上文说过，弘光朝廷覆亡，潞王屈膝降清，使南明帝系再次中断，唐藩朱聿键、鲁藩朱以海以远系宗室先后被福建、浙东官绅将领拥戴继统。这是在消息不灵的混乱状态下出现的一国二主局面。不久，随着情况的明朗化，唐藩为首的隆武朝廷以建立时间稍先，又得到其他各省南明地方政权的支持，鲁监国政权就处于进退两难的境地。按道理说，退位归藩可以使南明政权至少在名义上实现统一；然而朱以海黄袍加身容易，一旦退位依旧过寓公生活难免驽马恋栈，何况拥立他的大臣也有的不愿放弃自己“定策”之功，耽心转入隆武朝廷将不受重视。唐、鲁对峙的局面一直拖延不决。

九月，隆武帝派遣兵科给事中刘中藻为使者，前往绍兴颁诏，宣布两家无分彼此，鲁监国委任的朝臣可以到隆武朝廷中担任同等官职。对于是否承认隆武朝廷的正统地位，在鲁监国大臣中掀起了一场轩然大波，赞成开读诏书和反对开读的大约各占一半。大学士朱大典、督师钱肃乐、大将方国安认为“大敌当前，而同姓先争，岂能成中兴之业？即权宜称皇太侄以报命，未为不可；若我师渡浙江，向金陵，大号非闽人所能夺也”。“圣子神孙，总为祖宗疆土。今隆武既正大统，自难改易；若我监国，犹可降心以相从”。这说明他们的意见是赞成闽浙联合，接受隆武朝廷的正统地位，以免浙东独树一帜，孤立无援。可是，大学士张国维、督师熊汝霖、大将王之仁、国舅张国俊等却坚决反对。张国维的疏中说：“国当大变，凡为高皇帝子孙，皆当同心戮力，共图兴复。成功之后，入关者王，此时未可言上下也。且监国当人心涣散之日，鸠集为劳，一旦南拜正朔，鞭长不及，悔莫可逭。”熊汝霖说：“主上原无利天下之意，唐藩亦无坐登大宝之理。有功者王，定论不磨。若我兵能复杭城，便是中兴一半根脚，此时主上早正大号，已是有名。较之闽中乘时拥戴，奄有闽越者，规局更难倒论，千秋万世，公道犹存。若其不能，而使闽兵克复武林，直趋建业，功之所在，谁当与争？此时方议迎诏，亦未为晚。”甚至还有人说出“凭江数十万众，何难回戈相向”的话，不惜动武争夺帝位。朱以海见朝臣中不少人主张尊奉隆武帝，愤愤不平，宣布退归藩位，于九月十三日返回台州。十月初一日，主张承认隆武朝廷为正统的大臣开读了诏书。然而，在张国维、熊汝霖等人的坚持下，终于决定拒绝接受隆武政权诏书，重新迎回朱以海。唐、鲁争立从此愈演愈烈。

1646年正月，隆武帝命都御史陆清源携带白银十万两前往浙东犒师，却被鲁监国部将杀害。由于鲁监国政权中许多文官武将向隆武朝廷上疏效忠，朱聿键也加意笼络，给他们进官封爵。朱以海针锋相对采取挖墙脚措施，在这年四月间派左军都督裘兆锦、行人林必达来福京“以公爵封芝龙兄弟”。隆武帝闻讯大怒，将来使囚禁。不久，又杀鲁监国所遣使者总兵陈谦，更引起了郑芝龙的不满。由此可见，唐、鲁争立不仅是两个南明政权的对立，而且在两个政权内部也引起了严重纷争，尽管唐、鲁政权都以反清复明为宗旨，很大一部分精力却消耗在内部矛盾上。与此相应的是，文官武将的升迁不是以抗清功绩为据，而是被作为拉拢的一种手段。隆武、鲁监国两政权封爵拜官的人数很多，大抵都是因在内部倾轧中有“功”。在这种情况下，根本不可能组织有效的防清阵线。就当时的形势而言，隆武朝廷得到了南方绝大部分明朝地方政权的承认，鲁监国仅凭浙东一隅之地与之相抗是极不明智的。他和忠于他的大臣明知在南明管辖区内竞争不过隆武政权，却幻想攻克杭州后进取南京，先拜孝陵，建立超过隆武朝廷的威望。以监国政权的兵力要实现这种战略目标显然是不现实的。何况，即便旗开得胜，如愿以偿地拿下了留都南京，唐、鲁对峙的局面也将继续下去。由于鲁监国坚持同隆武朝廷分庭抗礼，地理原因监国政权处于抗清的前线，给福建提供了屏障，隆武朝廷的实权人物郑芝龙对这种局面心中窃喜，按兵不动有了借口。

朱以海既自外于隆武朝廷，不惜以高官厚爵收买支持者，流风所及，官职紊滥。“时远近章奏，武臣则自称将军、都督，文臣自称都御史、侍郎，三品以下不计。而江湖游手之徒，假造符玺，贩鬻官爵，偃卧丘园而云联师齐楚，保守妻子而云聚兵千万。”礼部尚书吴钟峦上疏请严加查核，“募兵起义者则当问其册籍花名，原任职官者则当辨其敕书劄付”。但在当时情况下根本行不通。