清军占领浙东、福建，郑芝龙降清以后，原先唐、鲁对立的局势随着发生了很大的变化。隆武朝廷既然已经不复存在，一些不愿投降清朝的文官改奉鲁监国。清政府以为把郑氏集团的头子郑芝龙控制在自己手里就可以使福建诸将听命于己，这个目的也只部分地达到，如施福、洪习山、黄廷、施郎等人归附了清朝。郑氏集团内反对降清的势力也大有人在，郑芝龙被诓骗挟往北京更使他们心怀疑惧。在群龙无首的情况下，郑系将领一时分崩离析，自寻出路。郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时率兵保护续封唐王朱聿乘船逃往广州，成为绍武政权的主要军事支柱。郑芝龙的弟弟郑鸿逵、长子郑成功当时实力和地盘都很小，却志不稍减，致力于招兵置船，恢复海上雄风，他们打的旗号是业已被清军俘杀的隆武帝。郑芝龙的旁系势力郑彩、郑联、杨耿等人则转而改奉鲁监国。

1646年（顺治三年，鲁监国元年）六月，鲁监国朱以海在张名振等保护下乘船渡海到达舟山。驻守在这里的肃虏侯黄斌卿借口自己是隆武朝廷所封，不承认鲁监国的合法性，拒绝朱以海进城。鲁监国在舟山群岛上借住了两三个月，大学士孙嘉绩就病死在这里。九月间，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩、定波将军周瑞带领舟师四百艘来到舟山，见朱以海处境困难，决定把他迎往福建。十月二十五日从舟山出发，十一月二十四日到达厦门。这时，郑芝龙已经由安海赴福州博洛军前投降，派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿降清，他担心鲁监国的安全，就把朱以海藏起来，另找一个相貌类似的人充当替身，叮嘱部将如果郑芝龙命人来抓鲁监国，就把这冒充的人缢死，蒙混过去。幸好，郑芝龙到福州后很快就被清军胁迫北上，顾不上捉拿鲁监国，朱以海才得以在郑彩军驻地安顿下来。

从1647年（顺治四年，永历元年、鲁监国二年）开始，尽管东南沿海抗清武装中还有郑鸿逵、郑成功、黄斌卿等人以尊奉业已不存在的隆武朝廷为名，拒不接受鲁监国的领导，但大多数文官武将和浙江、福建绅民都以鲁监国作为抗清复明的旗帜。当时，清军满洲主力博洛已率部返回北京，东南兵力薄弱；抗清运动在鲁监国领导下风起云涌，取得了一系列胜利。这年正月，鲁监国在长垣誓师，“提督杨耿、总兵郑联皆以兵来会。进郑彩为建国公、张名振为定西侯，封杨耿为同安伯、郑联为定远伯、周瑞为闽安伯、周鹤芝为平夷伯、阮进为荡胡伯”；“加东阁大学士熊汝霖太子太傅，司票拟”。朝政军伍初步就绪后，即着手收复失地。正月内，周鹤芝部收复海口，派参谋林龠舞、总兵赵牧防守。二月初一日攻克海澄，次日攻漳平，失利；初三日清方援兵来到海澄，明军退至海上。初五日，攻克漳浦县，任命洪有文为知县；五天后，清兵来攻，漳浦失守，洪有文死难。四月，清兵攻陷海口，林龠舞、赵牧战死，周鹤芝引兵退保火烧岙。六月，明军攻漳州，再度失利。

七月，鲁监国亲征，号召各地绅民起义，一时远近响应，义军飙发。七月初四日郧西王朱常湖、王祁、李长蛟等人带领义军攻克建宁府，击毙清朝总兵李应宗、副将曹胤吉，擒杀清知府高简等人。这支义军连克建阳、崇安、松溪、政和、寿宁等县。清浙江福建总督张存仁接到建宁失守的消息，向朝廷报告福建“遍海满山，在在皆贼”，他惟恐闽浙路断，于七月下旬带领马步官兵一千名星夜兼程赶赴扼据浙闽咽喉的浦城。八月初九日明军进攻浦城，被张存仁部击败，义军首领李长蛟和兵部右侍郎杨东晟，总兵谢君聘、王印海、张明等阵亡。

