这两部石经时代相近，而且都没有唐、蜀两石经那样齐全。北宋九经，南宋七经，都不是12经或13经。

北宋石经

通称“嘉祐石经”。宋仁宗庆历元年(公元1041年)始刻，仁宗嘉祐六年(公元1061年)完成，历时20年。北宋刻石经时，蜀石经尚未刻完原计划中的经文，宋人也尚未补刻《孟子》。宋仁宗皇祐元年(公元1049年)，蜀石经刻完《春秋》三传，12年之后宋石经才刻完。

宋代正式升《孟子》于经书，所以北宋石经刻《周易》、《毛诗》、《尚书》、《周礼》、《礼记》、《春秋》、《孝经》、《论语》、《孟子》九种经书(宋人称“九经”)，立在开封国子监。因此，北宋石经又称“汴学石经”或“开封府石经”。

书丹者有杨南仲、赵克继、张次立等。书体为篆、隶两体，所以也有称“二体石经”或“二字石经”的。

这部石经在宋中叶的战乱中已残，到元末尽毁。近代曾有《周易》、《尚书》、《周礼》、《礼记》、《孝经》的少量残石出土。

南宋石经

通称“绍兴御书石经”，也称“宋高宗御书石经”。始刻于南宋高宗绍兴五年(公元1135年)，至宋孝宗淳熙四年(公元1177年)完成。立于临安(今杭州)太学，所以也称“临安石经”或“宋太学御书石经”。孝宗淳熙四年特地建石经阁，阁下置石经，阁上藏拓本，阁名“光尧”，所以南宋石经也称“光尧石经”。

这部石经初刻《周易》、《毛诗》、《尚书》、《春秋左氏传》、《论语》、《孟子》六种，后来又增刻《礼记》中的《大学》、《中庸》、《学记》、《儒行》、《经解》这五篇文章，总共七种经书。南宋石经大多是宋高宗的手笔，间或有少数是宪圣皇后吴氏的墨迹。

据记载，南宋高宗喜欢写字。他经常写经送给大臣，据宋人王应麟《玉海》记述，高宗曾对大臣们说：“学写字不如便写经书。不惟可以写字，又得经书不忘。”又据宋人叶绍翁《四朝闻见录》说：

高宗御书六经，尝以赐国子监及石本于州庠。上亲御翰墨，稍倦，即命宪圣皇后续书，至今莫能辨。

南宋石经字体，《易》、《诗》、《书》、《左传》和《礼记》中五篇文章为楷书，《论语》、《孟子》为行书。

碑石数目未详。宋亡以后多有残毁。至今杭州西湖书院尚存80余碑。