郝永忠在1646年秋奉何腾蛟之命领兵援赣，迎接隆武帝，由于何腾蛟私下叮嘱不可假戏真做，在九月初二日到达郴州后一直观望不前，在该地驻扎了几个月。就时间而言，郝部到达郴州时，隆武帝已经遇难，杨廷麟、万元吉等部明军尚在赣州苦撑。何腾蛟控制着除岳州以外的湖南全部疆土，兵力多达十三镇，却只知据地自雄，毫无恤邻之念。十月初四日，赣州失守，援赣已经没有意义了。1647年春，清孔有德等部入湘，何腾蛟、章旷等节制无能，一溃千里，长沙、衡州、常德先后失守。何腾蛟、章旷带着残兵败卒逃到永州白牙桥。郝永忠兵单势孤，由郴州撤至桂阳州，在这里同清军交战后退到永州。七月，又撤至道州同保昌伯曹志建分汛据守。清军占领武冈、永州后，何腾蛟逃至广西兴安，郝永忠也率部由湘入桂，这本来是无可非议的。不料，留守桂林大学士瞿式耜和两广总督于元烨等人认定郝永忠原为“闯贼”部将，怀有极深的敌意，开初想阻止郝部进入广西，后来得报郝军已过兴安、灵川，又如临大敌地关闭桂林城门，拒绝郝部入城。于元烨等还妄想“闭门歼除”，派兵剿杀郝部，只是由于督镇标将马之骥仅有兵员数百，不敢接受“剿除”任务，才未致动武。郝永忠的先头部队在桂林城下吃了闭门羹，过了两天，永忠派营中收留的通山王朱蕴釬、东安王朱盛蒗、督饷佥都御史萧琦（后改名萧如韩）、司礼太监王坤进入桂林，在太监庞天寿家中同于元烨、广西巡按鲁可藻接洽。于元烨顽固地拒绝郝部入城，鲁可藻私下对他说：“既不请新兴（指新兴伯焦琏）来，又不及预止，且不能止矣。宜亟图之，毋为牛后也。”元烨终执前说。第二天，郝永忠率大队兵马同宜章伯卢鼎来到桂林城下。萧琦竭力劝说守辅瞿式耜出城相见，于元烨坚决反对。鲁可藻感到这样僵持下去将危及桂林地区的安全，拉着瞿式耜一道出城晤见。于元烨坐在自己衙门里不动，还为瞿、鲁冒险入“贼”营捏一把汗。瞿式耜、鲁可藻出城后，见郝营“官头下马避道，共知出晤为是矣”。郝永忠以礼相待，“但谓不应逐客”。瞿式耜婉转解释，“答应千言，不激不随，极为得体”。第二天早晨，郝永忠进城回拜，“欲无礼于元煜（烨）”，卢鼎从中调解，才在瞿式耜举行的宴会上“一笑而叙阔别”。这只是在兵力不敌的情况下，采取的官场手腕。瞿式耜等人对原大顺军、大西军所持敌对态度始终没有改变，他们是南明政权中目光短浅的一批死硬分子，对原农民军极尽打击排斥之能事。明军与农民军联合抗清中波涛叠起，都是这些掌握着南明朝廷和地方大权的官僚从中作梗，终致局势日趋恶化。何腾蛟、章旷、傅上瑞等人在湖南排挤刘体纯、袁宗第、田见秀、张鼐等大顺军旧部已开其端；瞿式耜在广西排斥郝永忠部是这样，次年阻击由湖南退入广西的李过、高一功统率的忠贞营是这样，在联合原大西军的问题上也是这样，可谓吾道一以贯之。

当时，包括由湖南退入广西的各部明军之中，郝永忠的军队实力最强。瞿式耜等人出于偏见，故意扣发粮饷。郝永忠为解决部下兵马的粮草和添补器械，被迫在桂林一带打粮索饷。广西巡按鲁可藻记，永历元年（1647）十月“郝永忠索饷于桂林。司、道、府各官各千、万不等，其饷抚萧琦为之聚敛。初，永忠扎营教场，日取乡民，弦绞其腿，讯诸司贤否贫富，阅十百人，乃于各名下画圈，以多寡分饷高下，按而索之”。瞿式耜等人还指使桂林乡村居民立团聚保，阻止郝兵需索薪菜；郝永忠大为愤慨，派出军队剿灭乡团。这些事情又成为南明官绅污蔑郝永忠的口实。

十一月，清怀顺王耿仲明等大举进攻广西全州。明督师何腾蛟驻兴安指挥，南安侯郝永忠“亲统大兵出灌恢道，于兴安闻警，一面发兵扼守灌阳，一面统兵星驰援全。本月十三日辰时，同卢（鼎）、焦（琏）、滇（赵印选、胡一清）三营至脚山，离全二十里。三营由大路往全，本爵（郝永忠自称）由小路午时抵全，至北关。虏于北门扎营，势甚猖獗。本爵身先士卒，率标镇马骑直冲虏营。虏交锋大败，奔溃北走。我兵直赶三十里，杀虏千余级，生擒二名，夺大西马三百余匹，小马无算，火炮、弓箭、衣甲、器械不计其数”。全州之战，各“勋镇共以首功归永忠”，连瞿式耜在同月十六日奏捷疏中也不能不说：“南安侯郝永忠、宜章伯卢鼎、新兴伯焦琏与滇镇赵印选、胡一清，诚不愧标名麟阁。”永历帝则称赞“全阳奇捷，真中兴战功第一”。正是由于郝永忠等在全州狠狠打击了入犯广西的清军，永历帝才在这年（1647）十二月初五日应瞿式耜等人之请移跸桂林。