这场大屠杀的出现不是偶然的，它是荷兰殖民主义者对华侨实行歧视性政策的结果。

出自统治的需要，荷兰殖民者千方百计地引诱甚至掳掠华侨到雅加达。但当华侨的人数激增，特别是华侨经济力量的发展危及它的经济垄断地位时，就转而采取歧视性政策，想方设法对华侨实行限制。17世纪末他们开始实行限制巴达维亚华侨人口增长的政策，企图通过减少华侨人口的办法来达到削弱华侨商业经济的目的。进入18世纪以后，荷兰殖民政府限制中国移民入境的政策更是变本加厉。1727年6月，“荷兰东印度公司”作出一项规定，所有最近10至20年内来巴达维亚居留的华侨，如未申领当局所颁发的居留许可证者，一律遣配出境。之后，又进一步规定，任何华侨在限期满后而未领居留证者，一概视为“非法偷漏入境或藏匿未报之人”，一旦发现，即拘捕入狱。到了1736年，甚至作了这样的规定：凡1729年以后入境的华侨，只有被当局认为“有用”的，在缴纳申请费、拿到居留许可证后，才准留下；而对那些被认为“对殖民者无用”的华侨则遣送回国。这种居留许可证制度，实际上成为荷兰殖民者敲诈、迫害华侨的一种手段。依据上述种种规定，荷兰殖民当局派出军警，在巴达维亚四周捉拿华侨，甚至发展到只要穿黑色衣裤的人，即被捉拿。因为当时的华侨喜着黑色服装。1740年7月25日，荷兰殖民当局通过一项决议，对华侨采取更加严苛的规定：凡被认为可疑的华侨，不论有无居留许可证，都要逮捕待审；凡是不能证明其有正当职业的华侨，一律遣送锡兰(今斯里兰卡)，由荷兰殖民当局作最后处理。这项规定，使巴达维亚华侨处于惶恐不安之中。华侨感到“与其坐以待毙，不如作难而反，庶几死中求生”，已到了官逼民反，民不得不反的地步了。在巴达维亚郊区，华侨的反荷活动开始出现。9月上旬，在郊区的一家糖厂已聚集了华侨起义者，并且人数从最初的1000人迅速增至5000人，他们还推举了起义领袖。荷兰殖民当局开始对此事信疑参半，他们认为中国人是“世界上最胆小的民族”，不敢进攻他们。但他们忘了，这个时候华侨已到了忍无可忍的境地。10月7日，华侨的武装力量伏击了前来进攻的荷军。荷兰殖民当局以此事为借口，开始策划一场对无辜华侨的大屠杀。

惨剧发生在10月9日。

荷兰殖民当局的手段是相当毒辣的。他们先在10月8日向住在城内的华侨下令：夜间一律闭门静坐，不得点灯，不准外出，并且要交出包括小刀在内的一切利器。稳住城内华侨后，就集中力量去击退城外的华侨起义者。接着在10月9日夜，荷兰东印度公司的职员倾巢出动，挨家挨户搜查华侨住宅，借口是查缴武器。华侨不知是计，仍然闭门静坐家中。很快，所谓搜查就演变为屠杀、抢掠、焚烧。荷兰人见到华侨，不论男女老少，一律杀害。荷兰总督还下令杀死关在监狱中的500名华侨，将因病、伤住在医院的华侨赶到街上，让暴徒一个个打死。据说，华侨的鲜血把流经巴达维亚的一条叫红溪(Angkee)的小河的河水也染红了。当天，全城大火，有600余间华侨房屋被烧成灰烬，这场大火足足烧了三天。刀光剑影，鲜血横尸，荷兰的档案里把10月9日夜称作“是巴城也许是全世界人类所遭遇到的最恐怖的一夜”。这场历史上称为“红溪惨案”的大屠杀，持续一个星期，城内被杀害的华侨有近万人，幸免于难的只有百余人。荷兰的档案里这样记载着：“惨案结束后，全城华人的房屋，没有一间是完整的。只见断瓦残垣，一切都被劫掠和焚毁。全城看不见一个华人。所有的华人，或被屠杀，或被烧死，或自缢，或溺毙。”在惨案发生的日子里，城外的华侨起义队伍曾奋力攻城，拯救城内同胞，但终因火器不足，无法攻入。起义部队边打边退，进入了爪哇的中部和东部地区。这一地区的华侨在“红溪事件”发生后，十分震惊和愤怒，他们纷纷拿起武器向荷兰殖民主义者进攻。他们的组织和装备要比巴达维亚的华侨起义者好，而且得到了包括部分当地王公在内的印尼人的支持，因此实际是在进行着一场华侨和爪哇人民联合抗荷的斗争。这场斗争进行了将近三年，最后在1743年以失败而告终，但其意义是十分深远的，它谱写了亚洲近代史上光辉的一页。