明朝灭亡后，明宗室在南方陆续建立了一些政权，包括弘光政权、隆武政权、鲁王监国、绍武政权及永历政权，五个政权加起来前后共历十八年（1644—1662年），通称为南明。

其中弘光、隆武和鲁王三个政权均只维持了一年，绍武政权仅存四十一天。而永历政权之所以存在了十六年，盖因龙拏虎攫，总在黄河、长江两流域，而西南之地向来和大局关系较浅。限于篇幅，本节重点讲述弘光政权，其他将会相关之处一带而过。

甲申之变后，崇祯皇帝自尽，大明王朝覆灭，满清轻而易举入主北京，但淮河以南绝大部分地区仍然由明朝势力控制。明朝为两京制度，南京作为陪都，与北京一样，设有一套政府机构，有独立的六部和五军都督机构，只不过诸司印信全都移至北京，没有实权。

1644年初，当李自成率大顺军进逼北京时，在南京吏部任职的复社巨子陈子龙已预料到京师难保，说服江南巡抚郑瑄秘密上书，建议崇祯皇帝送太子朱慈烺到南京，做好监国准备。同时，南京畿道御史祁彪佳亦开始招募水军，以拱卫江南。

有远见的不独陈子龙，翰林学士李明睿甚至当面向崇祯皇帝提出：朝廷正值“危急存亡之秋”，唯一明智的选择，就是放弃危在旦夕的北京，迁都南京。崇祯皇帝脸色立变，迟疑了一会儿，才应道：“此事重，未可易言。”

李明睿便以南宋迁都临安为例，讲了一通道理。崇祯皇帝似乎有些动心，但因有其他大臣在场，又不便明言，遂令李明睿等人退出。

当晚，崇祯皇帝单独召李明睿进宫，问及南迁的细节。李明睿称当务之急是要招募一支护送皇帝南下的新军，但朝廷拿不出这笔开支，除非皇帝动用自己的小金库。李明睿大着胆子道：“内帑不可不发，万一行至中途，赏赐不足，出处甚难。”

崇祯一听说要自己掏腰包，便很不高兴，于是这次秘密召见不欢而散。

然而当李自成的大顺军兵临居庸关时，十五岁的太子朱慈烺都意识到北京保不住了，迁都之议再起，不过这次是明面上的，而且与李明睿之提议大有分别——

朝中以左都御史李邦华为首的大臣主张送太子朱慈烺南下，于南京监国，而崇祯皇帝该当留守北京，肩负守卫社稷之责。这其实是要求崇祯自我牺牲。崇祯迫于形势，只得装腔作势地道：“国君死社稷，恒理也。”话一出口，又忍不住道，“言迁者，欲使朕抱头鼠窜耶？”满腔怨恨之意，溢之言表。

兵科给事中光时亨见皇帝不高兴，立即挺身而出，抨击主张南迁的李邦华和李明睿，言辞极为激烈。众大臣揣摩圣意，亦掉转风向，纷纷附和。

然而崇祯皇帝愈加愤怒，因为他的本意是想自己南下，令太子留守北京，不想这帮愚蠢的大臣会错了意。于是，崇祯一面说“光时亨阻朕南行”，一面又指责李明睿结党欺君，称：“诸臣平日所言若何？今国家至此，无一忠臣义士为朝廷分忧，而谋乃若此！夫国君死社稷，乃古今之正，朕志已定，毋复多言。”

皇帝越说越气，当场下令将李明睿处死。还是光时亨出面求情，崇祯才就此作罢，但“南迁之议寝矣”。

到了三月，时局愈加不利，崇祯不得不打出最后一张王牌——召吴三桂入关勤王。大臣们遂再次联名上书，请送太子朱慈烺至南京，督率江南军事。崇祯还来不及回答，光时亨便大声质问道：“奉太子往南，诸臣意欲何为？将欲为唐肃宗灵武故事乎？”

言外之意，是暗示请送太子朱慈烺南迁的大臣在密谋拥立太子，逼迫崇祯退位。众大臣惶然失色，“遂不敢言”，再无人敢提南迁之事。

崇祯既不同意迁都，也不遣太子及重臣去南京，这一决议对后来的局势产生了深远影响——满清入主北京时，完整接管了大明中央政府，将一大批精英官吏收于麾下。后来满清能迅速统一中国，站稳脚跟，也是得益于这批汉人官吏。

大顺军进逼京畿时，南北交通中断，明廷消息亦无法发出。1644年四月初一，南京兵部尚书史可法发布“号召天下臣民起义勤王捐赀急事”檄，预备率兵渡江，北上勤王。不出几日，便得到了崇祯皇帝已于三月十九日在煤山自尽的消息。当时人们还不敢相信，只以为是流言。直到四月十七日，大学士魏炤自北京逃出，证实了这一消息的真实性。

