明朝的中央司法机关组织和名称与唐宋时期基本相同，但职权管辖有所不同。它设立刑部、都察院、大理寺，合称“三法司”，刑部受理地方上诉案件，审核地方重大案件和审理中央百官案件。大理寺不掌管审判，专门对刑部审理的案件进行复核。都察院是中央监察机关，负责监督刑部和大理寺的司法活动。“三法司”对重大案件实行联合审判，叫“三司会审”。“三司”会审后的判决必须报请皇帝批准。

清代的中央司法机关与明代的基本相同。中央的最高审级是“九卿会审”。九卿是六部尚书加上都察院左都御史、通政史和大理寺卿组成。每年审理死刑案件的“秋审大典”，九卿都参加。

秋审是清代由朝廷官员定期复审外省死刑案件的一种会审制度，因在每年秋季举行而得名。明朝时便已有，它是在每年秋后霜降时举行的。清朝沿袭下来。清律规定，凡严重危害封建统治的重大犯罪，应立即处决的，叫做“斩立决”或“绞立决”，对危害性较小或有可疑者，暂判“斩监候”或“绞监候”，延至秋天由九卿会审时重审决定。每年秋审之前，各省督抚必须将有关案件先行审核或审讯，并提出处理意见，于五月中旬前分别送给九卿，供秋审参阅。到八月份，九卿等官员到天安门外金水桥西会同审理。因人犯监禁在各省，秋审只凭检册审核。秋审后，上奏朝廷，经皇帝御笔勾除者，才能正法。

秋审后不久，到霜降后10日，九卿对刑部判决的案件或京师附近斩监候或绞监候的重囚犯进行复审的制度，叫朝审。这是明英宗天顺三年(公元1459年)首创的。清代把处理京师案件称“朝审”，处理外省案件称“秋审”。

明清时，除秋审和朝审外，还有“热审”。这本来是中国古代于夏天为疏通监狱而设的审判制度。明成祖永乐二年(公元1404年)重又实行，清康熙十年(公元1671年)定为制度。热审于每年小满后10日开始，至立秋前一日为止，对不是犯死罪及流罪的犯人，酌情予以减等，笞刑杖刑宽免；监外带枷号的犯人，暂行保释去枷，到立秋后再补枷。

经秋审和朝审的案件，有四种处理方法：情实、缓决、可矜、留养奉祀。“情实”，即罪情属实，处刑恰当，这类案件奏请皇帝批准执行死刑；“缓决”，即案情属实，但危害性较小，留待下一次秋审或朝审时处理；“可矜”，即案情虽属实，但情节不严重，可免予处死，一般属于老幼废疾等人犯罪；“留养奉祀”，即情节虽严重，但父母、祖父母年老，无人奉养，可免予处死。

明清朝会审制度虽然存在形式主义、文牍主义的种种弊端，但它有助于法律的统一适用，对地方和中央司法机关的活动也是一种监督。