永历帝由桂林逃到全州后，这里已是军阀刘承胤的势力范围。刘承胤原是一介武夫，常使用一根铁棍，人称“刘铁棍”。明朝末年任黎靖参将，崇祯十六年武冈袁有志等起义攻杀岷王。他奉巡抚王聚奎之命带兵镇压了这次起义，救出岷世子，升任副总兵。弘光初，沅抚李乾德题授总兵官，镇守武冈。1646年七月，隆武帝封他为定蛮伯，从此拥兵自重。当1647年初永历帝由梧州逃至桂林，惊魂不定时，他上疏迎驾，表面上是保护朝廷安全，实际上是挟天子以自重。这年（永历元年）四月十五日，朱由榔在刘承胤唆使下，迁入武冈州，以岷王府为行宫，刘承胤迎驾有功进封武冈侯。随永历帝迁入武冈的大臣有东阁大学士吴炳、吏部尚书李若星（原贵州总督）、兵部左侍郎管部事傅作霖（原任御史）、户部右侍郎管湖广布政司事严起恒（原为衡永副使）、太常寺卿仍管吏部文选司事吴贞毓等。五月，改武冈州为奉天府，晋封刘承胤为安国公，“政事皆决于承胤矣”。朱由榔既然以为刘承胤兵强可倚，刘承胤也借此挟制朝廷。在移跸武冈之后，刘承胤即威福自操，骄横跋扈。“一日，承胤索饷于上，帅兵清宫。王皇太后女中尧舜也，曰：‘国公知老身贫乎？’尽宫中簪珥之资简以与之，不上五百金”。有的史籍还记载，刘承胤曾企图废除永历帝，另立他的女婿岷王。“上苦承允（胤）专横，亲书密诏除刘救驾，天语极为悲切”。太监杨守春“又述上谕：内廷俱系刘党”。刘承胤营建私邸，“画阁丹梯，隐房曲间，备极俨雅”。

六月间，督师大学士何腾蛟至武冈朝见永历帝，对刘承胤的威福自操非常不满，就同部分大臣疏请永历帝回驻桂林。疏中说：“使武冈果有山川之险，兵甲之雄，粟米之富，粗号偏安。然未有处一隅而能图四海之大者，况堂堂天子，各镇皆欲争奉之以成其大，汉、唐、宋以来未之前闻。今日移跸大事，听皇上自择自行，督师一人扈驾，敢有议迎、议留者、议送者，当与众共殛之。”刘承胤原是何腾蛟的部将，受过何腾蛟的栽培，这时却惟恐何腾蛟来到武冈危及自己的权势。对于何腾蛟等人建议永历帝离开武冈更是不满，于是，他上疏要求改任何腾蛟为户部尚书专理粮饷，解除其督师职权。永历帝拒绝了他的要求，他仍不死心，面见何腾蛟索取督师敕印，大言不惭地说：“今督师非我莫人能为也。”何腾蛟断然回答督师敕印不能私相授受，需要皇帝的旨意才可以办理交接手续。同时，也不客气地告诉刘承胤，自己统率的军队中张先璧部比较弱，你连张部都制服不了，要想让马进忠、郝永忠等部听从命令根本不可能。刘承胤自知实力有限，不再逼迫何腾蛟交出敕印，却企图在何腾蛟辞朝以后，于路途中加以谋害。何腾蛟早有防备，离开武冈之前疏请把赵印选、胡一青带领的云南军队拨给自己作为督师亲军，得到永历帝的同意。于是，他先假称患病，借住在武冈城外一所荒庙里；过了几天，突然带领赵印选，胡一青两营兵夜间出发。第二天，刘承胤得到消息，已经无可奈何了。接着，张先璧从江西败回，带兵数万人来到武冈朝见永历。刘承胤惟恐张部进入武冈，迫使永历帝下诏制止。张先璧大怒，顿兵于武冈城下，指责刘承胤“劫驾”，承胤则反斥先璧为“犯阙”。双方剑拔弩张，互不相下。永历帝命兵部官员龙之沫前往张先璧营中宣谕和解，张部才转往沅州驻扎。

