1647年八、九月间泉州战役，郑成功还是以定国公郑鸿逵的助手身分参战的。战败返回安平以后，他加强了自身力量的积聚，广泛召募文武人才。在他的感召下，原浙江巡抚卢若腾、进士叶翼云、举人陈鼎等相继而来。郑成功对他们礼敬有加，待如上宾，每遇重大事情都征求他们的意见，逐渐形成了一个政治上参与决策，联络各地抗清势力和治理地方的文官幕僚班子。同时凭借他在隆武朝廷内的地位和郑芝龙的旧关系，招集兵将，不断扩大自己的军事实力。

郑成功的部将主要来自四个方面：一是跟随他起兵的少数将领，如洪旭等人；二是福建沿海应募而来的有志之士，如海澄人甘辉、漳浦人蓝登等；三是跟随郑芝龙降清，拨归佟养甲、李成栋部下进攻两广，1648年李成栋反正后由粤返闽的将领，如施琅（当时名施郎）、洪习山、黄廷等；四是清方派驻东南沿海的少数仍怀故国之思的将领自拔来归。郑成功对于这些不同出身的将领大体上能做到一视同仁，惟才是举。特别是在军事组织上作了精心的改编，防止了将领拥兵自雄、飞扬跋扈的局面。这是他总结了弘光、隆武以来朝廷姑息养奸教训而采取的坚决措施。正是由于建立了极为严格的军事组织和纪律，郑成功才成为一位真正的统帅，而不是虚有其名的盟主。

郑成功不仅在选拔和驾驭将领上著称于世，而且非常注意练兵。他冷静地估计到己方所长是海战，然而要同优势清军作战，收复失地，必须训练步兵和骑兵。由于东南沿海缺少马匹，郑成功在组建骑兵时受到很大的限制，这是他后来同清兵作战中往往失利的一个重要原因。郑成功的严格训练海上水师是人所共知的，厦门鼓浪屿上的日光岩就因他当年雄立山顶检阅舟师而传颂至今。但是，作为一位雄才大略的统帅，他知道要恢复失地必须凭借陆战，所以他组建了许多以陆战为主要任务的营、镇，“朝夕操练部伍阵法”。

郑成功的军需供应一直是史学界关心的问题。因为他的兵力控制的地区仅限于沿海岛屿和小片滨海地区，靠当地的物力、财力肯定支持不了他的日益扩充的军队（最多时达几十万人），维持一支这样庞大的舟师和陆战部队，还要养活官兵家属，需要巨额的银钱、粮食、木材、铜铁和火药等物资。要同据有全国大部分地方的清廷抗衡，他不能不尽量扩充军队。那么，后勤支援是怎样解决的呢？大致来说，郑成功的军事供应来自三个方面：一是他继承了郑芝龙开创的海外贸易的垄断地位，充分利用自己在海上的优势，把内地的出口物资通过秘密渠道运往海外，取得巨额利润，这大概是他解决军费的主要办法。由于东南各省已被清军占领，这种对外贸易基本上是以秘密走私方式进行，现存清方档案中的片段材料可以证明其规模相当大，却无法窥知其总额和每年利润的确数。其次，是在攻占地区征收粮饷，从一些史料来考察，田赋额和因用兵而征发的劳役是相当重的，这固然解决了郑军的一部分燃眉之急，也极易失去民心。郑成功攻占的福建、广东沿海地方往往很快沦陷，这不仅是个兵力对比问题，税役的畸重（有时根本不能算赋税，而是赤裸裸的掠夺）使他难以得到当地百姓的支持。第三，福建泉州、漳州一带在承平之时就缺少粮食，要从附近省分运销供应，填补不足，其中相当一部分是从广东潮州、惠州地区转贩而来。郑成功通过海上贸易赚到的利润大抵是白银和其他物资，解决不了军民每天必需的粮食供应，因此他几次出兵潮州，目的主要是搜括粮食。

大致可以说，郑成功从1646年底开始组建自己的军队，到1648年才形成一支对清朝颇具威胁的力量。

1648年（顺治五年、永历二年）四月初十日，郑成功率领部将洪习山、甘辉等进攻福建同安县。清军副将廉彪、游击折光秋引兵出城迎敌，被击败退入城中。十八日，郑军直抵城下，清朝知县张效龄和廉彪、折光秋带着残兵败卒弃城而逃。郑成功入城后出令安民，委任叶翼云为同安知县，陈鼎为教谕，号召诸生起义勤王，劝谕百姓缴纳粮饷。正在这时，原先奉唐王朱聿入广州建立绍武政权的总兵林察从广东逃回，报告了广西、湖广等地拥立永历帝的消息。郑成功举手加额说：“吾有君矣！”排设香案望南而拜，从此遥奉永历正朔。他派隆武朝中书舍人江于灿、黄志高携带表文乘船由海道前往广东，向永历朝廷报告自己在福建沿海抗清的情况，表示愿意在永历朝廷领导下东西配合，共谋复兴。

