傅斯年先至南京再转重庆，在中央研究院总办事处稍作停留，尽了一份“太上总干事”的责任之后即赴李庄。此时正是汛期，江水暴涨，波急浪涌，放眼望去，整个长江具有一种浩浩荡荡、气贯长虹的威势。傅斯年坐在一艘拥挤得几乎喘不过气来的轮船上，与不同身份的男女老少混杂一处，痛苦难耐又无可奈何地向前行进。

自抗战胜利之日起，蛰伏在李庄的科研人员以及同济大学师生，就开始蠢蠢欲动，热切盼望尽快走出这个偏僻的小镇和憋闷得几乎透不过气来的连绵山坳，回到梦牵魂绕的都市，于灿烂的阳光与五颜六色的霓红灯下，重温那失散得太久的陈年大梦。在这个大梦中，年轻的学者纪律涣散，无心研习且心猿意马。有几人干脆借此机会向代理所长董作宾请假，返回家乡省亲，却又音信顿消，迟迟不归，后来才知是在家乡谈恋爱找媳妇，作起了娶妻生子的准备。董作宾眼看无力统率众位弟兄，在同仁催促与家属们的嚷嚷声中，连连给傅斯年拍发电报和书写信函，请求对方速返李庄，以维持即将溃散的局面，共商复员返京大计。

1945年9月18日，董作宾再次致信傅斯年，谓：“陶器及不用之书已着手装箱，将来迁移须全部停止工作，搬家时，盼兄能回李一行。”这个时候的傅斯年，正在重庆、昆明、南京与北平之间来回穿行，大部分精力都投入到北大复员和处理西南联大学潮的事情中，对于李庄诸事心有余而力不足，只有靠董作宾一人设法处理。而窝在山坳里的董作宾对外部消息知之甚少，关于搬迁的具体事宜又无法做主，只能不间断地以电报与信函向傅斯年请示问计。

傅斯年对史语所何时能得以搬迁，同样举棋不定。他于1946年4月7日给董作宾的信中说“复员问题，京沪物价高，留下亦无好法子，真进退维谷也。东西是搬不完的，所以在山下租张家祠，继续一年，公私比例分摊或为不可免之事也。在京、渝、李（三地）必须皆有主持之人。”

董作宾对此回复道：“三所公物是否可于五月底以前即开始向李庄镇内（张家祠）搬？或俟有定期再搬动？请指示。”傅斯年得电仍犹豫不决，未置可否。

1946年5月1日，国民政府正式发布“还都令”，宣布于5月5日“凯旋南京”。傅斯年得此消息，不再犹豫，立即指示董作宾组织人员尽速装箱搬运，同时派员到重庆与民生公司商谈，请对方派专轮运送史语所人员物资。董接到指令后，立即行动，除委派本所助理员李孝定等人火速赴重庆商谈租船之事，又从李庄镇找来大批强壮青年，由板栗坳住地向李庄镇张家祠运送甲骨、书籍、青铜器等珍贵物品。史语所物品繁多、贵重，经过差不多两个月的时间，才把大部分藏品运往靠近长江码头的张家祠。一箱箱货物堆积在一起，如同小山一样庞大壮观。

李庄尽管偏僻闭塞，但就交通条件而言，与昆明相比，更适宜于外乡人回归疏散。如西南联大等在昆明的师生，要翻越许多座崇山峻岭方能回归到平坦的长江以北地区。而身处李庄的“下江人”可直接从家门口码头乘船，沿长江这条天赐的通衢大道，顺流而下，一路畅通无阻，直达重庆、武汉、南京、上海。当然，这种便捷只限于平常岁月，在抗战胜利全国各界争相复员回归的节骨眼上，情形就大不相同。正如当时在重庆工作的费慰梅所言：“政府把所有的船只和飞机全部管制，为了避免混乱，每个部门和机构的搬迁依次序排了号码。当然，陪都的高级官员和战时暴发户利用来历不明的交通工具，提前到达东岸，而穷得要命的李庄战时难民，则没有这种机会。他们只有依靠政府送他们回去，而且只能在惊人的通货膨胀中慢慢等待。”梁思成在致费慰梅的信中则说：中国营造学社和中央博物院一起走，但这两个机构一起排在第四十七号，而据说：“排在第一号的是中央大学，还不知几时动身。在战争结束之前，我们以为很快可以把所有的破烂扔掉，坐飞机走，但一切我们知道还得用上好一段时间。”此前的流亡之路布满了艰辛与痛苦，想不到回归的路同样充满了焦虑与不安，此等情形，只能让这些以研究为业，无权无势的“下江人”仰天长叹了。

经过三天三夜剧烈颠簸摇晃，傅斯年乘坐的轮船总算熬到了李庄。客轮尚未靠岸，就远远望见一群男女混杂的青壮人员云集码头，正在向几艘轮船上搬运物品。凭直觉，傅斯年知道这是捷足先登的同济大学即将起程东下的召示。

下得船来，穿过李庄镇外的田野，又跨越五百多级台阶，大汗淋漓的傅斯年终于登上了史语所大本营——板栗坳。董作宾见傅氏到来，长吁了一口气，直言不讳地说道，史语所已是人心涣散，特别是家属们看到同济大学陆续东迁，已是人去庙空，整个李庄越来越沉寂难耐，于是焦躁不安，三天两头跑来询问复员归京之日。受其感染，青年们也坐不住了，议论纷纷，不知是谁打听的小道消息，说傅斯年可能要接替朱家骅出任教育部长，以后再也不管史语所了，同仁们也开始惶恐不安，大有兔死孤悲，树倒猢狲散之感。青年学者与北大文科研究所的学生们，除了每日做着复员东归的白日梦，再也无心搞什么学问和研究了。若不赶紧想法加以安抚，一群男女老少闷在这个形同葫芦一样的山坳里，恐怕早晚要出事儿。傅斯年听罢，知道自抗战胜利后，自己连续在重庆——北平——昆明——南京之间来回奔波，表面上搞得红红火火，且在媒体上出尽风头，不免有小道消息传播开来，直至弄得史语所同仁信以为真，且搅得人心惶惶。他苦笑着，嘴里说声“糟糕，这都是我的罪过”，心生一计，当场在董作宾的工作室找出一块白纸，泼墨挥毫，上书“传言孟真要当官，斯年离所不做官”几个大字，亲自挂在牌坊头大门的一边，以铭心志，也算是对史语所同仁一个无声的解释。

随后，傅斯年与董作宾商讨了复员的具体计划和处置措施。当晚，召开史语所同仁会议，傅除了当面表白自己不会抛下众人到南京做官，还明确表示不管遇到多大因难，最迟至10月，也就是长江枯水期到来之前，一定要像《圣经·旧约》中所说的摩西带大家走出埃及一样，回归到那“美好宽阔流奶与蜜之地”，就是那历史上有名的六朝古都石头城——南京，让大家得到应有的快乐与幸福。

傅氏的一席话，令众人如同深夜中突然望到远处雾色朦胧中灿烂的灯火，愁云顿消，郁闷之心境豁然开朗。

一个星期后，傅斯年接到朱家骅发来的电报，令其速至南京出席国府紧急会议，傅不得不再一次离开李庄。没料想，这是他在李庄的最后日子，日后的岁月，李庄的山山水水只能在梦中相见了。