清朝末年,面对时代洪流,弃旧立新似是当前大势,作为末代御医,救得了皇帝性命,却无力主宰国家兴亡。戊戌变法失败,光绪被囚于瀛台,慈禧太后再次垂帘听政。北京城内一位医师杜仲(郭晋安饰),生性自负,恃才傲物,对到来求医之达官贵人也不屑逢迎,不时摆出臭脸,却因医术高明反而得到一众权贵青睐。其时慈禧太后(罗兰饰)身染怪病,杜仲奉命入宫,凭着敏锐触觉迅速治好之。慈禧对杜仲大为欣赏,破格封杜仲为御医。杜仲进入太医院后,获指派专责宫中奇难杂症,凭着天赋一一拆解悬案。其后,杜仲又因揭破皇帝光绪(敖嘉年饰)遭人慢性下毒,得到皇上的信任。杜仲发觉光绪实是有为君主,可惜处处受人制肘,有志难伸,遂设法令他重新振作,自己却不自觉卷入连场政治风暴。杜仲当年为报救父之因,迎娶世交残障女儿洪百合(贾晓晨饰)为妻,惟妻子不能生育,杜仲遵从家人和岳父意见纳跌打馆继承人伏苓(杨怡饰)为妾。成亲当晚,伏苓竟与情郎私奔,杜仲眼见伏苓宁死不屈大为感动,写下休书成全二人。惜伏苓南下广州后遭情郎抛弃,继而投身革命行列,从事情报工作。伏苓奉命返回京城,与杜仲重遇,因经常上门为其妻百合按摩推拿而成为好友。伏苓觑准杜仲的御医身份,经常出入皇宫,遂利用杜仲穿针引线,藉着与杜仲合力医病,与潜入宫中收集情报。二人合力破解了不少“医案”,日久生情。随着八国联军攻入京城,杜仲和伏苓历经生死,终确认彼此深情,惟伏苓深怕革命党员身份祸及杜仲,只得按捺爱意。然而纸始终包不了火,伏苓身份终被揭开,杜仲内心挣扎。同时,革命党人为免杜仲揭露秘密,竟命伏苓杀人灭口。