但是，福建各地反清复明的烈火仍在不断蔓延。八月，明军攻克连江；十月，收复长乐、永福、闽清、罗源、宁德等县。隆武朝大学士刘中藻也在原籍福安县起兵，攻克县城。十月十三日，另一枝义军首领王祁“受伪鲁王伪职，称监国鲁三年号，纠集乡兵”与“伪太师冯生舜”以及陈文达、朱锋等部围攻福宁州，“四面环绕，阅九个月米盐不通”。清分巡福宁道潘映娄见城中粮尽，“士民饿殍过半”，被迫在1648年（顺治五年，鲁监国三年、永历二年）二月初五日出城“讲和”。“有伪巡按吴明中赍鲁王敕印入城，升涂登华为振威伯，潘映娄为太仆寺少卿，章云飞为桓武军门，宋若苏为兵部员外，在各官衙门开读。王公哲疑各官受职，随遣伪标官陈功、赖天成带贼三百余人进城探听，本夜被涂登华、章云飞召至察院前假言犒赏，一时尽杀。西路贼首陈文达等见王公哲贼众被杀，遂往福安请刘中藻主盟。中藻与生舜俱至江边地方扎营，称隆武四年号。城内各官分守四门。章云飞出城打仗，云飞兵败，在松山地方下船，张时任被刘中藻获剐，方国庆被杀。四月初五日，涂登华兵寡粮尽，开南门走至南屏地方为中藻追获，收在衙门内；潘映娄亦从南门出城，兵阻复回，至太平台被西路贼首卢守谱兵捆获，解到冯生舜营，亦收入衙内。……”明军遂占领福宁州。

1647年七月，明同安伯杨耿领兵一度收复平海卫。清朝援军赶到后，杨耿兵主动撤退，平海卫的老百姓惨遭屠杀。与此同时，兴化府（府治在莆田县）绅民王继忠、王时华、吴永宁、林孟、林淑德、游慎行、梁鼎钟、林兰友、周霑等纷纷起兵抗清。八月，围攻府城莆田。十一月，清福宁道彭遇引兵来救，义师大败，周霑、梁鼎钟、游慎行、林淑德战死。彭遇打算乘胜搜山追剿，福建巡按御史周世科因为省会福州也遭到义师袭击，撤回大部兵力。义师趁机再次围攻莆田，双方相持到1648年（顺治五年）春天，彭遇和兴化总兵张应元多次派兵出城作战，都被义师击败。城中原有居民二十七万，因长期受困大批死于饥饿和杀掠，只剩下三分之一。正在这时，原隆武朝大学士朱继祚从北京回到原籍福建兴化（朱继祚在顺治三年冬同郑芝龙一道被博洛挟送北京，郑芝龙一直被扣留，朱继祚被准许回籍），义师首领前来探听消息。朱继祚心不忘明，为了洗刷自己曾向清朝屈膝的羞耻，当即表示支持复明义师，给他们鼓舞打气道：“北方方乱，何能及我，且仙霞之路已绝，诸君何患？”他还派人秘密进城劝说彭遇反正。彭遇受困数月，业已束手无策，就同朱继祚约定在闰四月十七日夜间举兵内应。届时，彭遇指挥手下亲信马兵三十名、步兵数百名突然袭击兴化总兵张应元部，张应元被打得措手不及，带着残兵败卒乘夜逃往仙游县；次日晨，朱继祚带领义师进城。

