三国时东吴邮驿的最大特点是水驿的出现。吴国的统治中心在江南水乡，境内多有水道，所以当地的邮驿水陆兼行。当时周瑜在柴桑驻扎，孙权要找他共商军国大事，就通过水驿去召见他。那时吴蜀间的往来比较密切，交通也要靠船。北方曹魏方面若有使者来吴，有时也靠水驿乘船。人们都熟悉《三国演义》中蒋干盗书的故事，蒋干就是驾一叶小舟来到周瑜大营的。

南方的水驿，到两晋时候得到进一步发展。东晋时江州一带水陆两驿相兼。陆上的驿路十分齐整，两旁栽种杨柳，号为“官柳”，从九江到南京全部为江行水驿。那时水路速度很快，一天一夜约可行船300里。

到南朝时，江南水驿尤为发达。不少书信公文的运输和官员出使，全由水路。水驿甚至发展到用于和西域各国的通信联系。据史学家唐长孺先生考证，当时有一条从南朝首都金陵出发的“河南路”，即先从水路西溯巴蜀，然后再逆江而行，穿过今青海到达西域各国。

南朝还通过水驿或海上运输，加强了和邻国朝鲜、日本的经济文化联系。南朝刘宋政权，日本与之海上通使八次。南齐时，中原和高丽国也是“乘舶泛海，使驿常通”(《南齐书》卷五八《高丽传》)。当时很可能是高丽国使先从山东东莱登岸，再兼行邮船和驿传南行到南朝。

水驿也逐渐在北方发展起来。史书记载在北魏时，有水路运输，一昼夜可兼行数百里。北朝在渡口处设有“津吏”，专门管理水驿的通行。

水驿到隋唐时，得到了更大的发展。