李成栋反正以后，永历帝由南宁迁回广东肇庆，整个广东都在南明统治之下。按理说，驻于福建铜山一带的郑成功既由虚戴隆武年号改尊永历朝廷，地理位置又非常接近，似乎可以在统一部署下联兵北讨。实际情况并不如此。当时永历朝廷正处于“中兴”时期，留下的记载比较多，却极少提到郑成功。原因在于李成栋系统的将领同随成栋入粤的福建将领之间存在很深的隔阂。成栋反正以前，对郑芝龙的旧部施福、施郎、洪习山、黄廷等人既利用他们冲锋陷阵，又在给清廷的奏疏里把他们贬得一钱不值。反正以后，李成栋意气发舒，把广东看成自己的势力范围，奏请永历帝核准把施福等福建兵将遣送回籍。八月，永历朝廷改封武毅伯施福为延平伯，“敕仍回闽恢剿”。闽系将领跟随李成栋反正，不仅没有像成栋嫡系那样因反正有功加官晋爵，反而在遣回福建途中遭到李部将领暗算，企图加以火并收编。如施郎所部“自南雄抵潮郡。适潮将郝尚久者，粤师将也。阳犒师牛酒，而包藏祸心，召诸部阴为图公（指施郎）。公侦知其事，急拔众走饶平，踞守阅月突围出，且战且行，连日夜间关险阻，从弟肇琏、肇序皆随殁军中”，勉强拖到粤闽交界的黄冈镇才得以脱身，投入郑成功部下。永历朝廷内实权人物对郑氏家族旧将既是这样蛮横无理，以施福为首的福建将领给郑成功带回的讯息就不言而喻了。

七月，清靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦和福建提督赵国祚派军进攻同安。守将邱缙、林壮猷、金作裕与知县叶翼云、教谕陈鼎协力坚守。至八月十六日城破，邱、林、金阵亡，叶、陈被俘，不屈被杀。清兵屠城，“血满沟渠”。郑成功在铜山接到同安告急文书，亲统大队舟师来援，因北风正厉，船行受阻，五天后才到达金门，同安失守的消息传来，他为死难者痛哭遥祭，怅怅然回师铜山。这年福建濒海地区闹大灾荒，一斗米价格近千钱，约为平年的十倍。郑成功和郑彩组织大批船只前往广东高州（今广东茂名）明思恩侯陈邦傅辖地购买粮食，在军事上没有什么作为。直到次年（1649，顺治六年，永历三年）九月，清云霄营副将张国柱御下刻薄寡恩，部下千总王起俸带领几名亲信乘船来铜山向郑成功投降，表示愿意充当攻取云霄的向导。十月，郑成功领军直入云霄港，初十日从白塔登岸，分兵三路：左先锋施郎、援剿左镇黄廷、前冲镇阮引、正兵营卢爵由左而进；右先锋杨才、援剿右镇黄山、后冲镇周瑞、左冲镇林义、右冲镇洪习山由右而进；郑成功自己带领戎旗中军康明、中冲镇柯宸枢、亲丁镇张进由中路推进。清云霄守将张国柱命中军旗鼓姚国泰守城，自己领兵出城五里迎战。初十日午时两军相遇，张国柱被郑军左先锋施郎部下副将施显砍伤，落水而死，兵员溃散，郑军乘势攻克云霄，俘姚国泰。

云霄之战以后，郑成功发兵扼守盘陀岭，自己领军围攻与广东接境的诏安县。清漳州总兵王邦俊乘郑军西下，进攻盘陀岭。二十八日晨大雾弥漫，清军大举突击；郑军抵敌不住，中冲镇柯宸枢阵亡。败讯传来，郑成功被迫放弃围攻诏安的计划。这次战役双方都损兵折将，控制区也没有什么变化。但郑军得到了王起俸、姚国泰两员擅长骑射的将领，成功任命王起俸为铁骑镇（不久改为正兵镇），“教以学射，教以骑马”，开始组建陆战的骑兵，这对郑军后来的发展起了一定积极作用。