国防部情报局长弗林进行的重组，促成五个中心的建立，向军队提供帮助：“美国中心”（Americas Center）、“亚太中心”（Asia/Pacific Center）、“欧洲/欧亚中心”（Europe/Eurasia Center）、“中东/非洲中心”（Middle East/Africa Center）和“国防打击恐怖主义中心”（Defense Combating Terrorism Center）。弗林表示，这些中心具备三个特性：（1）融合分析与搜集职责（基于伊拉克、阿富汗和其他地区的经验，这种融合是情报产出与支持最成功的模式）；（2）灵活性，小组成员不再受制于部门界限；（3）整合，每个中心在整个情报界都有跨部门的介入，与作战司令部和情报机构都保持着密切关系。2013年9月，中东/非洲中心，与中央司令部、联合参谋部、国防部长办公室、国家情报总监办公室以及白宫密切协调合作，负责国防情报局对叙利亚危机的评估。国防打击恐怖主义中心的建立是国防情报局对反恐局势分析发展变化的成果。

2000年10月美国“科尔”号驱逐舰遇袭后，国防情报局反恐办公室改组为“联合反恐分析中心”（Joint Terrorism Analysis Center）；2001年9月11日世贸中心恐怖袭击后，联合反恐分析中心得到扩编，后来成为“联合情报特混部队——打击恐怖主义”（Joint Intelligence Task Force-Combating Terrorism）。2001年9月底，国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德（Donald Rumsfeld）向中央情报局长乔治·特纳递交了一份来自国防情报局长，海军上将托马斯·威尔逊的建议，提出建立一个加强型的联合情报特混部队。威尔逊的报告，将联合情报特混部队鼓动宣传为一场支持主动进攻、统一的全国性反恐战役，起到警示武装力量保护国土安全作用，以期建立单一集中的情报机构。它的使命就是“制作提供可实际操作的情报，通过暴露和利用恐怖分子的弱点和脆弱性，以推动计划和实施”，这份建议将特混部队描述定义为运作一个融合中心，从美国情报界、执法部门以及个别团体和联盟获取情报信息。威尔逊建议，特混部队必须在位于博林空军基地国防情报局总部内办公，目前是一个拥有700多专职人才的队伍。

威尔逊的建议获得准允，2012年，“联合情报特混部队——打击恐怖主义”变成“国防打击恐怖主义中心”。它集中了涉及与恐怖主义的全国所有渠道的情报，在美国情报界内作为国防部高级代表，向国防部各部门和作战司令部提供威胁预警、建议和协调预警。中心的分析专家撰写编制针对国防部人员和设施可能发生恐怖威胁的每日评估。这个特混部队针对审讯、问询、人力情报搜集和执法行动提供分析支持，包括试图阻止恐怖分子旅行的行动。它的开发部门还为参与审讯和问询的人员制定指导方针原则。