元朝确立了一整套由蒙古族地主贵族所垄断的司法体系。中央司法机关除刑部和御史台外，还设立了管理蒙古族贵族事务、具有独立管辖范围的中央司法机关——宗正府。它负责审理京师附近蒙古人和色目人的诉讼案件。另外，还专门设立宗教审判机关——宣政院。僧侣具有强大的势力和尊贵的地位，僧侣的奸盗、诈伪、致伤人命等重大刑事案件由地方长官审理后报宣政院，其他刑事案件由寺院主持僧审理，地方官吏不得过问。僧俗之间纠纷，则由地方长官约会寺院主持僧一起审理。这种司法制度确认了僧侣在司法审判上享有特权。

元代的司法审判权除宗正府和宣政院掌握外，还设有中政院、道教所和枢密院分别掌管有关案件。中政院是执掌宫廷事务的机关，负责审理内廷官吏的案件。道教所是执掌道教事务的机关，负责审理与道教有关的案件。枢密院是执掌军事大权的机关，负责审理重大军事案件和校尉军官案件。可见，元代的司法管辖，不仅实行地区管辖，也根据民族、身份、宗教的不同，实行特别的专门的管辖。

元代，蒙古族贵族实行野蛮与落后的统治，谈不上法制秩序。虽然，元律也规定了回避、上诉、量刑等制度，实际上司法官员根本不去执行，形同虚设。元代是中国历史上少有的任意不任法的朝代。正如元代著名戏剧家关汉卿在其名著《窦娥冤》中通过剧中人所说的：“官吏无心正法，百姓有口难言”，“衙门自古向南开，就中无个不冤哉！”这是元朝司法昏暗的真实写照。

元朝由于经济关系的发展和各民族的融合，民事纠纷日益增多，民事诉讼较宋朝有新的发展。其一是出现了代理制度，主要是在田宅、婚姻、继承等案件中实行，这是历史的进步。其二是在民事诉讼中广泛运用调解，有民间调解和司法机关调解。调解的结果对当事人具有法律效力，诉讼双方一般不得再以同样事实和理由重新提起诉讼。这也是历史的进步。