佟养甲、李成栋部清军偷袭广州得手以后，永历君臣仓皇逃窜，势同瓦解。佟养甲等人趁势收取广东其他府县。顺治三年十二月二十二日，佟养甲派副将张道瀛、阎可义同新委南雄副将李仰臣、董方策、张友德，韶州总兵叶成恩、副将杨友贤、王庆甫等领兵由广州北上，同月二十九日在英德县击败明将陈课、童以振二部，随即占领韶州。次年正月初七日，叶成恩部进抵南雄，当地官员不战而降。明高雷廉琼巡抚洪天擢退守琼州府（今海南省），四月初一日清副将阎可义领兵渡海，洪天擢兵力不敌，乘舟逃走，琼州遂为清军占领。这样，广东十府之地全部沦入清方之手。就兵力而言，佟养甲、李成栋本部兵马只有四千一百余名，从福建带来的原郑芝龙旧部施福、施郎、洪习山、黄廷等部也不过几千人，实力相当有限。1647年正月，李成栋率主力进攻广西，广东清军留守兵员更形单薄。

然而，腐朽无能的永历朝廷不知清军虚实，非降即逃，近于自行瓦解。镇守柳州、南宁一带的明庆远伯陈邦傅也被清军声威吓倒，私自派人同佟养甲、李成栋联络，准备投降清朝。在这种危急关头，广东的一批仁人志士奋然而起，凭借自己在地方上的影响和熟悉山川险要，组织义军展开反清活动。广东各地义师的兴起，使坐镇广州的清两广总督佟养甲穷于应付，不得不急檄进入广西梧州的李成栋部回援。正是由于他们的斗争，才使永历朝廷免遭灭顶之灾，重新稳定了广西的局势。广东素称忠义之乡，在明末清初的历史上出现了一批英雄人物，其中最负盛名的是南明“三忠”：陈邦彦、张家玉、陈子壮。

陈邦彦在绍武争立时，支持永历朝廷。朱由榔派他回广州劝说苏观生改弦更张，正值林察等击败林佳鼎，绍武君臣趾高气扬，陈邦彦知道无法完成使命，藏入高明山中。不久，佟养甲、李成栋部清军偷袭广州，绍武政权覆亡。李成栋军乘胜追入广西，永历朝廷岌岌可危。邦彦“出自山中，临西江之口，望敌旌旗，叹曰：莫救也！夫若乘其未定，得奇兵径袭广州，此孙膑所以解赵也。”他亲自前往甘竹滩联络余龙等部义军，得众数万人，奋起抗清。二月初十日，义军在江中击败清军水师，降清总兵陈虎被击毙，焚毁清方船只一百余艘；十一日，进攻广州。清两广总督佟养甲关闭城门，派使者檄令李成栋火速回援。义军攻城不下，清方又扬言李成栋将回师先捣甘竹滩，被迫撤退。陈邦彦聚兵于高明，派门生马应房以舟师攻顺德。

张家玉在隆武朝廷中曾任建国公郑彩监军，督兵援赣；后升任礼、兵二部左侍郎，清军入闽时，他正奉命回广东招募义勇。陈邦彦起兵反清时给他写信说：“成不成，天也；敌不敌，势也。方今乘舆播迁，桂林危如累卵。得牵制毋西，浔、平之间庶可完葺，是我致力于此，而收功于彼也。”张家玉非常赞同他的意见，于1647年三月间在东莞县到寨起兵抗清，十四日攻克东莞县城，活捉清知县郑鋈。这时李成栋已率师回粤，会同施福（隆武朝封武毅伯，降清后仍用此衔）部合攻东莞。张军击杀施福部副将成升，终因义师缺乏作战经验，被清军击败。张家玉的竖起抗清义旗，得到了许多地方的响应。东莞有总兵张安国、陈镇国等；新安有总兵陈文豹等；南海、顺德、增城有总兵邝日晋、湛壮等；龙门有参将刘龙、李启新、冯家禄等；潮州府属镇平、平远有兵部主事赖其肖、总兵谢志良等。清副将文贵金往剿，“伏兵四起”，文贵金被击毙。此外，韶州有陈慎、简信等；惠州有苏成等；各称拥众数万，一时声势颇众。到和东莞县城被李成栋军攻破后，张家玉的家属被杀三十余口。但他义无反顾，同总兵陈文豹攻克新安县，不久又被清军击败，陈文豹战死。张家玉志不稍馁，委派陈镇国、冯家禄领兵会合刘龙、李启新部于四月十九日收复龙门。接着，他自己亲率各部义军在七月初十日攻克博罗、连平、长宁、乳源、归善、河源等县。十月初二日进攻增城。初十日，清李成栋部主力赶到，令副将阎可义、梁得胜、张道瀛、马宝、吴之蕃等堵截通往龙门之路；副将杜永和、李汉贵等从南面进攻，参将王定国从中路进攻，总兵施郎、黄廷、副将洪习山等接应，与增城守兵内外夹击。义军虽奋勇作战，终因众寡不敌，被清军击败。张家玉中箭负伤后投水自尽，他的侄儿张胤隆等被俘。