到1648年（顺治五年，永历二年、鲁监国三年）上半年，以鲁监国为首的明朝义师已经收复了闽东北三府一州二十七县，省会福州几乎成了孤注。监国朱以海亲临福州城外的闽安镇指挥攻城。南明君主之中，朱以海是比较勇敢的，监国绍兴时敢于到钱塘江前线犒劳军队；这次在福州未克的情况下能够驻跸于闽安镇；后来在清军三路进攻舟山时又能亲领舰队出海迎战，比起隆武帝朱聿键“亲征”而踌躇不前，永历帝的望风逃窜，确实值得称赞。史载在鲁监国亲征的鼓舞下，福建“义师起，八郡同日发”；福州城里的清朝官员由于“四方俱起，城中坐困。兵马日出于掠，家甲戒严，不时查点。不在者便为通贼，多一人即为奸细。其令十家连坐，人人重足”；城内饿死“十之八九”，“城外皆义师营头千种，皆禀监国鲁王令。农夫渔翁俱任都督，衣穿袄袯，腰系印绶。至村妇、化僧亦受职衔掌兵。城中饿夫逃出者，悉隶其籍。若无引证，即以为奸细，杀之。或带有防身余物，即时掠尽”。清朝浙江福建总督陈锦在一份奏疏中诉苦道：“我国家定鼎以来，干旄所指，无不披靡，未有如建宁之贼死守难攻者。类而推之，可知闽省之贼非懦弱而易剿者。今建府一城之贼虽除，其余属县以及延平府属漫山遍野，无处非贼。若福州以上各府尚梗阻无耗，见在侦剿，大约处处皆然也。……况漳、泉逼临大海，犹贼类出没之乡；江西见在叛逆，更贼党通联之处。……故闽省虽云已入版图，较之未入版图之地，尤难料理。”

由于各地义师自行署衔，造成官职紊乱，礼部尚书兼通政司吴钟峦不得不上疏给鲁监国要求申明职掌，加以整顿。疏中说：“远近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣则称都御史、侍郎，三品以下不计。江湖游手之徒，则又假造符玺，贩鬻官爵。偃卧邱园，而云‘联师齐楚’；保守妻子，而云‘聚兵数万’。请加严核，募兵起义者，则当问其册籍花名；原任职官者，则当辨其敕书劄付。”这固然反映了当时龙蛇混杂的状况，更重要的是说明了福建各地抗清运动的汹涌澎湃。

浙江的情况也很类似。查继佐记载：鲁监国“建旄海表，戊己（1648—1649）之间，内地持仗倡山谷者，咸使人间道浮海报职事。王又时时驰敕书潜通山谷诸部，而宁（波）、绍（兴）一带义奋尤烈。凡城以内皆清兵也，负郭二三里外无不奉鲁朔者，旌旗相望，舳舮衺接，富者贡粻粮，贫者效筋力，城中不敢问。乡之人有以其实微告清，则立碎之。间敦请素行廉干者使佐事，虽谨畏不敢不听。远近数百里顶帻缝掖如故，清但固扃关门静而待之。而浙以西则自天目诸山无下数千部。”

福建、浙江各地百姓的纷纷起来抗清，主要原因是清朝统治者以征服者自居，推行一系列暴政。顺治五年四月浙闽总督陈锦在一份奏疏中说：“切闽浙士民质本脆弱，亦易治而易安者。故王师所到，率土皆宾，兵不血刃，而地方大定。今反侧时见，处处弄戈，其乱萌不过各地方一二戎首纠集亡命，威逼愚民，顺之则亲如手足，逆之则焚其庐舍，毁其室家，使民无所归，此戎首逼民为贼也。更有地方民牧抚绥无法，而朘削横加，差徭繁重，而敲朴不已，民不安生，遂铤而走险，此官吏逼民为贼也。又防剿官兵以守土为名，暴虐过甚，居其室而掠其野，少不遂欲，鞭挞滥施，至经过之处，任意摧残，民若畏避，即拆屋舍，毁器具，靡所不至，斯民无地可安，不得不行从贼，此官兵逼民为贼也。害民之事有三，而利民之事全无，贼用是滋蔓矣。”陈锦身为清朝总督，自然把地方不靖的原因首先归咎于明方，但他不能不承认清方接管浙江、福建以后“利民之事全无”，文官武将巧取豪夺，无恶不作，以致官逼民反，兵逼民反。这以后，清政府采取了一些安抚措施，情况才有所好转，即所谓“是后，清招抚之令下，解散十六七矣”。

事实表明，闽浙各地百姓迫于清朝暴虐统治，如火如荼地掀起反抗斗争，鲁监国朱以海不失时宜地组织抗清，颇有一番作为。特别是1648年江西、广东相继反正，整个南方的抗清运动一度进入高潮，南明复兴的形势相当可观。

