东京湾·羽田海域——忽然，东京湾跨海公路发出轰然巨响，海水倒灌，隧道崩塌。首相官邸旋即召集阁僚召开紧急会议，众人推测隧道崩塌是因地震或海底火山爆发等自然现象所引起的，而内阁官房副长官矢口兰堂（长谷川博己饰）却提出了海中栖息着未知巨大生物的可能性，以内阁总理大臣助理赤坂秀树（竹野内丰饰）为首的众人对此意见仅是付之一笑。但是未过多久，一头巨大不明生物现身于海上，由鎌仓登陆，一路不断破坏前进。由于事发突然，惊慌失措的日本政府立即设立紧急对策总部并发令出动海上自卫队，抵御这只以“哥斯拉”命名的巨大生物。美国国务院也派遣总统特使加代子·安·派特森（石原里美饰）前来。面对这场前所未有的浩劫，人类将作何选择。