震惊之后，南京大臣亦很快意识到，要延续明朝命运，需立即立一位新皇帝。而李自成占领北京后，崇祯皇帝的三个儿子，包括太子朱慈烺在内，均落入大顺军之手。李自成败出北京后，三位皇子均下落不明，极可能已为大顺军加害，大臣们遂将目光投向明宗室子弟。当时有不少明朝宗室为避战乱而来到南京，如万历皇帝朱翊钧之孙福王朱由崧、隆庆皇帝之孙潞王朱常淓等。于是，各方各派出于各自利益，再次上演明朝末年党争的一幕。

东林党人兵部侍郎吕大器、礼部侍郎钱谦益和翰林院詹事姜曰广支持立潞王朱常淓，认为其人贤明谨慎。凤阳总督马士英则拥立福王朱由崧。福王名声很差，号称“无知”“贪婪”“酗酒”“凶残”“专横”“好色”“不孝”，但与崇祯血缘最近。立贤派与立亲派产生了激烈冲突，南京大臣大都卷入其中。然马士英棋高一着，拉拢了握有兵权的高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清诸将领。南京廷臣集议时，“吏科给事中李沾探马士英指，面折吕大器。马士英亦自庐、凤拥兵迎福王至江上。诸大臣乃不敢言”。福王之立，基本上就是一次军事政变。

令人意外的是，本可左右大局的南京兵部尚书史可法始终置身事外。史可法是东林党人左光斗弟子，本该支持钱谦益等人立潞王朱常淓，但他出于大局考虑，担心舍亲立疏会引起更大的风波，于是在这场贤亲角逐中保持了沉默，最终默认了福王之立。

明崇祯十七年，清顺治元年，公元1644年五月初三，马士英等拥立明福王朱由崧监国于南京。自明成祖朱棣迁都北京后，南京宫殿虽然有皇族及大臣驻守，却日渐趋冷。至崇祯年间，因历代水患、风宅及大火，南京皇宫已相当破败，三大殿荡然无存，群臣勉强修缮了武英殿，迎朱由崧入住。五月十五日，朱由崧在在武英殿即位，年号“弘光”，是为弘光皇帝。

这位弘光皇帝果然不负其声名，一登基便急不可待地沉溺于酒色，“帝深居禁中，唯渔幼女，饮大酒，杂伶官演戏为乐”，亦由此被人称为“暗弱”的典型。

除了在苏州、杭州、嘉兴、绍兴等地区大肆选美之外，弘光还派人四处捕捉癞蛤蟆，以剥取蟾酥制作春药。内监们公然打出“奉旨捕蟾”的旗号，民间因而称弘光为“虾蟆天子”。

弘光政权从一开始便是党派斗争的产物，马士英因拥戴有功，开始把持朝政，扶植亲信阮大铖。阮大铖与东林、复社积有极深的宿怨，一上台大肆铲除异己，名士如侯方域、冒襄都曾遭其逮捕迫害，就连兵部尚书史可法亦被排挤出朝。时人有歌谣唱道：“长官多如羊，小吏贱似狗……可叹江南钱，尽入马家手。”

东林、复社人士为求自保，转而求助于大将左良玉，左良玉世镇武昌，拥有数十万重兵。马士英、阮大铖则援引江北四镇兵力作后盾。双方针锋相对，各自兴风作浪，为争夺权势而出尽全力。弘光朝廷的内部纷争，令这一小朝廷始终处于动荡之中，根本无暇北顾。而满清豫亲王多铎却是马不停蹄，攻破西安、击败劲敌李自成后，又立即分军南下。

就在满清大军南下、形势危急之际，镇守武昌的左良玉竟发兵南下，声称要“清君侧”“除马阮”。主持朝政的马士英不但不予以安抚，以共对强敌，反而公然提出：“宁可君臣皆死于大清，不可死于左良玉之手。”有人抗言道：“淮扬最急，应亟防御。”马士英怒道：“有议守淮者斩。”

朝议之后，由弘光皇帝下诏，令督师在外的史可法尽撤江防之兵，以拱卫南京、对抗左良玉。

这一内讧的最终结果是：左良玉于途中病死，其部为黄得功等人击溃，残部后投降清军。史可法得知消息后，又率军回师扬州。此时，满清多铎大军已进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法孤军抵抗数日后，以身殉国。

扬州是清军南下时遭遇顽强抵抗的第一座城池，为杀一儆百，满清进行了疯狂大报复，烧杀抢掠持续十天，“城中积尸如乱麻”，扬州军民除少数破城前侥幸逃出者以外，余人几乎全部惨遭屠杀，是为历史上著名的“扬州十日”。

史可法亲信幕僚王秀楚为极少数幸存者之一，他根据亲身经历著有《扬州十日》记录其事：“自四月二十五日起，至五月五日止，共十日，其间皆身所亲历，目所亲睹，故漫记之如此，远处风闻者不载也……诸妇女长索系颈，累累如贯珠，一步一跌，遍身泥土；满地皆婴儿，或衬马蹄，或借人足，肝脑涂地，泣声盈野。”