1646年（顺治三年）八月，清廷以恭顺王孔有德为平南大将军，偕怀顺王耿仲明、智顺王尚可喜、续顺公沈志祥、固山额真金砺、梅勒章京屯泰领兵往征湖广、两广。次年（1647）三月，孔有德率领的清军由岳州进兵长沙，明督师何腾蛟、恢抚章旷与总兵王进才等闻风而逃，浏阳总兵董英以城投降。清军占领长沙后南下衡州，明总兵黄朝宣投降；孔有德等以其蹂躏地方，民怨甚深，下令解除其部下的武器，“召朝宣入，历数残暴之罪，支解之，以快人心”。何腾蛟、章旷等人一味奔窜，势同瓦解，永州府（府治零陵）城也一度为清方所派知府接管。明副将周金汤察知城中并无清军，率领二百名士卒乘夜鼓噪登城，清知府纪某逃回衡州。何腾蛟、章旷等人才在永州府境东安县白牙市一带苟延残喘。这时已入盛暑，清兵不耐炎热，在长沙、衡州一带休息。八月初八日，章旷病死于永州。同月，清军乘秋高气爽进攻武冈、永州。当孔有德部向武冈进逼时，刘承胤部将陈友龙等迎战，“蒋虎、孙华、聂鸣鹤、张承明、张大胜等于斗溪铺俱战死”。“承允（胤）驰令禁友龙不得战，又不发救兵，友龙败还。恭顺离武冈山三十里下营，承允轻骑出降”。他向孔有德表示愿意献上永历皇帝作进见礼。孔有德怀疑其中有诈，没有立即答应。刘承胤为了表示自己真心投降，一面下令将武冈城门严密看管，防止永历帝出逃；一面自己剃头再次前往清军营中接洽投降。武冈城中的永历帝和他的一小批亲信见清军迫近，刘承胤行踪诡秘，感到情况不妙，请出刘承胤的母亲和兄弟刘承永，要求移跸靖州。在刘母出面干预下，才开了城门，永历帝和少数朝臣带着宫眷匆忙出城逃难，象征皇帝威严的仪仗乘舆等都来不及收拾，全部丢弃在武冈。出城二十里，朱由榔想到靖州是刘承胤军队的控制区，立刻吩咐：“靖州不可往，当从间道走广西。”于是，另寻小路直奔广西。到达广西古泥时，有总兵侯性接驾，朱由榔才放了心，在侯性护送下到达柳州。侯性因护驾有功，进封商丘伯。由武冈出逃时，朱由榔鉴于情况紧急，命大学士吴炳护送皇太子取道城步县入广西，结果为清军截获，太子和吴炳都被押至衡州。

刘承胤降清后，清兵随即占领武冈。孔有德发现永历帝已经逃走，立即派护军统领线国安带领一千名骑兵追往靖州。线国安部攻克靖州，生擒了明总兵肖旷等，却没有抓到永历帝。吴炳被俘后自缢；吏部尚书李若星、兵部尚书傅作霖不屈被杀；偏沅巡抚傅上瑞等投降。

孔有德等部清军这次进兵湖南，除了郝摇旗在桂阳、张先璧在沅州稍事抵抗外，南明将领非降即逃。据清方奏报，投降的不仅有明安国公刘承胤，还有封为伯爵的王允成、刘承永、董英、周思仲、高清浩、郑应昌，总兵四十七员，副、参、游等官员二千余名，马步兵六万八千有奇。这充分地反映了永历朝廷的腐败和何腾蛟、章旷、傅上瑞等人的无能。当时，除了制抚堵胤锡率马进忠等部退入湘西九溪卫坚持抗清，曹志建领兵扼守湘桂交界的镇峡关（曹志建将关名改为龙虎关）外，湖南各地都被清军占领。

九月，孔有德派刘承胤部将陈友龙攻入贵州黎平府，俘获明督师何腾蛟的继母孙氏、妻徐氏等家属一百余口。孔有德让何腾蛟的亲戚将自己的手书和腾蛟的家信带往广西兴安，信中备述清方对腾蛟的母亲和其他眷属奉养甚厚，借以招降何腾蛟。何腾蛟不为所动，坚决拒绝了清方的招降。

武冈失守以后，永历帝由小路逃往广西，驻于湖南西部的一些明朝官员同朝廷失去联络，以为刘承胤降清时必定把朱由榔当作进见礼。因此，以制辅堵胤锡为首的部分文官武将一度商议拥立荣王朱由桢为帝。这件事在熊开元（隆武朝大学士）的著作中有明确记载，他在《答熊石儿直指书》中说：“私以今日所急在讨贼，不在立君。何也？讨贼正立君之本，立君乃致寇之媒。征诸前事，靡不然者。况乘舆所向未卜，万一或有参差，鲁与唐近辙曷可再寻。”“千钧之势，争此一发。事不堪再误，愿老公祖转白荣殿下及堵、傅、杨诸公祖并各勋镇，千万珍重，千万密急。”在《答堵牧游总制书》中又再次劝说道：“侧闻荣殿下诚明简毅，备诸福德，高皇帝之业将在于斯。又得老公祖领袖群贤，共相推戴，而复仇不即位尤合春秋之义。……惟老公祖断于乃心，迅图一举。”堵胤锡为人敢作敢当，在永历帝下落不明时有意拥立荣王朱由桢即位作为明室尚存的象征，颇符合他的性格。他的主张既遭到熊开元等人的劝阻，不久又得到永历帝安全到达柳州、象州、桂林的消息，立即改弦易辙，避免了可能导致南明内部再度分裂的错误。