郑芝龙既已决定投降清朝，首先撤回防守仙霞岭的军队，使清军得以顺利进入福建；接着又谎称“海寇”侵扰他的故乡安平，在八月间率部返回泉州。九月十九日，清军未遇任何抵抗就占领了福州。郑芝龙的引狼入室是为了向清方表示自己归降的诚意，即如他在给清廷的题本中所说：“臣闻皇上入主中原，挥戈南下，夙怀归顺之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地驻兵，又晓谕各府、州积贮草秣，以迎大军。”但他还摸不清楚清朝将给他多大的官职和爵位，因此把兵力集中于安平一带，作为向清廷讨价还价的资本。清军统帅博洛将计就计，一面派固山额真富拉克塔等统兵直逼南安，显耀清朝兵威；一面让泉州乡绅郭必昌（曾任明朝兵部尚书，福建晋江人，同郑芝龙关系密切）写信招降。郑芝龙很不高兴地说：“我惧以立王为罪耳。既招我，何相逼也！”博洛装模作样地“切责”了富拉克塔，下令把军队后撤三十里，另外派遣内院学士额色黑等二人持书信到安平面见芝龙，信中说：“吾所以重将军者，以将军能立唐藩也。人臣事主，苟有可为必竭其力；力尽不胜天，则投明而事，乘时建功，此豪杰事也。若将军不辅主，吾何用将军哉！且两粤未平，今铸闽粤总督印以相待。吾欲见将军者，商地方故也。”郑芝龙阅信后决定前往福州，成功对父亲的所作所为颇不以为然，在这关键时刻更是极力劝阻。《台湾外纪》中有这样一段记载：

其子成功劝曰：“吾父总握重权，未可轻为转念。以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本；大开海道，兴贩各港，以足其饷。然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”

龙曰：“稚子妄谈，不知天时时势。夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒敌，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”

成功曰：“吾父所见者大概，未曾细料机宜，天时地利，有不同耳。清朝兵马虽盛，亦不能长驱而进。我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。故得其天时，排闼直入，剪除凶丑，以承大统。迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。吾父若藉其崎岖，扼其险要，则地利尚存，人心可收也。”

龙曰：“识时务为俊杰。今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，慎毋多谈。”

成功见龙不从，牵其衣跪哭曰：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”

龙见成功语繁，厌听，拂袖而起。

这段对话不仅反映了郑芝龙、郑成功父子在政治上的分道扬镳，也体现了郑成功的战略眼光。郑成功和郑鸿逵既然无法改变郑芝龙投降清朝的决定，特别提醒他亲自前往清军大营所在的福州风险太大，不可轻率行事。然而，郑芝龙自以为在福建、广东海域拥有强大的水师，满洲贵族的军队擅长骑射，缺乏水上作战能力，势必像明朝皇帝一样借重于自己何况，二十年来通过垄断海上贸易积聚的巨额财富更使他驽马恋栈。他不听劝告，带了五百名士卒在1646年（顺治三年）十一月十五日到达福州，谒见贝勒博洛。见面之后，博洛伪装出一副仰慕已久的样子，对他大加赞赏，还折箭为誓，许以重用。欢饮三天之后，博洛忽然在半夜传令拔营回京，命郑芝龙随军北上。芝龙心知中计，但已经轻入虎穴，随身所带士卒被安置于别营，自己孤身一人只好听凭博洛摆布了。一位目睹其事的人记载道，当时福建各地应聘而来的明朝官绅齐集于福州，忽然接到清朝巡抚的请柬通知于次日在洪塘聚会，去了之后，“则胡笳四起，毳幕参差，兔网弥天，雉罗遍野。聚立而嗫嚅者几及百人。内院、抚军席地而坐，执册指名，首朱胤冈（朱继祚字），次黄跨千（黄鸣骏字），又次余公诚，余系南中流寓在闽，亦被罗织。拊其背而徘徊，谓：‘此三人者非尚书、阁老乎？可随我去。’每人一卒守之。中有紫衣胡服者为郑飞黄（郑芝龙字），亦与焉。彷徨有顷，名次及吴旧抚矣。军门持册手麾曰：‘余俱赴京听用。’于是诸人哄然而退，不啻鸟出笼、鱼入海也。时见兵即刻拔营起，四公竟载与俱行”。“神龙失势，与蚯蚓同”，不管郑芝龙是多么大的一条巨鲸，一旦离开了战舰精兵，就成了失水之鱼。郑芝龙只好委婉地向博洛求情，表示就他个人而言既然已经投降清朝，进京“面圣”正是自己的愿望；不过，留在福建沿海的长子和兄弟拥有相当兵力，自己一旦进京，呼应不灵，恐怕海上从此多事。博洛的估计同他正好相反，以为掌握了郑芝龙，郑氏家族群龙无首，又不能不为芝龙的安全着想，必然惟清朝之命是听。因此，他让芝龙当面写了几封信，借以招抚郑氏子弟和部将，并且对芝龙说：“此与尔无与，亦非吾所虑也。”这样，郑芝龙在清军严密监护下被送到了北京。1648年（顺治五年），清廷食言自肥，仅授予他一等精奇尼哈番的空头官衔，拨入旗下，实际上遭到软禁。这段情节后来在郑成功致父书中有一段描写：“当贝勒入关之时，父早已退避在家。彼乃卑词巧语，迎请之使，车马不啻十往还，甚至啖父以三省王爵。始谓一到省，便可还家；既又谓一入京便可出镇。今已数年矣，王爵且勿论，出镇且勿论，即欲一返故里亦不可得。彼言岂可信乎？”

博洛回京之前，确实利用了郑芝龙的声望招降其旧部，奉芝龙之命降清的有武毅伯施福、澄济伯郑芝豹和部下总兵十员，兵将十一万三千名。当李成栋由吴淞总兵奉调由浙江、福建入广东时，清方不仅利用了郑芝龙“平国公”的牌劄招抚了白沙、甲子等广东东部沿海地带，而且原属郑芝龙部下的总兵施郎、梁立、黄廷、成升、洪习山还由武毅伯施福带领率兵马五千名跟随佟养甲、李成栋进军广东，在扑灭顺德县“海寇”和镇压东莞、增城地区的张家玉抗清义师中起了不小的作用。直到顺治五年（永历二年）三月“□（虏）镇抚施福、耿献忠大小船数百号上梧州”，即在李成栋指挥下一直攻入广西东部，对南明的危害是相当严重的。由于李成栋对南方兵将存在歧视心理，在奏疏中说从福建带来的施郎等官兵“脆弱不堪，无资战守”，甚至伺机剪灭和解散。施福、施郎、黄廷、洪习山等人过着寄人篱下的生活，忍气吞声，大有怀才不遇、有功不赏之感。顺治五年李成栋反清复明，他们收到郑成功从鼓浪屿（今属福建省厦门市）发来的邀请，决定摆脱李成栋部将潮州总兵郝尚久的控制，率部乘舟投奔郑成功。