然而，复明各派势力之间的勾心斗角，互相倾轧，终致坐失良机，使清廷得以凭借有限的兵力各个击破。郑彩的拥戴鲁监国，实际上是重演郑芝龙操纵隆武帝于股掌之上的故伎。1648年（顺治五年，鲁监国三年）正月十七日，他悍然击杀大学士熊汝霖。义兴侯郑遵谦愤慨不平，郑彩又命部将吴辉诱擒遵谦，迫使他投海而死。鲁监国对郑彩的跋扈自雄、擅杀大臣极为不满，史籍记载他得知熊汝霖、郑遵谦遇害后，“大怒曰：杀忠臣以断股肱，生何益耶？欲跳水死。左右与彩力劝止，遂究首谋十余人磔之”。这不过是表面文章，对朱以海略事安抚而已。查继佐记载郑彩擅自杀害大学士熊汝霖之后，“阁部钱肃乐等请罢朝谕祭，监国畏彩，不果行”。郑遵谦被逼投海而死后，“监国闻之为泣下，辍朝五日，不敢问”。总之，鲁监国受制于郑彩无疑是事实。他任命兵部尚书钱肃乐接任大学士，负责朝政票拟。事情并没有了结。郑彩对大学士刘中藻收复福宁心怀妒意，不仅不予支持，反而出兵“掠其地”。钱肃乐在给刘中藻的信中对郑彩的行径多有指责，被郑彩侦知，故意向肃乐引述其信中的话，肃乐大惊，于1648年五月呕血而死。

当鲁监国为首的浙江、福建各地抗清运动处于高潮时，清廷于1647年（顺治四年）十一月派遣礼部侍郎陈泰为靖南将军，率领梅勒章京董阿赖（即东阿来）、刑部侍郎李延龄以及李率泰、济席哈、祖泽远诸将统兵南下福建，配合浙闽总督陈锦的军队大举反攻。鲁监国政权内部既因郑彩排斥异己不能团结对敌，在泉州、漳州一带活动的郑鸿逵、郑成功军固然牵制了一部分福建清军，却以拥戴不复存在的隆武朝廷为名拒绝同鲁监国合作。1648年三月下旬，清军进攻建宁，城中粮食不足，郧国公王祁“丐粟于国娃成功，允而不发”。“国姓成功以奉桂朔专，不赞鲁一矢，亦二其从弟建国彩，兵不逾洛阳桥之北”。清陈泰、陈锦等部满汉军队于三月二十九日包围了建宁，凭借优势兵力发起猛烈攻击，到四月初四日占领该城，明郧西王朱常湖、国师王祁等死于乱军之中。同月，清援闽主力进入省会福州。明大学士刘中藻领导的义师一度声势颇盛，曾经先后攻克福建的福安、罗源、宁德、政安和浙江处州府属的景宁、庆元、云和、松阳等县，也被优势清军击败，刘中藻自杀殉国，所复州县重新落入清军之手。

鲁监国在形势恶化的情况下，于1649年正月移驻闽、浙交界的沙埕。六月，定西侯张名振攻克健跳所；七月，鲁监国移居该地。一度威福自操的建国公郑彩因为郑成功袭击其弟郑联，占领厦门，向鲁监国上表求救。忠于朱以海的诸将深恶其人，乘机击破郑彩余军。郑彩从此一蹶不振，后来请郑芝龙的母亲黄氏代为疏通，郑成功才让他返回厦门闲住，终老于该地。

