1647年（顺治四年、永历元年）九月，朱由榔到达柳州以后，瞿式耜坚持请他移跸省会桂林。他指出“桂林为西省上游，形胜嵯峨，城郭坚固，确然兴王根本之地。北规楚，东恢粤，惟此地为适中”。南面有思恩侯陈邦傅扼险于梧州，新兴伯焦琏镇守阳朔、平乐；北面有督师大学士何腾蛟、南安侯郝永忠堵敌于全州、兴安一带，万无一失。朱由榔认为驻于广西内地比较安全，没有立即采纳他的建议。直到十一月十三日何腾蛟节制的郝永忠、赵印选、胡一清、焦琏、卢鼎四营（按，赵、胡所领兵马合称滇营）在全州击败来犯的耿仲明部清军后，朱由榔才在十二月初五日再次来到桂林。

然而，事有意外。广东清军提督李成栋在镇压了陈子壮、张家玉、陈邦彦等人组织的抗清活动之后，稳定了广东局势，又出兵西上，思恩侯陈邦傅不战而遁，十一月间清军重新占领梧州。陈邦傅军撤退的消息传到全州，郝永忠惟恐己部留在桂林的老营（家眷和辎重等）将被陈军抢掠，急忙率兵从全州驰还桂林；督师何腾蛟带着卢鼎部也跟着南撤。全州本是焦琏的汛地，他听说郝、何率部回桂林，不知道是怎么一回事，只留下部将唐文曜同全永总兵王有臣守全州，自己也带领主力奔往大墟（今桂林东南大圩）。唐文曜、王有臣眼看各营主力纷纷撤回桂林，又得到梧州失守的消息，判断在清军东、北二路夹击下广西难保，就同全永道马鸣銮合谋于十二月十二日派使者往湖南永州（零陵）向清方接洽投降。清怀顺王耿仲明不久前进军受挫，对他们的主动请降心怀疑虑，拒绝接受。明全州监军周震坚决反对降清，对唐、王、马的变节行径痛加斥责。三人恼羞成怒，当即把周震拖出衙门杀害，然后派人带着周震的头和敕印往永州纳降。耿仲明大喜，派二千骑于十七日到达全州接管该地，“全州遂拱手送人矣”。

全州降清以后，广西门户洞开。1648年（永历二年，顺治五年）正月，督师何腾蛟驻守兴安，发出檄文命令各将领抽调兵马赴该地堵截清军由全州南下。郝永忠派部下罗中军带领一千名骑兵前往兴安。二月初一日，清孔有德、耿仲明、尚可喜三王兵由湖南经广西全州向桂林推进。明督师何腾蛟惊惶失措，竟然在滇将胡一清等保护下临阵脱逃，郝永忠派出的骑兵在兴安陷入重围，城破后全部战死。郝永忠接到报告后大为愤慨，坚决拒绝同守辅瞿式耜一道保卫桂林，主张奉永历帝向后方转移。二月二十一日深夜，得报清军已经进入严关，瞿式耜赶往行在（原靖江王府），见郝永忠、卢鼎、马吉翔、兵部尚书萧琦都聚集在司礼太监处商议，他叙述所见情况道：“臣聆永忠议论，则以人马挫折，意懒心灰，竟欲即刻整旅西行，绝无意于省城者。臣既以好语慰之，复以正言规之，而枘凿不入。”接着，瞿式耜面见永历帝，“则暂避永福之圣意已定，臣竟无从插齿，只争起驾之时刻耳”。式耜力主镇定，指出即使清军已经到达兴安，督师何腾蛟应该有告急塘报，在没有接到准确消息以前不宜轻易移跸。“若以走为上策，桂愈危，柳又不危乎？今日可到桂，明日独不可到南、太乎？”朱由榔回答道：“卿不过欲朕死社稷耳。”后来瞿式耜在奏疏中也追叙了当时的情景：“皇上声色俱厉，谓今日事势，远过武、攸。尔等必欲留朕，两宫太后即烦尔等照管。”式耜不敢再说，随众退出。次日五鼓他又面见永历帝，奏言“圣驾即欲行，宜少从容，盖乱兵乘驾发之后，必有一番抢攘。圣驾稍停，一可以救满城百姓，二可以救满朝百官”，朱由榔置之不理。瞿式耜出朝途中接到赵印选的奏疏和何腾蛟的书信，知道进入广西的清方兵力并不多，又再次入朝，以何腾蛟的书信为证，劝永历帝暂缓移跸。可是，朱由榔已如惊弓之鸟，吩咐左右立即准备撤离桂林。“随驾诸臣车马匆匆，有行色矣”。式耜的意见遭到永历帝的断然拒绝，“时天颜愈厉，天语愈严”，式耜只有叩头请死，含泪而出。二十二日上午，朱由榔和宫眷、随驾官员离开桂林。郝永忠等部明军士卒立即乘势抢夺官私财物，瞿式耜由于主张坚守桂林，拒不随驾，在一片混乱当中，他的家产也未能幸免。从他的奏疏看，郝永忠曾经派了两名官头到瞿家禁止抢劫，但是主力既已转移，禁令也难以贯彻，乱兵以索取犒赏为名，连瞿式耜本人也受了一番折磨。撤离桂林时出现的混乱和抢劫，无疑是事实；不过瞿式耜和南明其他一些官僚的记载颇多夸大其辞。有的南明史籍更是添油加醋，穷极形象，如说郝永忠于二月二十三日“抢入大内，劫帝于寝被中，舁出城外”；“留守（即瞿式耜）裸体坐署中”。这类谣言显然不可信。