书。清政府即按名搜捕，除侯玄瀞逃出外，其余抗清人士都被查获，侯歧曾、顾天逵等首先被杀。清刑部题本中说：顾咸正等“率皆心臆共剖，肝胆相许。文愿设谋于帏幄，武愿戮力于疆场。虽射天之弓未张，而当车之臂已怒。无将之诛，万不能为各犯贷也。”清廷下令把顾咸正、钦浩、吴鸿、夏完淳、谢尧文、汪敬、孙龙等三十四人不分首从一律处斩，妻妾子女入官为奴，财产籍没充饷。九月十九日，两案四十四人在南京遇难。依据其他文献，在这次大搜捕中遇难的还有张宽、殷之辂等人不在上述数十人之内。殷之辂曾任明朝中书舍人，洪承畴审问时说：“汝是明朝都大的官，作谋反大逆的事？”殷之辂冷言反讥道：“汝是明朝都大的官，作谋反大逆的事？”洪承畴恼羞成怒，命人拖出处斩。因吴胜兆一案牵连被杀的还有杨廷枢。廷枢，字维斗，吴县人，崇祯三年应天乡试解元，为人尚气节，著名于当时。清兵南下后，他避居于邓尉山中。鲁监国遥授以翰林院检讨兼兵科给事中的官衔。他不仅秘密联络抗清志士，还通过门人戴之俊直接策动吴胜兆反正。事败以后，四月二十日被清军捕获，遭到严刑拷打，“遍体受伤，十指俱损”，仍矢志不屈。清朝官员想借重他的名望，劝他剃发。他回答道：“砍头事小，剃发事大。”五月初一日被杀，时年五十三岁。这位自幼仰慕宋末文天祥为人处事的爱国志士，终于不负平生所学，为抗清复明事业慷慨捐躯。

吴胜兆反清活动的失败，原因是多方面的。首先，他策划反清本来应该严格保守机密，尽量使易帜反正显示其突发性，以收出敌不意之效。一旦宣布反正立即固守松江，夺取苏州，会合舟山海师和太湖义旅共图进取。可是，许多史料都记载，吴胜兆起事之前他的参谋人员即在四出联络时张扬其事，弄得人言籍籍，结果仓猝而起，终归失败。其次，参预密谋的核心人物应当非常可靠，吴胜兆对部下将领缺乏控制力，他被捕后在供词中说：“四月初六日（即起事前十天），在官中军原任副将詹世勋率领各标头领泣向胜兆苦劝不可乱做，外边口声不好，不如将戴之俊、陆冏、吴著杀了以谢人言。胜兆不肯听从，说我谋反有何凭据，教我杀他三人，不如先杀我罢。众将不敢再言。”吴胜兆既明知中军副将詹世勋等不可靠，就应该先发制人，另以亲信取代。四月十六日宣布反正时，高永义、沈兰“不肯割辫”，吴胜兆只是逼勒割去辫子，又未采取断然措施，在关键时刻粗心手软，以至祸起萧墙，功亏一篑。第三，舟山派来的接应海师遇上飓风，不战而败，这一偶然事件并不是关键因素，从清方奏报来看，海师因天有不测风云颠覆了部分船只，兵员损失并不太大。松江起事以后仍可派兵接应，加上太湖义师和潜伏于松江一带的复明势力配合作战，清方南京、苏州驻扎的有限兵力很难应付。事后，洪承畴在奏疏中也说：“非仰仗圣天子弘福，吴会半壁尽属战场矣。”