鲁监国收复福建的战略意图既已失败，几乎没有立足之地。当时，黄斌卿据守着舟山群岛，有割据自雄之意。史籍中说他“怯于大敌，而勇于害其同类”。对于因兵败移驻舟山的鲁监国文官武将不仅无恤怜之义，反而乘人之危，派兵攻杀，掳掠其财物，收编其军队。如巡抚荆本彻、户部尚书朱常淓、总兵贺君尧等都惨遭毒手；兴国公王之仁携家属辎重来避难，遭到他的偷袭后极为愤慨，自行赴清方请死。由于他遵奉隆武帝，朱聿键对他多少有点纵容，《思文大纪》记，“上闻威虏伯黄斌卿杀□□荆本彻，曰：本彻虽非贼寇，乃尔骚扰地方，民恨实甚，杀了便罢；所招降将士，善为约束，勿令流毒，致重民怨”。黄斌卿自以为得计，更把舟山群岛看作自己的禁脔，对忠于鲁监国的定西侯张名振、荡胡伯阮进、平西伯王朝先等部多方排挤，引起诸将的公愤。当时，鲁监国驻于健跳所，这里只是浙江临海县濒海的一个小地方，很难立足。鲁监国及其随从实际上经常住在船上，以防不测。即如黄宗羲所说：“以海水为金汤，舟楫为宫殿”，“御舟稍大，名河船，其顶即为朝房，诸臣议事在焉。落日狂涛，君臣相对，乱礁穷岛，衣冠聚谈”，景象是相当可怜的。1649年（顺治六年，鲁监国四年）九月，张名振、阮进、王朝先合谋决定以舟师护送鲁监国移驻舟山。对于鲁监国的到来，黄斌卿自然是极不情愿。他借口自己是隆武帝封的官爵，不便接待鲁监国；又“以地窄粮寡为辞”表示难于供养鲁监国属下官兵和他们的家属。在这种情况下，只有诉诸武力了。黄宗羲记：“朝先遂与名振、阮进合谋，上疏监国。有旨进讨。斌卿遣将陆玮、朱玖御之，数战数败，求救于安昌王恭榥、大学士张肯堂，上章待罪：‘所不改心以事君者，有如水。’又议和于诸营曰：‘彼此皆王臣也，兵至无妄动，候处分。’九月二十四日，胥会于海上。初皆安堵，已而陆玮、朱玖背约出洋，阮进等疑斌卿之逃也，纵兵大掠，斫伤斌卿，沉之水中，二女从之死。”任光复的记载是：“己丑秋，王朝先取粮温、台，斌卿标将黄大振得罪逃，诳朝先曰：‘将军家口及标属尽被本爵（指黄斌卿）所钞没，以将军久假不归，有怀二心故也。某以苦谏获戾故出亡耳。’朝先蓄恨已非一日，遂厉兵誓师揭奏斌卿逆恶罪状。王命朝先、阮进水陆并进。名振泣谏曰：‘臣与斌卿联姻，路人所共知，今以朝先一言而加兵问罪，臣日待罪左右，其如物议何？’俯伏不已。王因手敕和解之。朝先得敕，先致温旨以缓其备。仲冬（十一月）二十一日，朝先兵逼斌卿舟。斌卿备香烛，著冠服，手捧来旨大言曰：‘圣上有旨，谁敢？谁敢？’时安昌王恭榥、义阳王朝、锦衣李向荣俱环坐。顷之，旗鼓尹明以诈禀投见，挥刃斩斌卿，沉之舟侧。其弟孝卿及家属尚在，匍匐江滩。任颖眉差兵救之，令异入名振府第。寻迎鲁王至舟山，以参将府作行在。”这里列举的只是两种有代表性的记载，在其他史籍中具体情节常有出入。就当时形势推断，张名振是这一事件的主谋大概是没有问题的。在袭杀黄斌卿之后，黄部兵将一度出现混乱，张名振宣布“监国之来，代唐恢复，肃鲁（虏）原部自应协力”。接着，又以监国的名义以礼祭葬黄斌卿，优养其家属，对黄斌卿旧部加以安抚，将校一体升赏，无分彼此。这样，终于稳定了舟山局势，使鲁监国政权有一片存身之地。查继佐写道：“是役也，名振实忠诚，苦欲安监国，为此密计。”这一论断比较公允。

鲁监国在舟山站住了脚，重新整顿朝政。他派出使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂为大学士，吴钟峦继续担任礼部尚书，孙延龄为户部尚书，朱永佑为吏部左侍郎主管文官铨选，李长祥、张煌言为兵部右侍郎，徐孚远为国子监祭酒，任廷贵为太常寺卿，其他官职也作了安排。从这时起到1651年（顺治八年、鲁监国六年），舟山群岛成为鲁监国领导下浙东抗清武装活动的中心，牵制了东南地区大量清军，为郑成功部在福建沿海的扩展创造了有利条件。