儒家的典籍在秦始皇的时代曾经历过一次历史的浩劫。

秦始皇统一中国以后，废除了商周以来的分封制，改行皇帝直接任命地方官的郡县制。这是我国政治体制上一次重大的改革，标志着我国从奴隶制向封建制的转化进入一个新的历史阶段。

据《史记·秦始皇本纪》记载，秦始皇三十四年(公元前213年)，在一次宫廷宴会上，有个官员叫周青臣的，颂扬秦始皇改行郡县制说：“陛下一统天下，四海臣服。改分封为郡县，可以避免诸侯互相攻伐，从此百姓得以安居乐业，帝位可以传之永久。陛下的威德为上古圣王所不及！”秦始皇很高兴。没想到有个博士官叫淳于越的反驳道：“商周两代享国千年，实因分封宗室功臣以拱卫中央。陛下改分封而行郡县，皇族子弟毫无权位，一旦天下有事，谁能保卫朝廷？治国不遵古制是不会长久的。周青臣谄言媚上，不是忠臣！”于是秦始皇叫群臣议论。丞相李斯说：“三代帝王治国因时而异。陛下建旷古未有之业，非腐儒所能理解。过去诸侯并立，各自养士自保，徒使以古非今，扰乱天下。如今陛下统一四海，法令归一，百姓应努力生产，士人应研习法令。倘仍听任他们各凭一己之学，是古非今，诽谤法令，皇帝还有何权威可言！所以臣以为除朝廷博士用书以外，六国史籍、民间《诗》、《书》之类百家之言应通通烧掉！此后有敢谈论《诗》、《书》者，杀。有敢以古非今者，灭门。知情不举者，同罪。令下三十日不烧者，刺配长城。至于医、卜、农、林之书，可以保留。有研习法令者，以吏为师。”于是秦始皇批准了李斯的建议，下令焚书。这就是有名的秦始皇焚书事件的缘起。此后，除《易经》属卜筮之书幸免之外，其他大部被焚。后来项羽攻破秦都咸阳，放火烧宫，秦廷的藏书也被付之一炬了。这是我国文化史上第一次浩劫。

但是，文化是毁灭不了的。据《史记·儒林列传》记载，在秦朝覆亡之前，以孔子八世孙孔鲋〔fu负〕为首的一批山东儒生就带着礼器投奔了陈胜起义军。此外，各地私藏经籍的也大有人在。而且那时读书着重背诵，记在肚里的经书是烧不掉的，所以秦亡以后，又有些学者出来传授儒典。到汉惠帝四年(公元前191年)政府正式宣布废除秦始皇的禁书令，并且求访古书。之后，这些私藏的经书又渐渐流传起来，不过有许多已经残缺不全了。

汉朝初年，访求儒家经籍也是出于政治上的需要。据《史记·陆贾传》记载：汉高祖刘邦手下的一个儒生陆贾很有口才。他曾经奉刘邦之命出使南越(今两广一带)，说服南越王赵佗接受汉朝的册封，因此深受刘邦器重。但是陆贾和刘邦讨论问题时常常提到《诗》、《书》等儒家经典，刘邦对此却大不以为然。他曾经训斥陆贾说：“老子骑马打天下，要你那《诗》、《书》干什么用！”陆贾不慌不忙地反问刘邦：“陛下骑马打天下，也能骑马治天下么？汤王、武王骑马打天下，但是以仁义治天下，文武并用才能长治久安。倘使当初秦始皇统一天下之后学习古代帝王以仁义治天下，陛下能推翻他么？”几句话顶得刘邦无言答对，只好说：“那你就把秦皇何以失天下，我何以得天下，还有古人成败得失的教训都写给我看看！”于是陆贾一连写了12篇论述治乱兴亡之道的文章送给刘邦，刘邦每看一篇都说“好得很！”

这个故事说明刘邦统一中国之后迫切需要一种政治理论来巩固政权，而儒家思想正好适合这种需要。不过在汉朝初年，儒家思想并没有在朝廷占上风，倒是道家、法家的理论颇受青睐。儒家理论是经过惠帝、文帝、景帝三朝逐步加强其影响，直到武帝时代罢黜百家，独尊儒术，才取得统治地位的。这时距汉朝开国已经有半个多世纪了。

汉朝尊崇儒家学说，就鼓励人们学习经书。政府在太学设置通晓各种经典的博士官，招收学生讲习，经过考试，成绩好的可以担任各种官职。由于政府的提倡，民间讲学的风气也日盛一日。据《后汉书·儒林传》记载，到东汉极盛时代，有名的经师门下，弟子多达几千人，在太学攻读的学生曾经多到三万人以上，连匈奴也选派贵族子弟来洛阳留学。本世纪50年代在洛阳发现了东汉太学遗址，郑振铎先生曾实地考察过，可见史书的记载是可信的。

由于儒家经书有如上所述的曲折经历，所以到汉代就产生了通行本和古本的不同，从而出现了世界文化史上绝无仅有的持续一千多年之久的经书今古文学派之争。