马国柱，顺治四年（1647年）——顺治十一年（1654年）在任。最早称江南江西河南总督，后改江南江西总督。

马鸣佩，顺治十一年（1654年）——顺治十三年（1656年）在任。

郎廷佐，顺治十三年（1656年）——康熙七年（1668年）在任。最早以江南江西总督上任，后改称江南总督，康熙四年（1665年）改称两江总督。

麻勒吉，满人，康熙七年（1668年）——康熙十二年（1673年）在任。

阿席熙，满人，康熙十二年（1673年）——康熙二十年（1681年）在任。

于成龙，康熙二十年（1681年）——康熙二十三年（1684年）在任，死于任上。

王新命，康熙二十三年（1684年）——康熙二十六年（1687年）在任，由江苏巡抚迁。

董讷，康熙二十六年（1687年）——康熙二十七年（1688年）在任。

傅拉塔，满人，康熙二十七年（1688年）——康熙三十三年（1694年）在任，死于任上。

范承动，康熙三十三年（1694年）——康熙三十七年（1698年）在任。

张鹏翮，康熙三十七年（1698年）——康熙三十九年（1700年）在任。

阿山，满人，康熙三十九年（1700年）——康熙四十五年（1706年）在任。

邵穆布，满人，康熙四十五年（1706年）——康熙四十八年（1709年）在任。

噶礼，满人，康熙四十八年（1709年）——康熙五十一年（1712年）在任。

郎廷极，康熙五十一年（1712年）——康熙五十一年（1712年）在任。

赫寿，满人，康熙五十一年（1712年）——康熙五十六年（1717年）在任。

长鼐，满人，康熙五十六年（1717年）——康熙六十一年（1722年）在任。

查弼纳，满人，康熙六十一年（1722年）——雍正四年（1726年）在任。