清兵杀人如麻，流血有声，扬州顿成人间地狱。比地狱更难忘的场面，是百姓不知反抗、引颈受戮的场面：“杀声遍至，刀环响处，怆呼乱起，齐声乞命者或数十人或百余人；遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者。至于纷纷子女，百口交啼，哀鸣动地，更无论矣。日向午，杀掠愈甚，积尸愈多，耳所难闻，目不忍睹。”

到五月初四日，天色放晴，屠杀始止。“道路积尸既经积雨暴涨，而青皮如蒙鼓，血肉内溃。秽臭逼人，复经日炙，其气愈甚。前后左右，处处焚灼。室中氤氲，结成如雾，腥闻百里。”后寺院僧人焚化积尸，“查焚尸薄载其数，前后约计八十万余，其落井投河，闭户自焚，及深入自缢者不与焉。”

唐诗人杜牧有诗描绘扬州云：“青山隐隐水迢迢，秋尽江南草未凋。二十四桥明月夜，玉人何处教吹箫。”至此，二十四桥均化作了灰烬。

史可法养子史德威被清兵擒获，其身上携有史可法生前写给满清豫亲王多铎的信，作为对多铎之前招降的回复。信中道：“败军之将，不可言勇；负国之臣，不可言忠。身死封疆，实有余恨。得以骸骨归葬钟山之侧，求太祖高皇帝鉴此心，于愿足矣。弘光元年四月十九日，大明罪臣史可法书。”

多铎读信后颇为动容，下令释放史德威，令其入城为史可法安排后事。当时扬州城中处处积尸，尸体被雨水浸泡，大多腐烂，无法辨认。史德威只好以史可法冠服及笏板代尸，安葬在扬州天宁门外的梅花岭，此即为至今尚存的史可法衣冠冢。

梅花如雪，芳香不染，因英雄忠义之气，衣冠冢遂成胜迹，备受敬仰，凭吊者不计其数，史可法亦被认为是仅次于文天祥的民族英雄。

史可法死后，明军毫无斗志，多数一矢未发即仓皇投降。五月初五日，清军进抵长江北岸，次日便渡过了长江天险。

五月初十夜，弘光皇帝带着马士英等少数心腹秘密出逃。次日，群臣才发现皇帝不见了，于是也逃的逃，走的走。以南京守备赵之龙为首的重臣经紧急商议后，决定降清，派人前往清营接洽。五月十五日，在倾盆大雨和泥泞中，明重臣赵之龙、钱谦益等献南京城投降。

南京作为大明开国之地、两京之一，一度被天下人看作复兴中心，就这样糊里糊涂地沦陷了。后人孔尚任有诗道：“渔樵同话旧繁华，短梦寥寥记不差。曾恨红笺衔燕子，偏怜素扇染桃花。笙歌西第留何客，烟雨南朝换几家。传得伤心临去语，年年寒食哭天涯。”

逃走的弘光皇帝在途中与马士英失散，最终被追兵擒获，后解送北京处死，南明弘光朝就此覆灭。

北宋末年，靖康之变，宋室南渡，偏安于一隅，在极端困难的局面下，苦苦支撑，风雨飘摇，一百五十二年后，才亡于彼时世界上最强大的对手——蒙古。而弘光朝初建之时，控制着半壁江山，且多为经济发达、人口密集之地，各方面条件、状况远远胜于靖康末年，在人力、物力上，也要优于满清及大顺政权。可惜的是，党争、内讧、腐朽，汉民族最悲哀的种种，均在这一时期最大限度地呈现出来，弘光小朝廷亦成为历史上又一个“生于忧患，死于安乐”的速亡政权，仅存一年。往事南朝一梦多，兴亡转瞬闹秋虫，历史只在瞬间改写。

弘光朝覆灭后，马士英被视为罪魁祸首，如大名士张岱指责道：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之掀翻铁案，一年之内贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”

这也是时人的普遍看法，马士英因而被南明唐、鲁两王势力拒之门外。他遂盘桓于浙江一带，仍不断参加反清活动，事败后逃入了四明山，削发为僧，后被清军搜获，不屈而死。

张岱是天下有名的花花公子，“少为纨绔子弟，极爱繁华”，然清军占领江南后，他断然放弃了享乐，奔去鲁王麾下。不久鲁王政权覆灭，张岱不肯剃发作满清的子民，遂披发入山，变成了野人。又花费心力，编撰了一部《石匮藏书》，详细记述了明朝历史，好让世人以史为鉴，正如黄宗羲所说：“国可灭，史不可灭。”

并不是所有人像钱谦益那样卑微投降，也不是所有人像张岱那样归隐山林，江南不少士人选择了自杀殉国的方式，但也有人选择了积极反抗。