陈邦彦与义师余龙部一度攻克顺德。李成栋率军来攻，余龙战死。邦彦移师江门，会同霍师连等部攻克清远、三水等县，兵锋直逼省会广州。清两广总督佟养甲见形势危急，檄李成栋火速来援。当成栋部向清远推进时，霍师连率舟师堵截，被清军用火攻击败，师连战死。九月十七日成栋部将杨大甫兵抵清远；十九日成栋亲自带领副将杜永和、张月、马宝猛攻清远。城陷，陈邦彦身中三刃被俘，与总兵曹天琦等六人被押解到广州。九月二十八日，佟养甲下令把他们“寸磔于市”。史载，“邦彦自起兵来，日一食，夜假寐不就枕，与士卒同劳苦。故其下人人感动，即小衄无思叛者”。

陈子壮，字集生，号秋涛，广东番禺人。万历四十七年探花，崇祯朝仕至礼部侍郎，弘光时以礼部尚书召，隆武时以东阁大学士召，均未到职。桂藩朱由榔在肇庆立国，仍授大学士。陈子壮虽因丁魁楚窃取首辅，不愿入阁受事，但他是支持永历朝廷的。当绍武政权据广州自立时，他拒不承认，写信给永历朝廷表示拥戴。不久，清军入广，家乡沦陷，陈子壮奋起抗清。他和朱实莲等官绅组织义兵以南海县九江村为基地，联络各地义军展开敌后斗争。当时，李成栋统兵在外，广州城里的清军很少，陈邦彦同陈子壮密谋攻取省城。他们同广州城内的原明朝广州卫指挥使杨可观、杨景晔秘密联系，“暗用桂字印票，号召多人”为内应，又指示“花山盗”三千人向佟养甲伪降，分守广州东门。约定七月初七日夜三鼓里应外合，一举攻克广州，救出“披缁为僧”的明赵王朱由棪以资号召。这个计划本来制定得相当周全，不料，陈子壮带领的义师数万人在预定日期前两天的七月初五日即进抵广州城下，张贴檄文的家僮被清军捕获。佟养甲审出密谋后，自知城中清军不过二百，“又有内应，城守万分危急”，他立即采取行动，捕杀杨可观、杨景晔，以犒赏为名诛杀花山义师三千人，并勒令赵王朱由棪“引缳自尽”。钱澄之《所知录》卷二记：“七月，大学士陈子壮起兵九江村，与陈邦彦共攻广州。初，邦彦约城内诸降将为内应，期以是月之七日三鼓内外并起。子壮先期以五日舟师薄城，谋泄。北抚佟养甲捕诸内应者，悉斩之；发巨炮击舟，舟毁，兵退。北风大作，养甲乘风追之，子壮大败于白鹅潭。成栋亦自新安至。子壮退保九江，又弃九江入高明，与监军道麦而炫、知县朱实莲婴城固守。”十月二十五日，李成栋率本部兵马和武毅伯施福部大举进攻陈子壮扼守的高明县。直到二十九日才用“大炮火药轰倒城墙”，冲入城内，朱实莲阵亡，陈子壮和兵部区怀炅、知州区宇宁、户部程玄等被活捉。受审讯时，陈子壮除要求赦免幼子陈上图外，表示“愿膏斧锧”，视死如归。佟养甲、李成栋等会商后决定将陈子壮“寸磔于教场”。

陈邦彦、张家玉、陈子壮领导的广东义师虽然先后被优势清军所镇压，但是，死难者的鲜血并没有白流。正是由于他们在广东各地掀起势如潮涌的武装抗清飙风，迫使清两广当局匆忙调回进攻广西的主力，永历朝廷在广西的统治才赖以维持下来。而且，清朝主将李成栋在镇压义师的过程中，亲眼看到了人心所向，这对于他次年的反清归明无疑是一个重要的因素。